1938年1月，赵元任等语言组的人员到达昆明，在拓东路663号建立办事处。很快，人类学组、考古组和历史组的人员亦先后抵达昆明。拓东路的房屋不够使用，又租下青云街靛花巷3号作为办公地点。
7月，史语所集中在靛花巷3号办公，附近的竹安巷4号则作为职工宿舍。由于日机轰炸昆明城，10月，史语所疏散到城郊的龙头村及其周围地带，四个组分别在棕皮营的响应寺及龙头书坞、瓦窑村的普慧庵、龙头村的弥陀寺、宝台山的观音殿。
刚刚安顿下来，傅斯年和他的同事们就开始了紧张的工作和研究。
在昆明期间，傅斯年除了承担着繁重的行政事务之外，完成和出版了其代表作《性命古训辨证、发表了《中国音韵学研究序、《我所敬仰的蔡先生之风格及多篇时论文章。
同时，带领历史组有序的对《明实录和内阁大库档案进行校勘整理，他本人亲自校勘《太祖实录36卷。
陈寅恪到昆明后一直住在靛花巷3号，他为他的住处起了个有诗意的名字，叫做“青园学舍”。他在这里曾大病一场，但他的重要学术著作《隋唐制度渊源略论稿就是在此期间完成。
语言组带着1936年春季调查湖北方言资料，到昆明后，在赵元任的主持下下，写成了《湖北方言调查报告。在此期间，语言组对云南方言进行过大规模的调查，参加调查的主要有丁声树、董同龢、杨时逢等人。先后调查了云南省98个县、123个方言点，几乎覆盖了全省。这些调查材料由杨时逢整理编撰成《云南方言调查报告，1969年在台湾出版。赵元任为之作序。这部书全面记录了20世纪40年代云南各县汉语方面的状况，语言描述精确，且有方言与古音的对照，是汉语方言比较研究及语言史研究的珍贵资料，深受学界好评。
语言组中的昆明人、音韵学家董同龢根据调查材料写成《保山话记音。
李方桂很早就开始研究少数民族语言。30年代初期曾调查过广西的壮族语言和瑶族语言，这期间又对贵州的侗族、水族语言和云南的壮族、傣族语言进行调查研究。这些为其日后的重要著作《比较傣语手册和多篇论文的写作，积累了宝贵的材料。
罗常培则在1938年发表《昆明话和国语的异同一文，系统地阐述了昆明话的特点。以后又发表《云南之语言，这是第一篇运用现代科学方法全面研究云南语言的论文，对云南方言及少数民族语言的地位、特点、分区及系属等进行深入的分析和阐发，这篇文章在云南语言学术史上具有重要意义。
考古组在李济的领下，开展殷墟陶器研究，为编制《殷墟陶器图录做了大量富有成效的工作。李济本人在龙头村主要进行殷墟各类陶片吸水比重实验，研究成果后来发表在《殷墟器物甲编：陶器（上辑）中。在此期间，李济被推选为云南民族学会会长，兼任云南大学教授。他还兼任着“中央博物院”筹备处主任，这时“中央博物院”筹备处设在竹园村，那里也有大量的工作要做。
董作宾在完成《甲骨文断代研究例后即着手编撰《殷历谱。这是一部利用甲骨文资料研究商代历法，进而研究商代纪年的宏大工程，涉及多方面的知识和大量的计算，有相当的难度，在辗转迁徙过程中董先生一直坚持研究，前后十年，终成名著。
正如傅斯年在其序中所说，“发乎勇，成乎智”，“昔在昆明彦堂（董作宾）始为祀谱其好合之妙，不特见者惊之，即作者亦自惊也。”
梁思永研究西北冈的铜器，将铜器高低、顶部宽窄在旁画图注明。
胡厚宣曾以3个月时间写成《卜辞中所见之殷代农业，达10余万字，引用卜辞二千余条，后编入《甲骨学商史论丛续集第一册，受到学界高度评价，被誉为“长篇巨制，气象万千”。
吴金鼎与王介忱、曾昭燏等开展大理洱海一带的考古，从1938年11月至1940年6月，发现史前遗址21处，发掘了其中的5处，写成《云南苍洱境考古报告，对于认识中国西部地区的史前文化作出了开创性的贡献，并奠定了西南史前考古学的基础。这份报告于1942年中央博物院出版。
人类学组主在吴宝良带领下，先后开展了“中国人颅骨研究”、“丁文江遗著整理”、“殷墟颅骨研究”、“各族下颚骨颏孔位置比较”、“罗罗体质分析”、“中国人蹠骨与跗骨之比较”、“中国人发旋之统计”、“云南头骨研究”、“贵州苗夷血液型研究”、“国族体质分类”、“摆夷体质研究”、“昆明人锁骨之研究”等方面的研究工作。
凌纯声和芮逸夫密切合作，在龙头村，他们整理撰写《湘西苗族调查报告。这是介绍湘西苗族的第一部学术著作，50余万字，经过反复修改，直到1947年才由商务印书馆出版。凌纯声先生作为“内政部”聘请的专家，编写出《西南边区民族调查表，并参与筹划全国风俗简易调查，起草调查表等。他撰有《中国边疆之土司制度、《云南民族之地理分布、《孟定——滇边一个瘴区的地理研究等著作。