毫疑问，在中央历史语言研究所发展史上，抗日战争全面爆发是一个转折点。自1928年至1937年抗日战争全面爆发前，疑是史语所迅速发展的黄金时期。
殷墟的15次考古发掘，内阁大库档案的收藏整理，大量的民族学、语言学资料的调查，语言学实验室的建设……
这些可以彪炳史册，具有划时代意义的大事，就是只做这其中的一个，也是可以值得终身炫耀了，而这一桩桩，一件件，竟是这样的让人目不暇接！
可以想像，如果没有战争，如果是处于太平盛世，傅斯年领军下的中央历史语言研究所，会创造怎样的辉煌呀！
然而，战争把这美好的一切都破坏了。
上一章说到了，在1937年8月17日的国防参议会最高会议上，为了躲避战乱，傅斯年坚决主张中央研究院各研究所以及平津重点大学南迁，他的这个提议，得到了多数与会者的响应与支持，这一点，会后很快形成了政府决议。
这也就正式宣布，中央研究院各研究所和平津重点大学开始南迁。
而在这特别艰难困苦的时期，中央研究院的院长蔡元培又身患重病，正在沪治疗。而中央研究院名义的二号人物，总干事朱家骅，正做为新任浙江省政府主.席而坐镇东南，根本暇顾及中央研究院的事务。也就是说，不但是中央历史语言研究所，就是中央研究院的担子，也全部压在了傅斯年这个代理总干事的身上。这么大的一个机构，论是人还是物都是国宝级的机构，在战乱中搬家容易吗！这时候的傅斯年，可是忙得一塌糊涂。而他的管事能力，也可以说是发挥到了极致。
在中央研究院各研究所之中，最难和最复杂的还是史语所，不说别的，光是15次从殷墟中发掘出来的那些东西，多大的量呀，而哪一件损坏，都法弥补呀！还有内阁大库的档案，那么多的图书、资料。
对了，还有正在规划中的中央博物院里的国宝，哪一件不是价值连城！
根据国民政府的命令，中研院各研究所与平津两地大学一起迁至湖南长沙。
其实，正如胡适所说，傅斯年“能做最细密的绣花针工夫……最有条理”，早在淞沪会战之前，史语所考古组已根据战局演变，开始对历次发掘的器物打包装箱，准备内迁。
据史语所《大事记民国二十六年七月条：“本所随本院南迁，先选装最珍贵中西文图书、杂志及善本书共六十箱，首批运往南昌农学院，其余一千三百三十三箱分批运往长沙。但部分殷墟出土的人骨、兽骨及陶片等，限于运输工具，暂留原址。”
八月条：“本院组织长沙工作站筹备委员会，本所迁入长沙圣经学院，所长傅斯年仍留南京，派梁思永为筹备会常务委员。”
迁到长沙后，史语所寄驻在长沙城东边的圣经学校和韭菜园子，北大、清华、南开三所高校筹组了“长沙临时大学”，也借用圣经学校上课。
1937年12月，日本开始向武汉进攻。大战在即。而长沙与武汉只有300多公里，一旦武汉失守，长沙必遭攻击。
面对危局，1938年1月中旬，根据国民政府的指令，长沙临时大学迁往昆明，另行组建西南联合大学。同时，中研院总办事处电令史语所向昆明转移。
据《史语所大事记1937年12月条：“议迁昆明，图书标本迁昆明者三百六十五箱，运重庆者三百箱，运桂林者三十四箱，待运汉口者两箱，等运香港者五十二箱，其余六十多箱且封存于长沙”。一切安排完毕，史语所人员押送三百余箱器物，先乘船至桂林，经越南海防转道抵达昆明。