商家军勇夺天险仙霞岭之后，顿时震动了江西、福建两省。无论是清军还是郑芝龙，都没有想到，号称天险的四大关口之一的仙霞关，居然就这么被商家军给攻破了。
清军毕竟是久和啇家军作战，也习惯了商家军把一个个不可能变成可能，但郑芝龙以前只是听说过商家军的战绩，而这一次虽然也不是和商家军作战，但也有了深刻的体验。而另一边郑成功也对商家军的战斗力更为佩服，而朱聿键更是羡慕不已，同时心里只叹息，为什么郑芝龙不是商毅呢，如果自己能够得到商毅的辅佐，那么收复失地，中兴大明也指日可待了，因此也想如何才能使商毅奉自己为正朔呢？
而就在这时，商毅的信也送到福州郑芝龙手里。
尽管商毅在信中的语言十分严历,但挟持着复寺仙霞岭的余威，郑芝龙却不敢有一点不悦的意图。而且现在郑芝龙现在虽然是在和清廷谈判，但也没有从清军那里得到明确的消息，谁知道清廷会不会答应自己的条件呢？因此在这种情况下，自然也不能把商毅给得罪了，万一自己没有和淸军谈好，还是希望和商毅保持着继续连盟的关系，共同抵抗清军。
当然就算是和清军谈好了，郑芝龙也不打算和商毅为敌，因为郑芝龙和清军谈判，主要的目地只是想让清廷承认自在福建、广东的独立势力，但并不打算真正为清廷卖命。而且商家军的实力确实太厉害了，和商毅为敌，自己未必有好结果，何况郑芝龙在本质上还是一个啇人，做事自然不会做绝了。
因此郑芝龙也给商毅回了一封信，措词用得十分婉转，为自己的行为做了一些辩解，同时仍然希望继续和商毅保持连盟的关系。
收到郑芝龙的信之后，商毅当然看得出，郑芝龙说得虽然委婉，但降清之意确是十分肯定的，谁也无法改变因此也只是又给郑芝龙回了一封信，只是提醒郑芝龙要小心清廷反复无常，不可轻身涉险。
同时商毅又命令南方情报机关严密关注福建的动静，并且设法和郑成功取得联系，一但郑芝龙真的降淸，就尽力扶持郑成功，接替郑芝龙，牵制福建的清军。
不过在商毅收到郑芝龙回信的同时，清廷派去和郑芝龙联络的黄熙允也回南京，将郑芝龙的回信送给了洪承畴和多铎。
这个时候，南京的洪承畴、多铎，勒克德浑商议下一步的计划。
现在己经进入顺治三年（1647年）六月中旬，洪承畴到达南京，己经有两个月了，清军的整编调整工作都己经结束，在军事上的成绩也不错，虽然和商家军的交战中，吃了一点小亏，但还是阻止了商家军在南京外围的进攻，同时在湖南、江西两个战场都取得了不小的成果，招降郑芝龙的工作也有了实质性的进展，至少郑芝龙己经表明了有这方面的意向。而下一步就是准备清剿占据在湖北东北部的商家军。
这也是洪承畴南下的第一个重点目标，自从洪承畴到达南京之后，就一直在为清剿湖北的商家军做着准备工作，而现在条件也都差不多了，可以开始出兵。
但时郑芝龙的信也到了南京，意思也很明确，就是希望清廷一方派一个有份量的人去福建谈判，而这一回可就不是再谈什么意向，而是实质性的条件了。而这也是洪承畴南下的第二个重点目标，招降郑芝龙，占领福建，不仅可以完成对浙江的三面包围，而且还可以获取福建的财富，无论是那一点，对目前的清军都是至关重要的。
想要完成招降郑芝龙的工作，当然是要洪承畴亲自跑一趟福建，因为洪承畴和郑芝龙是同乡，两人有过几面之识，这份同乡之谊，也是清廷招降郑芝龙的一个重要基础，为了表现清廷的诚意，打消郑芝龙的疑虑，洪承畴也必需亲自出马。同时一但招降郑芝龙成功，清军就要进取福建，广东之地，并且都获得这两省的财富，也必须要一合有份量的人去江西坐镇，压制住尚可喜。
因此最终三人商议决定，由洪承畴和勒克德浑两人一起南下江西，主持招降郑芝龙，以及进攻福建、广东的战事，而多铎留守南京，并遥控指挥征剿湖北的战事，同时也兼顾防范商家军的进攻。
其实洪承畴已经对征剿湖北做出一个详细的计划，这次进攻湖北，将以贝子尚善为前线总指挥，出动蓝拜、阿哈尼堪，石廷柱、马光辉、李思忠、刘良佐、刘泽清等满汉诸将，共计出动人马近六万余人，以压倒性的优势兵力，一举清剿湖北地区的商家军。