对于军事或地方武力采取的方法，是团结靠近皇家的力量，争取中间力量，打击敌对力量。对于一些地方武力，即不能完全不管，让其自由发展，也不能全盘吸收。对已招降的力量，也必须时刻注意其发展变化，力争克服出现军阀现象或力争缓解军阀现象的程度。
原先彼崇祯时期，对招降的农民军，没有有效的监管，任其再反。时当，主要是官僚体系不作为，不但没有有效监管，反而有许多官僚向农民军伸手，让人感到逼人反判的因素还在，或让人感到必须再反。
在福建，招降郑芝龙的工作，由巡抚朱一冯挂名，由懂异山具体执行和参与谈判。
经过三个月的反复谈判，懂异山与郑芝龙基本达成协议。
招降的具体内容：招郑芝龙为福建海域的海防游击，其他人为游击之下的各级武官。总体而论，是有条件的招降，而不是无条件的招降。招降后，郑芝龙等人已是大明官军了。
在军事上，主要是去军阀化，只是谈判中完成不了去军阀化，去军阀化主要靠的是国家的军事力量有制约军阀的力量，再加以各种方法。现在郑芝龙的军力是还可以，主要是旧式海盗式的水军，其力量强大也与郑芝龙的个人能力有关，但整体发展前程不太乐观。国家的海军一定能发展起来，并迅速超过郑芝龙的军力，这是制约海盗军阀化的重要力量。为此，同意郑芝龙自己保有自己原有的军事力量，自己训练，自己做战。
驻地上，同意夏门为郑芝龙的驻地，允许在郑芝龙的故乡晋江的石井镇建寨子。在晋江郑芝龙的家乡允许拥有部分家丁，但不得拥有军队。郑芝龙等人必尊守大明的法律，不得随意杀害他人，入出晋江和其它地方要按规矩办事，不得与海防军发生冲突或不得伤人。虽然郑芝龙与当地居民相处得还好，但海盗习惯于杀人，还是先交待规则好一点。
在税收上，经过多次反复协商议，最终达成协议。郑家经贸船队必须按规定登记和上交固定的费用后，各地关卡不得再收税。经过夏门的商船由郑芝龙按皇帝同意的税率收税，但需与国家分成，五成归国家，五成归郑芝龙做为水军的费用，但国家特别规定了的船只除外。虽然考虑到郑芝龙可能阳奉阴违，但只要是海军发展起来后，就不怕郑芝龙了，海军没有发展起来，郑芝龙怎样做也无法干涉。
对台湾的移民管理上，十八芝的北港溪改收固定的粮税，固定粮税归郑芝龙，北港溪的民政交朝庭管理。
郑芝龙在军事和经济上有一定的获利后，在其它方面郑芝龙也做出了让步，一是放弃对台湾北港溪的民政管理，管理权交给朝庭。二是同意存钱到皇家钱庄，使用长城币、黄河币和纸币。三是在法律规则上，尊守大明的规定。
招降郑芝龙后，说明台海或福建海面清宁了，为了证明福建海面的清宁，俞咨臬调到海军学堂训练海军和教学去了，原福建的水军由懂异山掌管，福建海面再无大战事。此时清剿海盗的行动由郑芝龙来执行，一时间内海面清宁得多了。
郑芝龙的归降，带来了许多西方人和西方人的回忆录，也有许多即通中文，又通西文的通译人才，而许多这样的人才，郑芝龙都愿意献给朝庭或海军部，因为郑芝龙需要的钱和权，把握的主要是军队和收钱的方式，这些只是手下的人员，让出部分没有什么损失，而朱弘正看重这些人。
在增加了部分西方资料时，通译资料也加强了，编修了一些可以称为字典前身的相当于中荷字典，中葡字典的内容。请西方的通译人才合作和相互应证通译效果。葡萄牙、西班牙、荷兰人都有许多人经过郑芝龙的引见为大明效力。
郑氏的归降也说明了一个新前景，海盗基本上肃清或即将彻底肃清，海运可以发展起来，沿海的港口或避风港也基本建成，长江口或长江口以南的地区的货物可以选择海运进京。运河的运输压力大减。
中国的商船，以前抗风暴的经验不足，若天气好，则能航行自如，若有风暴，则需要沿途有停靠点，如日本南归的商船就依靠琉球的小岛链做为停靠点，而中国大陆原先因为沿海的停靠点没修建好，而过多的利用运河。现在有足够的资料，就好分析西方人在大洋中行驶是怎样抗击风暴的。本来郑和航海也有许多对抗风景的经验，可惜，其资料被文官销毁了，现在其经验技术失传了。
招降郑芝龙后，利用郑芝龙的关系，与西方人的联系更多了，以前的陈可恒和刘秉成是以信王的名义派到欧洲的，现在可以以皇帝的名义派人到欧洲学习，学习别人拥有而大明还不足的内容。这次派的人较多，并不限于信王府的学习班人员，也不限制于懂西方语言的人，能迅速学会西方语言，能学习东西的人都可派遣，以后也有必要的时常派遣。
在现有的体系内再次选拨人员到西欧学习考察，自然科学知识为重点，其它知识也可学，只要学有所成就行。当时西欧已发展起来了，有些内容超过了大明，或者说，大明当时已失去了全面领先的地位，只是部分内容还处于世界最先进水平。明末的学子去任何地方，都是平常事，没有人横加干涉，没有晚清时五大巨出洋那种舆论阻力和歧视。