水军合编是紧随着漕运兵合编之后。登莱是袁可立的主管之地，登莱地区的水军合编自然是在袁可立老资格的官员指导下进行，袁本身就反对吃空饷，主张精兵政策，自然会支持皇帝的整军行动。水军过得不太好，有许多人也希望整顿水军，象浙江游击，张名振就欢迎整军，且和袁可立样，反对吃空饷的现象。
水军整编中必须确立新军的风气和原则，有的地方可由附近新军直接接管，有的地方需要从京中禁军派出有资历的人接管，有的地方甚至还需要老资格的勋贵带队接管，好在勋贵中也有人愿意与军中多建立关系，支持新军的整编事项，自己的军权大小由皇帝定，而不是由自己建立。
漕运兵和水军之外，屯田军也是一个重要内容。借鉴辽东顿田经验，调赵率教到蓟州镇顿田，原先所带的一万关宁军也带到了蓟州镇。赵率教原先在辽东屯田有点成绩，辽东的人大多都逃亡，剩下的辽人开垦荒地，担心的只是后金来抢，而不担心原主人来争，即有地，也有好地，在军队的保护下大胆耕种。辽东剩下的辽人也是无法逃走，或不想逃走的人，这些人耕种积极性很高，顿田也易出成果。
蓟州镇情况就不同了，蓟州好一点的军户田也被地方毫强占完了，差田不良之田又大都荒废。赵率教到了蓟州，只剩下组织顿田的组织方法还有用，其它的都是情况不同。赵率教到了蓟州后，李信和田见秀也被皇帝派到了蓟州帮赵一起顿田，即帮助赵，也是向赵学习实际经验。
当时侍卫新军人员紧张，李信和田内见秀都只带一个临时抽调新编的精简连为卫兵，那连卫兵大多都是新近从禁军中编入的，原先种子士兵，即在信王府就参加训练的人只有极少部分，但两个精简连都掌握了新军的训练方法，接受了新军的观念，以后李田两人只需要增加夜不收，卫生兵、辅兵和其他技术士兵。
赵率教还是军队出生的直性子，虽然没有满桂那么直，会转点弯，但也诚府不算深，较好相处，李信、田见秀与赵相处得还可以，赵有李、田一起想办法，屯田也轻松多了。蓟州顿田的主要问题是原田地的主人来相争，有的甚至是荒地，你开垦后，就有人来争，拿出手续说是他的地。李、田，虽然与赵一起想办法克服困难，但也了解到顿田的艰难。就那样，李信和田见秀与赵率教一起渡过了三个月的顿田岁月。
李信和田见秀发现赵率教顿田用了太多的精力，连军训都有所忽视，其它事务，包括军事事务赵很少顾问。李信和田见秀则按原先的习惯，军事训练从不拉下。李、田在蓟州两个月的建设后，不但夜不收招齐了，饮食班，医生，辅兵也招了许多，来时只是一百多一点的精简连，此时已是二百过头的加强连了，且都训练都较好。
蓟州的情已清楚，经验也了解了，就没有必要再在蓟州磨时间表了，朱弘调李信到大同，田见秀到昌平。赵率教因与李田二人相处还好，也事实上帮助其顿田相了许多方法，赵也直率的为李田二人报功，朱弘也自然的报兵部帮李田二人又升了一级官。李信升为参将，田见秀升为城守尉。
不久后，满桂从关宁军中抽出来，调整到宣镇顿田，成为李信的名义上级，同时皇帝体系利用满桂的直率和与皇帝的关系，方便安插新军入宣镇。
利用当时后金整顿内部事务空档，通过蓟辽总督孙承宗按排，锦州一万兵防守，宁远二万兵防守，三万兵在大凌河西岸前安营扎寒，并架好炮火，调集几万民工重修建大凌河西边的城。朱弘决定，关外放六万军队守城还是可以的。
派人出使后金，出使后金只是为了和平再做次努力，军事围困是没有办法时的办法。和谈的内容是允许后金立国，用唐时靺鞨国的地盘封后金，也可封皇太极为靺鞨王或渤海王。实质上是说你后金想立国就拿出诚意，先迁出辽东。
后金心里想的是重建宋朝时金国的辉煌，想要黄河以北。此时后金也要体整，皇太级要稳定自己的权力，则只敢提出要关外的地盘，而朱弘则以是否愿从辽东迁走是和谈诚意的先决条件。后金女真人已经全力在发展军事力量，且抢劫成习惯了，要去松花江自己生产已经是不可能的了，皇太极即使有那么大的战略眼光也不敢违背女真人的众意，自然不敢同意迁出辽东，谈来谈法没有结果，战争还是不可避免。
即使战争不可避免，朱弘还是规定以后对女真人不可再称奴、建奴之类，直接称后金或女真。必须认识到，想把边民当奴的心理，会导致边民也把中原人当奴的心意，而中原人自由了几千年，不愿再当奴了。
对其他边民也直称其名，不得称夷之类的贬称。
户部是朝庭的钱袋子，必须先整顿，当时的户部尚书，郭允厚为代表的户部官员还算比较清廉。其实户部的问题还是主要在一些下级官员或胥吏上，而整顿胥吏官员并不反对，明朝的官员，对惩治别人的廉洁问题都是在伦理上支持。郭允厚也想整顿户部的贪污或漏洞，只是一时没有办法。
朱弘在学习班选了二个人，想派入户部调查，当然是通过大太监的关系，说是某官员的亲人，能满足当时进入户部当胥吏的条件。