海军体制改革的问题就要严重得多了，而且这绝不是海军希望发生的事情。战争进行到现在，特别是在聂人凤出任海军司令之后，海军已经进行了两次大规模的体制改革，现有的体制是能够很好的为战争服务的，如果以战胜敌人为最高目的的话，那么在战争结束之前，海军是不需要进行第三次体制改革的。而这次提出改革的不是海军，而是内阁政府，其中涉及到的问题极为复杂。
毫无疑问，甘永兴让谈仁皓知道这件事情，也正是要谈仁皓参与到改革中来，至少要谈仁皓了解海军为什么要进行第三次体制改革，让他弄清楚海军的内部结构，这对他今后管理海军肯定有着巨大的意义。
让首相主动提出海军进行第三次体制改革的主要原因有三个，一是即将成立的空军，二是成立国防部统一管理未来的三军，三是陆军施加的压力。
成立空军的事情已经确定了下来，只要战争结束，就会建立第三个军种。未来空军的主体将是现在的陆军航空兵，也就是说，在空军成立之后，陆军不再拥有航空兵，不管是战略轰炸机部队，还是战术航空兵，全部划归空军。不过，海军也不是没有关系。海军航空兵会被保留下来，但只是很小的一部分。最重要的是，海军的战略打击部队肯定要被取消掉，或者是并入空军，成为空军的一部分。而这其中，最关键的就是未来的海军航空兵到底需要多大的规模。
这是当时聂人凤与首相之间的主要分歧。按照首相的考虑，海军航空兵只需要保留舰载机部队就行了，毕竟这些由航母携带的作战飞机是舰队不可缺少的一部分，而舰队又是海军的主体，不可能把舰载航空兵也划到空军的名下。可是，聂人凤却并不甘心把所有的岸基航空兵都交给空军，在他看来，岸基航空兵执行的很多任务是与海军息息相关的，比如反潜，护航，侦察，搜索，救援等等，这些都与舰队作战有关，只是将飞机部署在陆地机场上，如果条件允许的话，海军也希望将这些飞机部署到航母上呢。如果将岸基航空兵全都划归给空军，那今后海军需要一些战术协作，还得请求空军的支援，这不但麻烦，而且会带来很多指挥环节上的问题，也必然影响到海军的作战行动。因此，聂人凤坚决不同意完全取消海军的岸基航空兵，至少要保留一支辅助性的力量，即只取消岸基航空兵的作战部队。
可以说，最终首相怎么处理海军航空兵，将成为海军体制改革中的一个重点问题。如果仅仅只保留舰载航空兵的话，那么海军航空兵这个兵种都有可能被取消掉。反之，如果聂人凤争取成功，那么海军航空兵就会被保留下来，只是规模小了很多而已。
成立国防部的事情对海军的影响也非常巨大，其中特别重要的就是，要不要取消独立的海军司令部，将海军司令部集成到国防部里面，接受国防部的直接领导。
成立了国防部之后，海军司令部肯定会降级。现在的海军司令部属于内阁的部级单位，而在成立了国防部之后，海军司令部最多只是国防部的一个重要组成部分，而不是独立的部门。而这一点的影响是非常大的。
海军是独立的部门时，军费预算是单独计划的，并且可以直接向内阁提交申请，并且单独在议会进行审批。在掌握了经费大权的情况下，海军的发展相对独立，对海军建设有着很积极的作用，这也是为什么海军部保留了好几百年的原因。相反，如果今后由国防部来领导海军的话，海军就没有了独立申请军费的权力，而是由国防部统一申请国防开支，并且由国防部来分配军费。当然，在内阁与议会审批国防预算的时候，肯定会详细到每一项，也就是说，海军仍然有立项权，只是今后受制于人，并且由国防部划拨经费，那海军就不可能得到独立的经济大权，其发展也必然受到影响。
别小看经费这个问题，可以说，当时海军与陆军反对成立国防部，都是因为这个原因。而首相坚持要成立国防部，也正是想通过控制军费来控制军队，最终使军队完全由内阁掌握，成为政府手里的工具。也正因为如此，在国防部部长的人选问题上，两个司令官与首相的分歧就更为巨大了。
按照首相的意思，国防部是一个文职部门，国防部长也必然是文职官员。虽然，首相不排除由将领出任国防部长的可能性，但是有一个先决条件，那就是出任国防部长的将领都必须退役，即与军队解除关系，从而成为文职官员。虽然以文治武是发展的趋势，但是在帝国历史上，因为由文职官员管理军队而导致的灾难数不胜数，所以陆海两军司令都不赞成首相的安排，认为国防部是管理军队的，那么，就应该由将军来担任部长，而不是派个“秀才”来指挥军队作战！
后来，这就引出了国防部的权限问题，即国防部有没有指挥军队作战的权力，以及要不要由国防部来指挥军队作战。可以说，当时还没有几个国家成立了国防部，而且在怎么用文职官员管理军队的问题上也没有多少经验可以借鉴，帝国也只能摸索着前进。其实，这也成为了首相一直没有正式确定成立国防部的主要原因。
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后来的解决办法大家都知道，而当初正是因为聂人凤与严定宇的坚持，最终首相才向两位司令官做出了妥协让步。既然国防部是文职机构，那就不应该掌握军队的指挥权，而只掌握文职方面的权力，比如军费，人事这两项大权。军队的指挥权仍然得交给军人，而不是“秀才”。不过国防部既然已经掌握了经费与人事大权，那么军队就基本上由国防部控制，将领的地位降低了不少。