后来孔融又被征召为司空掾属，被授命为北中军侯，三天后转任虎贲将军，这时正值董卓专权，想要废黜汉少帝刘辩，孔融当朝与董卓争辩，言辞激烈。因此董卓怀恨在心，先是把他转任为议郎，又暗示三府举荐孔融为北海相。

孔融到北海后实施了各项政策，颇有政绩，因此被称为“孔北海”，但当黄巾军打来的时候，他却没有了对策，只能故作镇定的在家中看书，后来被黄巾军将领管亥率兵包围，孔融才慌了阵脚，急忙拍太史慈前去当时担任平原相的刘备那里求救，这才解除了危机。

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当时的曹操、袁绍已经逐渐成为了中原最强大的势力，就有幕僚劝说孔融和他们二人之一结交，但孔融认为这两个人迟早都是要篡夺汉室江山的人，不愿前去投靠，还愤怒的杀死了劝谏他的人。孔融自负是拥有大才之人，立志要平定国家动乱，但可惜才器粗略，思想老旧空乏，没有任何的收获。

孔融在北海六年后，经刘备举荐兼领青州刺史，建安元年（公元196年），袁绍的儿子袁谭率兵攻打北海，双方从开春打到盛夏，孔融手下兵士死伤殆尽，此时的孔融却凭几而坐，还在苦读诗书。看看多淡定，敌人都打到家门口了，他还在读书，多用功啊，这要是放在现在那绝对是个学霸啊，妥妥的高考状元啊！

待城池被袁谭攻破，孔融才把书一扔慌忙逃跑了，老婆和孩子都被袁谭抓走了。

同年，汉献帝迁都许昌，征召孔融为将作大匠（就是掌管宫廷，宗庙土木修建的官员），后又升任少府。每次朝会孔融总能语出惊人，对所讨论的事情做出定议，因此经常参议朝政。

后来孔融曾多次触犯曹操，曹操北伐时孔融更是嘲笑曹操说当年丁零偷盗了孙武的牛羊，你此次前去可以一并讨伐了。当时战乱四起，民间饥荒，曹操便上书下达禁酒令，孔融得知后多次给曹操写信不要禁酒，而且言词傲慢无礼。又曾上奏认为应该遵照古时的体制，京师千里之内不得封建诸侯，曹操认为孔融所谈及的事情越来越广，对他更加忌惮，但是孔融名满天下，曹操只得假装容忍。

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孔融虽然军事才能有限，但他礼贤下士，经常为国家举荐提拔人才，而且为人宽厚，从不猜忌他人，重视人才，深受天下人敬重。

但因为曹操忌惮孔融的才华，于是就指使他人诬告孔融，以“招合徒众”，“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名，于建安十三年八月二十九日将孔融处死，并株连全家，孔融时年五十六岁，实在是可惜！

据说，孔融当时还有一项罪名就是不孝，只因他曾说过父母对自己没有任何的恩惠，他们生孩子只不过是为了解决生理需求而已，说白了就是为了体验那个制造的过程。而母亲只不过是一个装孩子的容器，而当孩子出生了，那个容器也就没有用了。原文是这样的：父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳！子之于母，亦复奚为，譬如置物于瓶中，离则弃矣。这样的话不管在哪个年代说出来都不会被人认可吧！