因为有了李济这样的顶级考古专家主持，肯定地说殷墟发掘从第二次开始，是走上了科学考古的正轨了。当傅斯年挖空心思、不遗余力的招聘李济到“中央史语所”主持考古的时候，有人还不是很理解，现在不能不心悦诚服傅斯年用人的眼光。把最合适的人放到最合适的岗位，这便是领导者的知人善任。
有了李济的主持，背后又有傅斯年甚至蔡元培这样的卓越的领导人保驾护航，按说，接下来殷墟发掘便应该是高歌猛进了。
殷墟地处河南，因为冬季天寒地冻，不具备野外考古的条件，夏季雨水过多，对挖掘中的历史遗迹容易造成破坏，所以这两个季节是要被回避开的。国立中央研究院河南殷墟发掘团在殷墟的发掘，只能在春秋两季。
第二次殷墟发掘，也就是一九二九年春季发掘结束后，接下来的第三次开挖，按计划应该是在一九二九年秋季进行。
一九二九年十月，而正当李济信心满满的进行当年秋季的第三次发掘时，却遇到了大麻烦。
原来，殷墟发掘开始之时，中研院和河南地方政府曾在出土器物的归属和保管上有所约定，出土文物主要交给河南地方部门保存。
但在一九二九年春第二次考古发掘之时，李济等人就发现，河南当地很难保证文物的安全。殷墟的第二次发掘结束后，李济等人为了保护出土文物免遭破坏，把部分重要文物带回了北京进行整理和研究。
这一做法，惹怒了河南政府。率先反对的是河南省图书馆馆长兼民族博物馆馆长何日章，他以史语所违反协议为由，请求河南省政府叫停殷墟的发掘，转而委托河南博物馆进行挖掘。
当时的民国，虽然已经不像在北洋时期，很多地方都处于割据状态，但地方的权力也是很大的。很多的时候，中央的政令都不见得畅通，更别说中研院这，自然是惹不起地方政府。
所谓强龙压不住地头蛇，本来，没有地方政府的支持，中央研究院河南殷墟发掘团是很难进行的，更别说是层层设立障碍了。因此一九二九年十月七日开始的第三次发掘，到十月二十一日便被迫停下了。
在此情况下，傅斯年亲赴河南政府所在地河南开封进行斡旋，对李、董二人的做法进行了解释，并且承诺史语所绝不会独占文物。也通过各方的努力，到十一月十五日，第三次发掘才得以继续。
当时殷墟发掘面临的情况特别不好。
一方面，考古人员在乎季节，盗掘古物的人可不在乎。考古人员不在的夏季和冬季，成了盗贼们大肆挖掘文物的时机。
最初，安阳的盗掘仅仅集中在甲骨上，主要参与的人是古董商，销售市场以北京和天津为主，开封也是一个重要的转运中心。到了上个世纪的二、三十年代以后，盗墓的规模迅速扩大，几乎所有类别的安阳遗物，都成为盗掘者的目标。
而另一方面，在中央研究院河南殷墟发掘团停止期间，河南省图书馆馆长兼民族博物馆馆长何日章已经在安阳组织了新的挖掘。这次挖掘一直持续到一九三零年的春天，所挖的文物全部都运到了河南开封。
中央研究院河南殷墟发掘团既力制止盗贼盗掘，对地方组织的挖掘更是没办法干涉，他们能做的只能力争跑到盗贼和地方的前面。
因此，第三次发掘从十一月十五再一次开始后，李济他们一直干到了十二月十二日，河南的天已经很冷了，他们不能不停下了。
第三次发掘，发掘地点在小屯村北和西北两处，采用开纵横探沟的方法以了解地层情况。在村北开三十米至四十米长一米宽的探沟二十一条，三米长一米宽的探坑一百一十八个，发掘面八百六十平方米。共发现墓葬二十四座、灰坑十一个，出土甲骨文三千零十二片。还出土了大量的青铜器、石器、陶器、骨器等。陶器中还发现了一片彩陶及一些釉陶、白陶片。在村西发现墓葬六座基殷代文化堆积层。