咸丰帝还要指望湘军打仗，只得让步，将江西巡抚陈启迈、按察使恽光宸革职。耐人寻味的是，咸丰帝并未升曾国藩为巡抚，而是调湖北布政使文俊担任江西巡抚。
这一场闹剧，以曾国藩、陈启迈的两败俱伤而告终。从此之后，江西官场对曾国藩更是敬而远之，表面顺从，暗地里刁难。
除此之外，曾国藩的幕僚们也纷纷离他而去。明眼人都看得出来，江西战局已是死局，再不撤军止损，恐怕又要重蹈九江之败。
就连曾国藩的心腹幕僚、好友刘榕也要向他告辞。当时，湖南士人圈子里有三个公认的大才，都可比肩诸葛亮，是为老亮罗泽南、小亮刘蓉、今亮左宗棠。
刘蓉日后亦跻身督抚，太平军翼王石达开便死于刘蓉之手。曾国藩惊闻刘蓉也要离他而去，送了首歪诗给刘蓉：
“虾。豆芽。芝麻粑。饭菜不差。爹妈笑哈哈。新媳妇回娘家。亲朋围桌齐坐下。姑爷一看肺都气炸。众人不解转身齐望他。原来驼背细颈满脸坑洼。”
刘蓉看罢，只好哈哈大笑，留了下来。
危难之际，常州人周腾虎前来南昌投靠曾国藩，令曾国藩感动不已。周腾虎又向曾国藩推荐了自己的小舅子赵烈文，说服曾国藩厚币招揽赵烈文入幕。
趁局势有利，吴捷调兵遣将，开始谋划进攻南昌：
一、吴捷带领司令部南下，亲自指挥前线战事。
复兴会政工部长李雲负责留守工作，总理一切军政事务。左七军复兴委员邹世安辅助李雲，主持日常大小事务。
左七军第三师抽调兵力渡江南下，负责保卫九江复兴会总部、中兴公司、姑塘造船厂、九江实务学堂等要地。具体防御事宜，由第三师师长雷振邦负责。
第三师一直据守在湖北黄梅，为九江城防扩大防御纵深，也为复兴会在江北打下一个牢固的立足点。遇有大的战事，吴捷照例要从第三师抽兵，负责九江城防。
二、调湖口太平军黄文金部、彭泽太平军周庭森部沿鄱阳湖东岸南下，参与南昌之战。
赣东方面的太平军，由左七军参谋长卢波克统一指挥，担任助攻任务。其中，太平军黄文金部、周庭森部绕道赣南，进攻抚州、建昌两府，从南翼围攻南昌。
吴捷特意指示卢波克，要他率领左七军从广饶州进入南昌府，对抗湘军李元度部。
李元度是湖南平江人，也是曾国藩的得意弟子。九江之战后没多久，曾国藩便派李元度回湖南招募新兵。李元度募得三千名平江勇，趁左七军没有攻占赣西，率军赶到南昌。
对于困守南昌的曾国藩来说，李元度的三千平江勇无异于雪中送炭。
后来，左七军经略赣东，进攻广信府。因为广信府是浙江粮饷进入江西的重要通道，曾国藩特派李元度前去求援。
李元度不敌，退守东乡、进贤，阻止左七军西进。
历史上，李元度在湘军中也算一号人物。他曾救过曾国藩，也被曾国藩委以重任。但此人太不争气，屡坏大局，被曾国藩弹劾，两人反目成仇，李元度更是试图投靠曾国藩的政敌何桂清。他日后只担任了布政使一职，未能荣膺督抚。
曾国藩晚年觉得愧对李元度，和李元度结为亲家。
三、令左七军军长冯桂芳指挥赣西部队，执行多重任务，即守卫萍乡、义宁等赣西重镇，阻止湘军刘长佑部从湖南进入江西；接应广东天地会起义军入赣；保障萍乡煤矿、赣州稀土矿的安全。
五、最后，吴捷共调集一万五千名机动兵力，用于南昌之战。其中，左七军一万名、右二军五千名。
南昌之战，首先在樟树镇打响了。