人和人之间的感情，是个很难说清楚的事。应该说，傅斯年从没做过什么对不起李方桂的事，两个人又都是品学出众之一，但是，李方桂好像就是看傅斯年不怎么顺眼。
过去，关于李方桂对自己的不满，傅斯年或许有所察觉，或许没察觉到。但经历过这次事后，傅斯年应该能有所感觉。
但傅斯年此人最可贵之处在于，即便是经过这样的不愉快，并没妨碍他对李方桂一如既往的支持、重用和尊重；更没有妨碍他高度评价李方桂是‘少数民族语言学之父’，是用现代语言学理论和方法研究中国少数民族语言的开创者。
而李方桂虽然没怎么看好傅斯年这个人，也不妨碍他在很多方面对傅斯年做出客观的评价。比如，他常说，傅斯年这个所长从不干预他的学术研究，在史语所他一直可以做他想做的事。须知，对于研究学问的学者，这一点至关重要。
南迁到昆明不久，傅斯年就兼任起了北京大学文科研究所代理所长。
北京大学文科研究所创立于1918年，是以哲学社会科学学术研究和培养研究生为主的学术机构。
1920年公布的《研究所简章，规定了研究所的性质是“仿德、美两国大学之Siar(研究班)办法，为专攻一种专门知识之所”。
卢沟桥事变后，北京大学文科研究所的一切活动便被迫中止了。
抗日战争爆发后，日本在对中国进行军事侵略的同时，也不断进行文化侵略。通过各种渠道，向中国人灌输“中日亲善”“日满华一体”之类的奴化思想，否定中华传统文化，破坏中国人的国家观念和民族意识。
为应对日本的文化侵略，南京国民政府训令各教育和科研机构，尽力迁入西南和西北的大后方，继续发展中国的科研和文化教育事业，同时，为弘扬爱国主义、提升民族自信心，在全国范围内开展了大规模的“中国本位文化建设运动”，通过弘扬中国优秀的民族文化，培养国民的爱国主义和民族精神。
1938年教育部专门颁布了《修正大学研究院暂行组织规程，再次重申了大学研究院“为招收大学本科毕业生研究高深学术”设立研究所的必要性。
此时，政府将出国留学也纳入为抗战服务的政治战略内，该年颁布的《限制留学暂行办法规定：论公费留学还是自费留学，“一律以军工理医各科有关军事国防、为目前急切需要者为限”。
这一政策的施行，使大学毕业生在国内继续研究学习的人数显著增多，客观上增大了研究所的社会需求。在这样的背景下，因战乱一度停顿的各高校研究所纷纷恢复活动。
北京大学迁至昆明后，教学、科研工作开始步入正轨，但是文科研究所却迟迟不能恢复。因为按照教育部颁布的《修正大学研究院暂行组织规程规定，研究所的存续需要同时满足“经费充足”“图书仪器丰富”“师资优越”三方面的条件。
而北京大学除师资优越外，其余两条均难以达到要求。当时北京大学条件极差，教室连课桌都没有，图书毁于战火、设备就更谈不上了。至于经费，连维持本校的日常运转都很勉强。也就是说，单纯依靠北京大学自身的力量，恢复文科研究所，几乎是不可能的事情。
但论从国家文化建设的大局出发，还是为北大自身学术发展考虑，恢复文科研究所又势在必行。
北京大学是运气的，这时候，恰巧中央史语所迁至昆明，与北京大学等高校成为邻居，从而为北京大学文科研究所的恢复提供了难得的契机。