凌牧云退走之后，马钰便在悬崖之上传授郭靖一些玄门内功的修练法门。当然，马钰并没有对郭靖明说是教授他内功，而是说传他一些呼吸、坐卧、行路、睡觉的法子，而更奇葩的是郭靖这傻小子还真就相信了。当然，这也是因为江南七怪并未教授过郭靖内功，所以郭靖才会对内功毫无认知，被马钰轻易就糊弄过去了。
其实这也跟江南七怪的武功路子有关，江南七怪崛起于市井之间，并非出自名门大派，一身武功也都是东学一鳞西学半爪再加上自己摸索所得的外门功夫，并没有学过什么正统的内功修练法门，虽然身具内力，却都是常年修练由外而内自然而生，并非修练内家法门而得，只懂运用之法，却不知修练法门，就算是想教郭靖内功也是无从教起。而郭靖又因为外家功夫的火候还不够，尚未产生内力，江南六怪自然也就没必要向他讲述内功，也就造成了他对内功完全不了解的情况。
一夜修练，天色微明时郭靖才被马钰用绳索将他缒下悬崖，命他当晚再来，并一再叮嘱他不可对任何人提及此事，郭靖点头答应，然后回家去了。由于他平日里跟着六位师父学武也是经常彻夜不归，所以郭母李萍也是不以为意，而了解个中情况的凌牧云就更不会问了。
就这样郭靖每天白日里在江南六怪的教导和凌牧云的指点下练功，夜里就去崖顶随马钰打坐练气。马钰虽然并未教他一手半脚的武功，但随着练气渐有小成，内力对于武功的增益之处日渐显露出来，日间练武之时，竟尔渐渐身轻足健，本来劲力使不到的地方，现下一伸手就自然而然的用上了巧劲，原来拚了命也来不及做的招术，忽然做得又快又准。江南六怪只道他年纪长大了，勤练之后，终于豁然开窍，个个心中大乐，却不知其实是郭靖背后另有名师指点。
凌牧云虽然知道，但出于某些考虑并没有将此事告诉给江南六怪，只是偶尔会在夜里悄悄尾随郭靖出去察看一二，以免出现什么意料之外的状况，系统警示过他可能会有变数，他也不敢对郭靖太过放松大意，免得万一出现什么意外，他可没处买后悔药去。
不过这也让凌牧云看到了郭靖在轻功方面的进境，凌牧云发现，郭靖每晚上崖时，马钰往往都会和他并肩齐上，指点他如何运气使力。直至他无法再上，马钰才会攀上崖顶，用绳索吊他上去。日子久了，郭靖的轻功大有长进，不但越上越快，而且越爬越高，本来难以攀援之地，到后来已可一跃而上，只在最难处方由马钰用绳索吊上。
后来凌牧云见郭靖内功小有根基，就以交换为名将九阴真经易筋锻骨篇中的部分内功法门以及大伏魔拳法都传授给了郭靖，条件就是让郭靖教他骑射之技。这个交换如果认真算起来自然是凌牧云亏了，不过凌牧云也有自己的考虑，他毕竟不是郭靖的保姆，不能一直护在郭靖的身边，还是郭靖自身拥有过硬的实力才是根本，万一遇到什么危险情况也能应付。况且时间相处得久了，凌牧云也渐渐真把郭靖当兄弟看了，而不再是原来那样仅仅当做是自己完成任务的一个媒介，教他些本事防身也是出于真心。
凌牧云传授给郭靖的武功都是经过他深思熟虑，最适合郭靖修练的。由于马钰已经传授郭靖全真内功，凌牧云就没有将易筋锻骨篇中的内功修练之法传给他，免得与马钰传给他的全真内功的运行法门相冲。只传了他一些内功修练和运用的诀窍，辅助郭靖对全真内功的修练。
而所传的大伏魔拳法讲究稳实刚猛，拳法的招式不多，一共只有一百零八式，正合天罡地煞之数，但简捷之中蕴含无尽神妙，讲究熟极而流，究极而妙，也正适合郭靖修练。
事实也证明了凌牧云所选武功确实不错，郭靖在修练了易筋锻骨篇的部分修练和运用法门之后，因为心思单纯，极少杂念，修习内功易于精进，远胜满脑子各种念头此来彼去、难以驱除的聪明人，内功进境竟是一日千里，在短短一年多的时间里，内力修练就已经登堂入室，与凌牧云刚来漠北草原时相差无几了。一套大伏魔拳法也是练得极为熟练，虽然还谈不上精熟二字，也有了三四分的火候，一身实力提升了十倍不止。
当然，郭靖武功大进的同时凌牧云也没闲着，在这一年多的时间里，他也将郭靖所教授的骑射之术练得精熟，比起郭靖来也不差多少。而且还把小半部九阴真经上所载武功尽数练成，九阳真经也修练到了第四卷，内力之深厚稳稳跻身江湖一流行列。而且因为所练武功俱是绝学，凌牧云的实际战斗力更是极高，便是许多成名数十年的江湖一流高手与他对上也得吃亏。