1月11日，两派召开协商会，一致同意以自愿为原则复课，并电告全国。
大批学生返回日本继续读书了，留下的只有几百人。那么，这学还办不办？
姚宏业等人怀揣赶超耶鲁大学、早稻田大学的美好憧憬，决定不改初衷，继续兴办本土大学。将学校定名为“中国公学”。
万事开头难，而前路更难。那一年的旧历春节，干事们在奔波中度过。尽管他们晓之以理动之以情地演讲，但社会各界对这所新学校多持观望态度，并不给予实质性的支持。
据早期学生张承槱回忆：“当时办学毫无基础，全体同仁遭遇极大困难，同情者虽多，而实际援助者除上海总商会会长曾铸捐了数千元外，其他各界毫无表现，全凭我数百人自己解囊相助，大多数困苦不堪，连生活也难于维持了。”
校舍房租每月必付不得拖欠，学生宿舍租在农户家，因为缺钱，两个学生合租一个铺位。就在如此艰苦的条件下，中国公学竟然颤颤巍巍地开学了。
理想丰满，现实骨感，最难的是两点：
一是生源不足。3000人锐减到260人，还不到10%。学生来自13个省，年龄不一、层次不一，同班同学能差出14岁之多！教员配备完全跟不上，有些课程还要请日本教师来讲，再请懂日语的同学做翻译。甚至年龄大一些的学生要给低年级做兼职讲师，颇有点自给自足、自教自学的劲头。这能长久吗？
二是资金匮乏。社会各界持观望态度，有的甚至说办学是假，革命党的阴谋才是真，这样的谣言喧嚣直上，就更没有人敢出钱了。下层盯着中层，中层盯着上层，谁也没有真行动。
这边正焦头烂额，那边开学才不到十天，竟出了一件大事，差点让这新学校夭折！
办学条件艰苦，教学水平也跟不上，有的学生已心生不满。副干事朱剑和部分江苏籍学生发生了点口角，本来也不是大事，互相体谅一下也就过去了。但冲动是魔鬼，朱干事甩了一句难听话：“江苏人闹事，江苏人皆出。”意思是闹事的都滚蛋。
这本来是一句气话，何况朱干事自己就是江苏人。但江苏籍学生们不干了，认为学校有意排斥，闹着要罢课、要退学。
为避免同室操戈愈演愈烈，朱干事被迫辞职了，但江苏籍学生们态度坚决拒绝和解，他们带人破坏了学校设施，公开在报纸上声讨攻击中国公学。最终，50多名学生坚决退学，自立门户，组了一个健行公学。
学校诞生仅10天就闹出来的分崩离析，无疑使中国公学的形象大受损害。本来观望的人，这下成了看热闹的，说这帮学生简直就是胡闹，幸亏自己当初没出钱。而更严重的影响是，上海官府本来批付一部分经费，但因为出了这事，已经在走流程的款项，被紧急召回了。
整个事件，姚宏业一直尽力周旋，力求保住中国公学的颜面，但无奈以失败告终，他痛感：“东京之现象既如彼，内地之悲观又如此，此次归国对外之种种大愿，终莫得遂。”
失意失望、郁闷悲痛，姚的脑中渐渐浮现出陈天华的身影。冥冥之中，他萌发了同样的以死明志的念头。
4月5日，姚宏业和干事王敬芳促膝长谈，把自己所有想说的话都说尽了。王觉察出不对劲，想着第二天是清明节，就说一起出去散散心，姚一口答应。但第二天敲门时，姚不在屋内。此后7天，杳无音信。
13日，报纸上刊登了一则消息，说黄浦江里打捞上来一具尸体，是个穿西装的中国人。王敬芳、张邦杰等人感觉不妙，立刻赶往医院认尸。但尸体已经膨胀模糊，无法辨认，只从口袋里翻出两枚图章，一个“剑生”，一个“竞生启事”。剑生、竞生是姚的字号，这尸体无疑就是他了。在场之人无不痛哭流涕，无法抑止。
人们在整理姚的遗物时，发现一封事先写好的遗书，字里行间，言辞慷慨，声泪俱下：
“……我愿我死之后，君等勿复念我，而但念我中国公学……竭力求学以备中国前途之用……振起精神，无轻灰心，无争意见，于各事件不完善者补之，不良者改之，务扶我中国公学为中国第一等学堂，为世界第一等学堂而后已。我愿我四万万同胞之官绅、兵士、农工商，贵者施其权、富者施其财，智者施其学问，筹划以共，维持扶助我中国公学……我死后如有知也，愿此一点灵魂与我中国公学共不朽！”
赤子丹心，苍天可鉴。投江这一年，姚宏业不过才25岁。
悲剧发生后，感动了不少人慷慨解囊相助。清政府迫于舆论压力，也不得不在1907年夏由两江总督端方拨给上海市郊吴淞炮台公地100余亩土地为校址，大清银行助借10万两白银兴建校舍。
姚宏业几千字的遗书在报纸上发表后，引起社会震动。胡适从报上读到这份遗书。受到极大感动与鼓舞，遂决定报考该校。