崇祯二年冬季，由于精力放在后金方面，没有对发展特区进行布置，特区也能自然的发展。一些特区的边缘区域，在当地人的要求下，成水利单位的划入特区。
特区的发展，也进一步证明了减租减息的条件下，地方政府或地主即使单个田亩收入少一点，总体的收入不会少，地方官员对于收赋税也较松，不会遇到农民的拖欠事件。
一些清廉的官员也主动要求整区整县的划入特区，因为特区的体制易于完成赋税任务，且没有那么复杂的关系。
冬修水利也是众人愿意干的事情，农民都知道，水利是粮食丰收的保证。
崇祯三年，对于百姓和地方官员的要求，皇帝体系都因势利导，满足要求。崇祯三年是进一步扩大特区区域，也对一些官员进行任命，一些认为清廉，能办事的人调整到特区或特区边上，少量原先认为还可以，但实际中又有点不干净的官员调离。
中国普通农民，是几千年在封建思想束缚下生存的人，在思想束缚下，不敢去想怎样才能生存，最怕做出出阁的事。所谓出阁的事，就是政治上与谋反者划入同类者的事，最为保险的是做些平常做的事，或以前经常做的事。以前少于做的事除非有人带头，否则就不要做，人呀，穷点苦点不要紧，最怕的是掉脑袋。只要命还在，再穷再苦也要挺过去。
正是由于农民的思想束缚，在有人号召下的水利建设，则愿意跟随，并出现了较大的力量，尤其是在皇命下的行动，爆发出了强大的生产能力。
农民一般情况下，对付出劳动都是持观望态度，官府要劳役，到了头上，也尊重而去，做事也看别人，保持从表面上看来是出了力的状态，但实质能保持体力，绝不多作功夫，因为农民大都认为那是无用功，或与自己不相关的功夫。
特区的农田水利改造，又是皇帝的弟子布置的，众人自然就有干劲。明初期也搞过水利建设，知道是什么回事，最为重要的是一二年前，先前的特区已成功的搞了水利，且还有减租减息等有关梦中都希望出现的政策，所以农民的积极性也起来了。
在减租减息的政策下，也有许多家农民有余粮，一些上年也有余粮的人则敢出售部分余粮，以换取生活用品。农民出售余粮的行动直接推动了社会市场中的购买力，也就对社会提出了需求，需求的内容自然是当时社会的生活用品。
社会生活用品需求的出现，则为手工业繁荣提供了基础，而崇祯把注意力放在官府可能出现的对手工业的打击上，因为中国几千年都极端的鄙视手工业。
在皇帝体系的干部和胥吏学习班上，也讲了许多对手工业影响的因素，有一些看似与手工业发展无关，但实质上对手工业影响很大的因素，其中就有对手工业在政治上的限制因素和观念上的歧视内容。
崇祯三年，屯田区域具备了良好的发展之势，特别是沿江沿海区域形成的特区更是成了经济发展的中心。
沿江沿海特区，打击地痞流氓和剿清土匪后，就为特区提供了发展的治安环境，兴修水利和减租减息，为农业发展提供了基础，而农业又是百业的基础，特区管理者办事公正，对工匠、商人或其他一切人都一视同仁，许多小商人、许多工匠或手工业者都到特区落户。
为了适应特区的发展，特区的管理机构也分得较细，工商司，水利司，水产司，农耕司，食品司，司法司，民政司，土地司的机构也相应的出现了。
农业以稳定现有的田地所有权和使用权，在现有的基础上实行减租减息政策，一般以三七分成为原则，农户得七成。
工商户实行登记政策，明末手工业和商业，最大的问题是受到歧视和没有财产保障。原先手要业户和商户存在发展都需要拜码头，投靠山。现在特区清理了所有的地痞恶霸，也不允任何地方的恶霸再出现。