做为中央史语所所长的傅斯年，毕业于北京大学，抗战前在北京大学任教，论身在何处，傅斯年可谓一直心系北京大学。
抗战爆发后，傅斯年力促西南联大的成立。据罗家伦回忆:“在抗战开始的时候，将北大、清华、南开三校合组为西南联合大学的主张，是孟真出的，他为西南联大，颇尽维护之能事”。
当西南联大迁至昆明时，图书在战火中损失殆尽。图书对于大学，有如生命，前面提到过，傅斯年和他的图书室曾为西南联大师生读书，提供了怎样便利。
大学毕竟培养的是通识之才，如果文科研究所不能恢复，一方面，高层次的人才将法培养。另一方面，史语所长期以来施行的从北京大学选拔研究人员的拔尖政策也将断档。
1939年上半年，傅斯年与北京大学校长蒋梦麟等人经过反复磋商，决定恢复北京大学文科研究所，进一步加强中央史语所和北京大学在学术研究和研究生培养等领域的合作。
首先，成立管理机构。按照1934年北京大学颁布的《国立北京大学研究院暂行规定，各研究所所长由该院院长兼任，故文学院院长胡适任研究所所长。
抗战爆发后，胡适远在美国，经傅斯年与蒋梦麟商定，胡适出任名誉所长，傅斯年任代理所长，全权负责研究所事务。
事实上，傅斯年除了担任史语所所长、代理北京大学文科研究所所长之外，还担任着中央研究院总干事、国民参政会参政员等职务，事务繁忙。于是便请北京大学秘书长郑天挺任副所长，负责日常工作。
同时专门成立了北京大学文科研究所委员会，延聘汤用彤、罗常培、姚从吾、叶公超、钱端升诸人为委员，担负研究所“学术上计划及管理之责任”。
为加强研究所学术研究力量和研究生培养，经与蒋梦麟、郑天挺等人协商，大力延聘导师，除文科研究所委员兼任导师外，又聘西南联大和历史语言研究所的专家学者如陈寅恪、李济、董作宾、李方桂、丁声树、姚从吾、杨振声等人为导师，并选聘向达为专职导师。
这些导师均为文史界一流学人，师资阵容强大，且多数导师和学生生活、学习均在一起，师生间探讨学问极为方便。
最难的是筹措经费。当时，全国战事吃紧，政府虽然重视教育，却拿不出足够的教育经费。在这种情况下，傅斯年通过各种关系积极争取中英庚款补助款。
中英庚款是英国将庚子赔款中实应赔偿款项之外的超额部分退还给中国的款项，分成基金和息金两部分，基金用于建筑铁路及经营其他生产事业，息金用于文教事业。按照《中英庚款息金用途支配标准的规定，“中英庚款息金以用于有永久纪念性之教育文化之建筑及有关全国之重要文化事业为原则，不得用以补助任何机关之经常费及临时费”。也就是说，按照规定，中英庚款息金用于支持北京大学文科研究所的经费是不很符合规定的，但这是唯一的来款途径。
为促成此事。傅斯年除了做出多方努力外，还专门写信给任中英庚款董事会总干事的杭立武，请求安排专款补助此项事业，为避免阻力，傅斯年特别强调，“此举与贵会补助学术研究，实同其性质”
或许也有对中国伟大的抗日战争的支持，和对苦难中的中国人民同情等诸情结，在杭立武等人的斡旋下，傅斯年请求中英庚款董事会补助款项最终得到批准。
于是，恢复北京大学文科研究所的最后障碍得以克服。