惠州一战，邓铿声名鹊起。广东全省光复后，升任广东陆军第一混成协协统，广东都督府陆军司长兼稽查局长，后改任都督府参谋长。
一九一三年邓铿任琼崖镇守使。二次革命时起兵反袁，与龙济光激战于三水，失败后逃亡日本。
在日本，他追随孙中山在日本加入中华革命党，任军务部副部长。从此之后，邓铿一直是孙中山的得力助手。
在讨袁（世凯）驱龙（济光）、护法援闽等战事中打了无数硬仗。在当时，邓铿与朱执信、廖仲恺被同视为孙中山的股肱心膂。朱、廖二人是政治活动家，邓铿则是掌握军权的重量级人物，孙中山在军事上很多时候要依赖邓铿。
邓铿待人仁厚，律己廉洁，治家节俭，常常以减衣缩食来勉励家人。在福建征战期间，他对自己的要求尤为严格，“月受俸仅百二十金，即平日轻慢公者，亦为赞叹而敬服”。
他经常对下属和朋友说：“近来人心常以做官为黩货途径，及其已得，则消耗与嗜。即稍稍储积，其结果不过增加自身罪恶，而陷后人于有恃无恐，不克振拔之地而已。”
闻者皆服为名论。难怪胡汉民称邓仲元为“武人之中，高节远瞩，惟公为能”。
邓铿治军严谨，廉政不阿，嫉恶如仇。他对军中不肖分子包庇烟赌的行径，毫不徇情，并多次派出宪兵，专门缉拿偷运烟土的官兵。
有一次，他在广州晏公街缉获烟土两百多担，查明是陈炯明的部署洪兆麟、陈炯光、陈觉民等人伙同所为。虽与陈炯明是生死患难之交，但并没有睁一只眼闭一只眼，召集广州各界代表和各国驻广州领事，共同监督将烟土焚于东郊。
此举被当时的人们赞颂为林则徐之后的第二次大规模焚毁鸦片。有人劝他做事要少与自己树敌，以免给自己带来杀身之祸。邓铿则说：“怕死则不必作革命事业，丈夫宁玉碎耳，何虑？”
但是，此时的邓铿还没有想到，他的这一系列廉政不阿，嫉恶如仇之举，已经为他日后遇刺埋下了祸根。
陈炯明的亲信有犯法的，常受邓铿的呵斥，陈的左右对邓铿积怨甚深。认为邓铿是粤军中的孙中山亲信，视如眼中之钉。
孙中山出师时，邓铿特拨自辖的一团为孙的警卫团，以邓的副官长陈可钰统率，用以保护孙的安全。北伐军军饷，就是邓铿一力筹措的。
三月中旬，孙中山的代表伍朝枢和段祺瑞的密使周善培从北方到了香.港，邓铿和总统府秘书长谢持由广州专程赴香.港迎接。这次行踪除了粤军总司令部重要人物知道外，并无外人知悉。邓启程时，陈炯明曾亲自送到楼梯。
一九二二年三月二十一日傍晚七时，邓铿从香.港返回广州，在广九车站下车。即将登上汽车前，忽然人群中响起了枪声。邓仲元身中两弹，一弹掠过腹部，微伤，另一颗子弹则贯胃部而出，重伤。
邓铿中枪负伤后第一时间仍想奋力抓住凶手，但是伤重不支，只好马上命令司机赶回省署。
见到陈炯明和家中亲人后，此时的邓铿已隐隐感觉到性命难保，遂告知后事：“余才学不逮朱执信远甚，朱且先我而死，为革命党人，平日拼作牺牲，尔等无过伤也。天下不能容好人，付之叹息而已。”
二十三日四时不幸逝世，终年三十八岁，临终前叹息一声“好人难做”！
就是邓铿临终前的这些话，引发了后来人们的诸多猜想。
邓案发生后，政务厅长古应芬怀疑凶徒匿居香.港，派夏重民赴港密缉，获知主谋者为陈炯明族弟陈远生嗾使黄某收买凶手谋刺，曾密报香.港政.府。
邓铿殉难消息传至桂林，胡汉民、许崇智、蒋中正均伤悼恸哭，
孙中山尤为悲怆，电陈炯明云“仲元遽以创死，伤哉！平日忠于国事，勇于奋斗，前途之望，正复无量！壮年遽殒，不止粤中惜此人才也。”
廖仲恺致蒋中正函云：“仲元遽遭惨害，吾党健者又弱一个，吾侪与仲元相处逾十年，道义之交海内有几？追怀良友，辄复怆然出涕。渠生前至爱赣园，临终亦以执信为念。赣园适与执信墓相对，故拟卜葬于此，已电园主协和（李烈钧）借地矣。”
国民党方面一向说邓铿是被陈炯明指使人暗杀的，而陈炯明一派及驻穗美、英两国领事馆都认为，刺杀邓铿，是国民党内激进分子所为。