李世民率精兵抵达山东，会同幽州总管李艺数万将士，共讨刘黑闼，经历大小数战，最后于洺水两岸与刘黑闼两万人形成对峙。
刘黑闼扎营于洺水之北，李世民扎营于洺水之南。
李世民定下决战之计，分兵于洺水之北看住刘黑闼，派精税骑兵断其粮道，命属下众将深沟高垒不与刘黑闼交战。
待刘黑闼粮尽之时，如若刘黑闼撤走，则乘胜追击；如若其主动求战，则聚而歼之。
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武德五年三月，两军相持两月，刘黑闼军粮已尽，只能孤注一掷，率大军步骑两万渡洺水与唐军交战。
李世民亲率玄甲兵冲入敌阵，先灭其骑兵，然后乘胜对步兵进行掩杀。
刘黑闼无力抵敌，自带二百骑兵逃往突厥，其余人马全军覆没。
自此之后，山东之地全部平定。
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四月，李世民准备引河北之兵赴河南征剿徐圆朗，李渊急召李世民返回长安。
李世民将军队暂交给李元吉代管，回长安觐见李渊。
李渊于长安城外的长乐宫迎接李世民，相见之后却并无要事。
只是因为李世民、李元吉出征走后，李建成班师回朝，李世民不在身边，李渊有些心中不安。
于是李渊便将李世民召回京师，希望他守在长安。
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李世民见到李渊之后，为他分析当下形势，“如今域内已基本平定，只剩淮济之间的杜伏威、淮汜之间的徐圆朗，当乘胜追击扫清域内，然后全力以赴对付突厥。”
“假如，拖延不决，不快速将杜伏威、徐圆朗扫清，其它残余势力有可能死灰复燃。”
李渊听从李世民的建议，再次派李世民赴黄河之北的黎阳接管大军，继续征讨徐圆朗、杜伏威。
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李世民率大军向南，大破徐圆朗，连下十几座城池。
杜伏威见徐圆朗已是苟延残喘，心中恐惧，他怕接下来就要轮到他的末日来临。
见形势不妙，杜伏威权衡利弊后，率所属州县向李渊投降。
李渊大喜，封杜伏威为太子太保，位次在李元吉之上，可谓是恩宠有加。
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七月，李世民见徐圆朗已不足为患，留淮安王李神通、行军总管李世勣，继续清剿徐圆朗残余势力，自己率大军班师回长安。
至此，原来隋朝固有疆域之内，已基本平定，主要的威胁只剩北边的突厥。
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九月，李渊任命李世民领左、右十二卫大将军。
所谓十二卫，是指：左右骁卫、左右武 卫、左右威卫、左右领军卫、左右金吾卫、左右监门卫。
左右骁卫、左右武 卫、左右威卫、左右领军卫，此八卫掌管宫禁、宿卫。
左右金吾卫，此二卫掌管宫中、京城巡防、警卫。
左右监门卫，此二卫掌管京城、皇宫各门的禁卫。
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李渊任命李世民领左、右十二卫大将军，就是把京城、皇宫的守卫之权交给了李世民。
这也等于是，李渊将自己的命交在了李世民的手中。
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十月，率二百骑逃到突厥的刘黑闼，勾结突厥人再次窜回山东作乱，不日之间便又聚集了数千人。
李渊下诏，命李元吉率并州之兵讨伐刘黑闼。
李元吉惧怕刘黑闼，不敢进兵。
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太子中允王珪、太子洗马魏征两人，向李建成建议，“秦王功盖天下，中外归心；殿下虽因年长居太子之位，却无大功镇服海内。”
“如今刘黑闼所率皆乌合之众，不足一万人。如果派大军征剿，定是势如摧枯拉朽一般。殿下应该趁此机会建立功勋，同时结交山东豪杰，这样才是自安之道。”
李建成听从王珪、魏征的建议，向李渊请命征讨刘黑闼。
李渊欣然应允，命李建成率河南、河北、山东诸州兵力，与李元吉合兵平定山东。
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武德六年正月，李建成、李元吉将刘黑闼残兵一举巢灭，将刘黑闼斩首。
二月，淮安王李神通、行军总管李世勣将徐圆朗残部扫清，徐圆朗为乱军所杀。
从此宇内平定，只剩北方突厥不时对边境进行袭扰。
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自隋末以来，中国之内混乱了数年，如今天下平定，宇内从兵荒马乱，渐渐归于平静，百姓终于可以安居乐业。
可是在深宫之内，庙堂之上，一场你死我活的夺嫡之争，却在慢慢酝酿。