任务分派之后，三人立刻分头行动，洪承畴和勒克德浑带领佟图赖、金声桓两将从南京出发南下，进驻江西。而多铎在南京调兵遣将，准备向湖北发动进攻。
就在众人正要进动的时候，北京传来了多尔衮的诏令，命令淸廷所占之地各处文武军民尽令剃发，傥有不从，以军法从事。也就著名的剃发令。
其实清廷强迫剃发，并非入关后才施行。早在努尔哈赤、皇太极时代，就曾多次下令，命清廷统治范围内的汉族人剃发梳辫，改习满族服饰，目地当然是为了保持满族的民族独立性，不被汉族同化。
在清军刚入关时，多尔衮也曾下令沿途各州县官民均剃头留辫，改习满族服饰。但进入北京以后，遭到汉族居民的强烈反对，除了少数无耻之徒剃发邀宠以外，不少官员都观望不出，甚至为避免剃发而南逃。就连引清军入关的吴三桂也多次劝说多尔衮，不要强行推令剃发。
因此在这种情况下，多尔衮也自知清廷统治还不稳固，推进剃发令确定操之过急，于是也很快就收回成命。顺治元年五月二十日谕旨中说：天下臣民照旧束发，悉从其便。
在清军入关以后的很长一段时间里，明朝旧官投降了清廷之后，仍旧身穿明服，冠裳不改。因此在朝会的时侯，文武官员们也形成了满汉分明，截然不同的两种样子。
但清廷只是暂缓剃发，只是一个权宜之计，而不是彻底取消剃发令，一但清廷在关内的统治稳定下来之后，早晚都会重新强令剃发的。只不过是等侍一个合适的时机而己。
而清廷重新下令剃发的始作俑者叫孙之獬。他本是明朝天启年间进士，早年投靠魏忠贤，得以上位，出任翰林院侍讲。在崇祯初年，魏忠贤倒台之后，朝廷下令销毁魏忠贤主编《三朝要典》时，他抱《要典》哭告太庙，为世人所不齿，结果被明朝罢免，一直郁郁不得志。
清军入关之后，孙之獬立刻俯首乞降，并且自己带头与家人奴仆一起剃头留了辫子，而清廷为收揽人心，接纳并让他出任礼部侍郎兼翰林院侍讲学士。
清军攻破了南京之后，多尔衮为了速度招抚平定南方，曾下令在京文武官员可以自荐报名，出任南方各省的招抚工作。虽然这时商毅依然驻守在浙江，抵抗清军，而且南方又有数王被拥之起来。但从表面形式上看，清廷的威势几乎己经席卷了全国，占据了绝对的优势力量。因此一些热衷功名的无耻之徒也都觉得有机可呈，于是自告奋勇，要求出使。希望可以凭借清朝兵威，谋取富贵。
而孙之獬自然也不甘心落入人后，而且还别出心裁的上了一表，称自己：“占卜了一课，得辞云：‘时乘六龙为帝使东，宣达诏命无所不通。’今皇上龙飞正时乘也，若臣得奉命则为帝使矣。无所不通则成功矣。一生勋业留俟今日，臣不敢违天自逸，以取谴戾。
同时为了表示自己对清廷的忠心，并博取多尔衮的好感，在第二天上朝时，孙之獬不但剃了发，留了辫，还改穿了满族官吏的服装。
结果在朝堂站班时，孙之獬首先想站到满族大臣的行列。但满族大臣都自谓高人一等，自然不屑与孙之獬同班，于是将他推挤出去。而孙之獬想回到汉族大臣班列时，汉臣们又恨他过于逢迎求宠，也不让他入班。结果让孙之獬夹在中间进退不得，狼狈万状。还被多尔衮申了一顿。
谁知孙之獬在羞恼之下，第二天又上书朝廷，称：“陛下平定中原，万事鼎新，而衣冠束发之制独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国之从陛下也！”
而在几天之后，多尔衮代表清廷正式发下了剃发令，并传谕各地：自今布告之后，京城内外限旬日，直隶各省地方自部文到日亦限旬日，尽令剃发。遵依者为我国之民；迟疑者，同逆命之寇，必置重罪。若规避惜发，巧辞争辩，决不轻贷。
同时清廷又下，加封孙之獬为兵部尚书，并奉旨招抚山东各地。