也正因为考虑到在战争期间，文职官员是不可能指挥军队作战的。而在和平时期，军队必须要做好随时打仗的准备。在此情况下，后来作为对国防部的补充，成立了总参谋部。与国防部完全相反，总参谋部是一个完全由军人组成的部门，而且不属于内阁政府部门，而是属于军事部门。在多方面的摸索与总结之后，帝国国防部与总参谋部的权限有着明显的区分，而且还有平战之分。
平时，国防部是军队的主要管理者，负责军队的经费，人事，以及军队调动等重大事物，也就是说，在和平时期，军队基本上是由国防部控制的。总参谋部只负责针对各种有可能出现的战争预先制订作战计划，并且负责军队的训练，所需要研制与采购的装备（后来这个权利也移交国防部），演习活动，以及与盟友之间的军事交流。
战时，国防部转变为军队的总后勤部门，主要就是负责经费管理，装备采购与维护，人事调动。总参谋部的权限得到击打的扩展，拥有策划作战行动，调动军队，指挥军队作战等等作战行动权。当然，是否进行这一转变，是由首相决定的，而不是由军人决定的，而且首相可以随时收回总参谋部的权力！
当时薛希岳搞的只是国防部，而真正成立总参谋部，还是下一任帝国首相的事情了。可也正是因为要成立国防部，海军的体制就必须要进行改革，很多部门将并入国防部，而且很多机构也将取消，人员将大幅度裁减，有些将到国防部工作，而有些则将去别的机构继续任职。不说别的，当时海军司令部上万名官兵的人事调整，这都足够让任何人头痛的了。
需要进行体制改革的不仅仅是海军，陆军也面临着同样的问题。另外，陆军在失去了航空兵之后，几乎完全成为了一支“地面”部队。相反，海军肯定会保留航空作战能力。而帝国陆海两军可以说是冤家对头了，斗争了几百年，陆军自然不希望在自己被严重削弱的时候，海军仍然保持着强大的实力，而新成立的空军自然不可能成为海军的竞争对手，到时候海军一家独大，那陆军还怎么生存？因此，就在薛希岳提出成立空军的时候，严定宇给首相送去了一份提议，即海军陆战队也应该独立出来，成为独立的军种，而仅仅只是海军里的一个兵种。
陆军的这种“打击”多少有点荒唐。也许很多人认为，陆战队是地面部队，自然不应该属于海军，可是陆战队与其他的地面部队有着巨大的区别。比如，陆军的地面部队是从陆地到陆地的进攻，而陆战队是从海上进攻地面。这种区别就足以决定陆战队是一支很特别的部队，是一支必须要依靠海军才能够作战的部队。更重要的是，陆战队本身就是在海军诞生的，那么又有什么理由让陆战队独立出去呢？
就是这个看起来有点荒谬的提议却得到了首相的重视，而首相也正是借用陆军打出的重拳来压制海军，让聂人凤不得不在成立空军，以及国防部的问题上让步。可是，当时关于陆战队成为独立军种的迹象已经相当明显了，聂人凤也意识到了这个问题的严重性，如果陆战队独立出去的话，那么海军就真的成为了一支只能在海上作战的部队，这样一来，海军实力就会被严重削弱，恐怕今后的地位还不如空军呢。
这个被无中生有搞出来的问题几乎成为了当时海军面临的第一大难题，不管是聂人凤，还是甘永兴，或者是任何一名海军将领，实际上都不愿意让陆战队独立出去。另外，陆战队将领也对此持保留态度，就算大部分陆战队将领都希望获得更高的地位，可是有点理智的陆战队将领都知道，离开了海军，陆战队就什么都不是，独立出去后的好处不见得比坏处多。
当时，到底要不要陆战队成为第四军种的事情还没有确定下来，主要是聂人凤死咬着不放，而薛希岳又没有拿定主意，而严定宇在旁边吹风的作用也越来越小。可问题是，如果最终首相真的决定让陆战队成为第四军种的话，那对海军的影响非同小可。另外，几个知道内幕的海军高层将领对此事都不抱乐观态度。
对陆战队地位影响最大的还是未来的国防部。如果真的成立了国防部，那么不管是陆军，还是海军，空军，或者是陆战队，都将由国防部统一领导，那么陆战队独立，还是不独立，实际上在国防部范围内的影响是很小的。如果首相最终为了平衡海陆两军，再加上个新成立的空军，那么搞出个第四军种出来，也是很有可能的。这样，四个军种的影响都将非常有限，到时候肯定更利于国防部的运作，这也肯定要比海军一家独大好得多。
从这些因素考虑，就算当时海军还在积极争取，可也必须得做好陆战队成为第四军种的准备工作，这又要涉及到很多的人事变动，以及海军体制的变动。不说别的，仅仅是陆战队官兵的人事转变就很费事。那些陆战队将领的人事变动就更费事了。
可以说，当时海军完全是被迫进行体制改革的，可同样因为是来自外界的压力，这次体制改革绝不会立即开始，也不会立即结束。在谈仁皓拿到甘永兴给他的资料时，体制改革的事情只是暂时确定了下来，海军内部不会有十个以上的高层将领知道这件事情，毕竟这会动摇军心，没有任何理由要在这个时候公开。
当谈仁皓看完这份资料的时候，他的心情也是挺沉重的。这场战争让帝国海军名扬天下，从新回到了鼎盛状态，可是物极必反，当海军迅速扩大的时候，“瘦身”成为必然，恐怕也正是因为这场战争，将让帝国海军面临有史以来规模最大，影响最为深刻的全范围削减吧！