司法不断在发展，独立商人也不断在增多，许多商人都开始与官员脱离依托。
许多官员，特别是贪官们都在恨新礼法，甚至恨皇帝。
商人与官员脱离依托，商人利益再也不是官员的利益。官员的眼中，只有士族才是天下之民，商人不配为天下之民，原先皇帝向商人收税，被官员说成是与民争利，现在商人独立，不再是天下之民，以士族的眼光来说，向商人收税就再也不是与民争利了。
有部分官员甚至促进向商人收税的事务，以报复商人离弃官员的“不义”行为。
皇帝政府因势通过了向商人征税的法律。向商人征税，也只是正常收税，并没有满足某些官员的征收重税的心里。一般商人和小商人，一般是三七开以下，交三成以下的税收，大商人上交多一点，加征了道路修善费和剿匪费。
大商人对上交道路修建和维护费不抵触，有路才有商。对剿匪也支持，土匪是商人的最大敌人，先前行商也需要请保镖，也需要支付费用。
皇帝掌握了向商人征收税的权力是皇帝对天下的胜利。
皇帝掌握征税的权力以后，也用各种手段倡导、支持商人成立行业商会，要求商人维护正常的商业秩序，打击扰乱商业秩序的行为和个别不法商人。
原先禁商的大明社会，对商业确实没有什么规则，商业发展起来后，好的事件和不好的事件都可能会出现。现在能做的是一边立礼法，确定和发展商业原则，一边由商人达成共识，那些行为或做法可行，那些行为或做法不行，明确了两头那些能达成共识的不行或行的内容，中间那些待于确定的内容就不多了。
特区政府，明确的内容是打击地痞流氓的捣乱和严禁官员用权力夺取别人的财产，确保财产的所有权。按当时原则获得的财产，都是合法的财产，强盗式抢劫、有权者通过权力夺别人财产等一些通过商业原则之外的方法获得的财产为非法。
时间已到了崇祯五年，崇祯元年到西欧的学子有的开始回来了，为了吸收学子学习成果，崇祯对科学院也进行了新建设。
此崇祯认为，中华社会发展一技独秀的局面发生了变化，到了明末，有的周边民族在武力单个方面赶上来了，西欧的社会文化方面也赶上来了。在科技方面，中华在整体上，也许还没有落后，但在某些单个方面，西欧有许多方面已超过了中华，正由于西欧在某些科技上的单个方面超过中华，所在才派人到西欧学习。在整个科技知识中，中华在基础科技或学术体系方面有不足之处。
现在有从西方学习的人员回来，崇祯就是想通过发展科学院来促进整中华的科技发展。发展科学院，一方面吸收懂科技的人才，一方面建设好科学院内部的系科，已有的人才到相应的系科做事，也明确还有那些系科人才缺乏。
西方回来的人才要充分运用，原先国内的科技人才也要充分运用，使用人才中，不论出身，只论能力。好在明末时中华的地位还没有丧失，国内人才与西方回来的人才社会上也没有区别。
一些应用科技上，原先一些小的黑科技在大明土地上已有应用，也较具有活力，但不足以取代当时整个大明社会的生产。一些肥皂火柴之类生产已出现，玻璃在西方也泄秘了，大明也能生产玻璃。崇祯重点扶持玻璃产业，希望建立望远镜生产系统和枪炮的视准系统。
原先派往西方的学子主要是自然科学与基础科学方面，后来扩大到很多方面，一方面要少钱多办事，有重点的学习，另一方面是尊重学子的特点，学子想学什么，也就支持其学什么，这样学子学习的劲头才能足。学子自己选择内容也多般是中华原先不足的方面。
炮的制造知识的已经到了全面掌握的时期了，中程炮和远程炮也必须全面掌握。后金在崇祯四年初也知用钢代铁，大明更早就掌握了钢炮的制造，西方当时还没有明确的钢炮记载。
在冶炼方面，大明与西欧各有特点，现在就是要综合中华与西欧的特点，全面发展冶炼业，争取炼出更好的钢铁和其它用品。
西方的造船业也是一个重点学习内容，建立在计算基础上的造船业，还是要大力发展，造船业也应综全中华与西方的优点改良航海大船。
此时的崇祯重视科技，也对如何重视科技有观点。当时社会上，先要做到重视科技，才能做到如何重视科技。