桓温心中凄惶，令人催军前行，后面步军疲累至极，已走之不动。桓温无奈，令军坐于泥地里稍息，以待后军。正在这时，忽听后面鼓声动地，不知又有哪里兵来，左右皆惊骇欲死，复催军起身。众军不起，桓温令禁军以马鞭抽之，却是抽起这个，那个复又坐倒，怨天恨地。只见一军飞来，为首者正是郗超，向众军叫道：“秦王苻坚遣苟池、邓羌二将来接应燕军，从洛阳杀来，我三万军皆被其与燕军绞杀。今袁真将军拼死殿后，若再不走，俱为齑粉矣。”晋军听了，无须再加鞭打，爬起来就逃。后面秦军果来，又被裹去三千步卒，只余五千兵马，回至谯城。秦兵追杀二十余里，收兵还国，桓温只得收集散卒，屯于山阳。
燕军还师归国，因而举国欢腾。慕容恪乘胜挥军西进，略地至崤谷、渑池。燕王随即以慕容筑为洛州刺史，镇守金墉，慕容垂都督荆、扬、洛、徐、兖、豫、雍、益、凉、秦十州诸军事，镇守鲁阳。桓温深以此败为耻，又恐朝廷见责，于是使人上疏，皆归过于袁真，称其为前锋总督失略，致败三军，宜问重罪，念其前功，可贬为庶人。晋帝从奏，诏命黜袁真为庶人，复令桓温还于本镇。桓温遂自山阳归于荆州，行经王敦之墓，停住军马祭之，望其碑文叹道：“可人，可意人耳。其当年之心，亦若我今日是耳！”袁真军为桓温指挥所误，后又拼死救他性命，至此反为所谗，自然大怒。遂据寿春叛变，并暗中勾结秦、燕二国，欲尽夺淮南之地。至此朝廷大慌，复恐桓温亦因羞恼而反，不但不敢追究兵败之责，另命侍中罗含带牛酒于路劳军，并命其子桓熙为豫州刺史。桓温遂先还军江陵，后又移镇广陵。
燕主慕容暐闻袁真寄书来降，不由大喜，诏署其为使持节、散骑常侍、都督淮南诸军事、征南大将军、领护南蛮校尉、扬州刺史，封宣城公。来年春正月己亥，袁真二子袁双之、袁爱之分别杀梁国内史朱宪、汝南内史朱斌，亦举兵叛晋。二月癸酉袁真不幸病死，陈郡太守朱辅立袁真之子袁瑾继嗣，自称豫州刺史，固守寿阳，求救于燕主慕容暐。夏四月辛未，桓温部将竺瑶击袁瑾于武丘；八月癸丑，桓温再击袁瑾于寿阳。太和六年春正月，秦王苻坚遣大将王鉴、张蚝来援袁瑾，却被桓温部将桓伊、桓石虔击败。不久桓温攻破寿春，俘获袁瑾，将袁瑾、朱辅及其宗族数十人全部送往建康斩首。袁瑾妻女被赏赐将士为奴，其所侍养之数百乞活军则被活埋。从此，豫州彻底落入桓温之手，桓温再次掌握建康北门锁钥。
桓温自负才能过人，久怀异志，因此屡次发动北伐，希望效当初魏武帝曹操，先为国家建立功勋，然后回朝接受九锡，从而夺取政权。前两次得胜即归，不能彻底巩固战果者，是恐自己长期远离朝廷，被朝中大臣反制。但因至此第三次北伐失败，桓温在朝中便声望大减，终至图谋不成。寿春之战后，桓温曾问郗超道：“此胜可雪枋头兵败之耻乎？”郗超摇头道：“未也。将军不如效仿伊、霍，废立皇帝，以重立威权。”桓温甚善其言。太和六年十一月，桓温带兵入朝，剑履上殿，威逼褚太后废除司马奕帝位。百官凛惧，并无一个敢言。褚太后大惊问道：“皇帝并无过错，何无故废之？”桓温道：“天子骄奢淫侈，纵欲伤身，患有瘘病，满朝皆知。因其无后，却使宠臣相龙、计好、朱炅宝等人与后宫美人私通，所生三子，皆充皇子建储为王。如此污秽宫掖，倾颓社稷，混淆王嗣，如何容得？”司马奕因纵欲患有瘘病是实，褚太后反驳不得，且惧桓温之势，只得集百官于朝堂，诏废司马奕为东海王。而后桓温亲率百官至会稽王邸，迎司马昱入朝，拥立为帝，是为简文帝，改元咸安。
桓温既行废立，自思权臣恶名已经坐实，便一不做、二不休，遂对朝中异己力量大加废徙。武陵王司马晞好习武事，又在朝中担任太宰重职，素为桓温所忌。桓温便以“聚纳轻剽，苞藏亡命”为由弹劾，免去司马晞与其子官职，令其返回封国。又逼新蔡王司马晃自首，称与司马晞、司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人谋反，将其收付廷尉，请予诛杀。简文帝不许，但终将司马晞、司马晃废为庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人皆被族诛。颍川庾氏乃是晋朝高门望族，势力强盛，庾希、庾倩等兄弟六人皆为朝中显贵，深为桓温所忌；庾倩、庾柔被诛后，庾蕴饮鸩自尽，庾希则与弟庾邈、子庾攸之逃入海陵陂泽。青州刺史武沈是庾希表兄，暗中为其供应粮饷。庾友因儿媳桓氏是桓温侄女，最终得以幸免。
咸安二年，桓温得知庾希兄弟踪迹，欲要斩草除根，遂派军队前往搜捕。庾希与武沈之子武遵在海边聚众抢夺船只，乘夜攻入京口，赶走晋陵太守卞耽。并打开监狱，放出数百囚徒，发放兵器，宣称奉褚太后密旨以除桓温，惩其擅行废立大罪。卞耽遂逃往曲阿，征发诸县乡兵两千人，复来与庾希对抗。庾希出城战败，只得回军退守城池。桓温又命东海太守周少孙征讨，周少孙攻克京口，擒获庾希及其亲戚部众。最终庾希、庾邈、武遵以及子侄、部众被解至建康，全部诛杀，并夷三族。桓温诛除庾氏，威势盛极，朝中群臣更无敢忤其意者。便是侍中谢安亦见而遥拜，更以君臣之礼奉之。简文帝继位，进封桓温为丞相，欲留其在京师辅政。桓温不敢放弃军权，于是辞让不受，率军返回白石，还镇姑孰。其后简文帝又派侍中王坦之征召桓温，请其入朝辅政，并增食邑万户，桓温再次推辞。简文帝虽为皇帝，却形同傀儡，常担心被桓温废黜，于是向郗超询问，桓温是否会再行废立。郗超以家族百口担保，简文帝这才稍微安心，并暗聚势力，准备渐削桓温身边羽翼，弱其兵权，按下不提。
列位看官！晋朝自武帝司马炎开国以来，除赵王伦曾废惠帝自代，从未发生过废立之事。桓温此次擅行废立，不仅百官震栗，自己亦恐怕朝野物议，且惧周边之国借此为由来伐，紧张不已，便派出心腹细作，至秦、燕两国打探反应。却说晋朝政变消息传至秦国，前秦皇帝苻坚正率群臣围猎于万年，闻细作来报，便于大帐中询问王猛，此事若何。王猛呵呵大笑，对秦王说道：“桓温休矣。前帝司马奕孱弱，其尚能把控朝政，今代之以会稽王司马昱，其才胜废帝不知数倍，桓温控之不得，此非自掘坟墓乎？”苻坚大喜说道：“世间英雄所见略同。桓温此前败于灞上，今又败于枋头，十五年内使国家两受重挫，罪莫大焉。不反思己过谢罪天下，反废黜君主立威。六十岁老叟如此狂悖，则如何容于天下？”君臣正议之间，长安来报，说燕主慕容暐遣使郝晷、梁琛来拜，感谢前番出兵相助之谊。秦王苻坚便令尚书郎辛劲前去传令，请燕国二使至万年围场来见。梁琛闻言不悦道：“前番秦使至燕国邺都之时，我大燕君臣朝服备礼，洒扫宫廷，然后敢见。今秦王欲就野营赐见燕使，何其藐视我大燕陛下哉？外臣不敢闻命。”辛劲说道：“自古天子若是离都外巡，乘舆所至便曰行在，何常居之有？且《春秋》所载亦有路遇之礼，何为不可？贵使此请，可谓胶柱鼓瑟。”
梁琛答道：“昔桓温窥我中原，燕危则秦孤，是以秦王为消己患，故与燕国修好，共抗外侮。两国交聘方始，宜崇礼尚义交欢，若是此般忽慢使臣，岂是修好之义？外臣并非不期而见，故贵国相见若不以礼，外臣不敢苟从。”辛劲于是还归万年，以燕使之语报于秦王。苻坚肃然起敬，于是乃专设行宫，使百官尽列宫阙，然后备仪仗迎接，请燕使相见。梁琛与郝晷始入见秦王，备称燕王感谢发兵救危之事。苻坚大悦，令排盛宴，以待来使。时梁琛从兄梁奕在秦国就职，为尚书郎，苻坚遂命典客官安排，宴罢使燕使以梁奕府宅为馆，使梁琛居之，方便其兄弟畅叙久阔之情。梁琛坚拒道：“昔诸葛瑾为吴国聘使于蜀，与其亲弟诸葛亮惟于公朝相见，退则不相私会。今臣奉燕王明诏为使而来，秦王安于私室，某不敢从也。”于是固请还居行营。其兄梁奕便来营中相见，叙罢兄弟之情，便问燕国之事。梁琛对其兄正色说道：“你我兄弟本心，各有所在。欲言本国之美，恐兄非所欲闻；欲言我国之恶，又非使臣之所宜。请兄只言家事，国事当议之于朝堂可也。”梁奕诺诺含愧，还报秦王。
苻坚乃命典客，使太子苻丕延请燕使到府相会，吩咐如此如此，以观梁琛应变之才。梁琛应太子召请而往，至其府堂，赞礼官令燕国使臣行赞拜国君之礼，梁琛不从。典客官讥讽道：“对使臣而言，邻国之君，犹如己君；邻国储君，乃有何不同乎？”梁琛正色答道：“休说是邻国储君，便是本国太子，亦不敢以其父之臣为臣，况他国之臣乎？礼有往来，情岂忘恭，但恐降屈为烦耳。”于是坚执不拜，常礼相见。典客吏将此事如实还报秦王，王猛闻而赞之，对秦王道：“似梁琛之才，兼且忠贞之士，不可多得也。大王何不留之，以备我国之用？”苻坚笑道：“孤恐惟其忠贞，终不能为他国所用。”王猛与燕使郝晷有旧，遂暗请至府，询问燕国朝内备细。郝晷明知燕国将亡，欲自托于秦国，于是将本国军情政事，积草屯粮之处一一说之，并画图表以献，王猛大喜。盘桓宴请数日，燕使请辞秦王而归。
却说慕容垂自大败桓温，威名大振，慕容评便对慕容垂忌恨有加。慕容垂为奖励麾下将士，便上奏道：“前番抗晋，所募将士忘身立效，将军孙盖等摧锋陷阵，应蒙殊赏，以劝为国用命之臣。”但被慕容评压住不报。慕容垂大为不满，与慕容评相争，太后可足浑氏素恨慕容垂，遂毁其战功，与慕容评相谋，欲杀慕容垂。慕容恪之子慕容楷及慕容垂舅父兰建闻知，告诉慕容垂道：“某闻先发制人，但除慕容评及乐安王慕容臧，朝中余者则无能为矣。”慕容垂不忍道：“骨肉相残而首乱于国，我有死而已，不忍为也。”犹豫不决。不久二人又来说道：“宫内欲除公之意已决，公不可不早发。”慕容垂又道：“若必不可弥缝，我宁避之于外。”心中忧虑，未敢将此事告诉诸子。世子慕容令来问父亲道：“儿观父王如有忧色，岂非以主上幼冲，太傅疾贤，功高望重，愈见猜邪？儿有一计，请父亲斟酌：今主上暗弱，委任太傅，一旦祸发，疾于骇机。父若欲全身保族，又不失大义，莫若逃之龙城，逊辞谢罪，以待主上之察，若当初周公之居东国，庶几可以感寤而得还，此幸之大者也。如其不然，则内抚燕、代，外怀群夷，守险要以自保，亦其次也。”慕容垂深以为善，遂以打猎为由，于十一月微服出邺城，欲归故都龙城。行至邯郸之时，因幼子慕容麟自谓不受父亲宠爱，便逃还邺城，向慕容评告密。慕容垂左右部将随从见主人势衰，中途也多有离去者。
慕容评闻慕容麟密报，急来见燕主慕容暐，诏派西平公慕容强率精骑追之，直到范阳。慕容垂使慕容令断后，慕容强不敢追赶。慕容垂乃遣散步骑，趁夜傍南山小路复还邺郡，隐于后赵显原陵。乃杀白马以祭天地，遥祝先祖，休使慕容氏骨肉相残。慕容令对其父说道：“太傅忌贤疾能，构事以来，人尤忿恨。今邺城官民望父返归，皆如婴儿思母，夷夏同之。父亲大人若袭其无备，取邺城如反掌耳。事定之后，革弊简能，大匡朝政，以辅主上，安国存家，功之大者也。今日之便，诚不可失，父亲若给儿数骑，便足以办之。”慕容垂说道：“事成诚为大福，不成悔之何及！不如西奔，可以万全。”于是不听其计，遂率部西行至河阳，斩津吏而渡。行至洛阳，遂集合家眷，引妻段氏、舅兰建，子慕容令、慕容宝、慕容农、慕容隆，慕容恪之子慕容楷，郎中令高弼等，一起投奔前秦，只留可足浑氏于邺城。