西区各层堆积较薄，土色也明显不同于其它区域。西区第四层黄白色土。只有少数探方中有这个堆积层次。该层夹杂有大量的黄白细砂，质地较硬。第三层黄色土。第二层黄红色土，说明此层受到北区第二层堆积的影响，与其时间大致相同。直到第层耕土层中，仍含有较多黄色细砂。说明西区地层的堆积机制更多地受西侧洪水的影响，堆积机制不同于其它诸区。显示这里最接近西侧主河道，同时也受东方洪水的持续影响，各层堆积都与洪水冲刷有关。西区堆积量不大，这里受洪水影响最强。
遗址东部没有遗迹（没有东区，但北区和中区都有东侧部分），主要原因是日常用水不便，大部分时间不适合定居。但是，在最大洪水期，东部也有洪水流过，甚至会淹没过整个遗址。事实上，大洪水曾经多次没过整个遗址。最早是第四层堆积形成时，不是由东向西的洪水，而是由北向南的的洪水带来的大量泥沙，形成了遗址的基本地形。然后是第二、三层两层堆积形成时。在此期间不是太大的洪水，在遗址中、东部以及北部带来大量罹难于洪水的尸体，形成了大规模的二次葬对象。中区第层土色与北区第层相同，同为红褐色，证明这次由东而来的大洪水也曾淹没了整个遗址，然而，只有最高水位时留下了此次洪水的记录。
根据遗址地层堆积现象可以推断，遗址区早期，即北区第五层时，东方来水穿过探方T二六六和T二六零，南区可能与这里相同，也有由东向西的河流，此两区分别有可供人类栖息的成陆沼泽地。北区、中区和南区第四层堆积主要是由北而来的洪水的裹挟物，其土壤性状不同于来自东方的冲积物，但同时也受由东向西洪水的切割和堆积的影响。所以此层土色相近，但并不完全相同。北区是灰黄色，中区为黄褐色，南区是黄灰色。中区第四层土色黄褐色，虽属于同一次堆积过程，但成陆的时间最早。然后以中区为中心南北两侧再分别展开不同的堆积过程。
第二、三层两层的堆积主要则是由北向南来的洪水与由东向西而来的地表径流所带来的堆积物混合堆积的结果。东方所来洪水只有泗河来水，虽然今天看泗河离开遗址尚有一些距离，但在遗址时期应该就是直接影响遗址的水系之一。尼山和峄山山地的表土被雨水冲刷后向西方移动，迫使泗河后世漂移至今天的位置。遗址所承受的来自北方的洪水压力更大，稍近一些的有汶河，同时还会受到更远一点的济水和黄河水系的影响。因此，层与层之间实际上所隔时间可能很长，二者之间可能存在较长的时间差。
最早的灰坑分布，中区的灰坑主要分布在探方T二三九、二四九和二三二，北区的灰坑主要分布在探方T二六三、二六五、二六八、二七零、四零五、四零六和四二五、四二七，南区的灰坑主要分布在探方T四零零九、四零一一、四零一二、四零一六。显示这里早期是被沼泽割裂的小块陆地。在相对干旱的年代，这里为东方地表径流所滋润，既有自然生长的籽实性植物，也有各种动物频繁出没。是早期人类理想的栖息地。所以，从第层下开始，本遗址的人口就展开了迅速增长的态势。
从遗址一米和一.五米等高线所表示形状可知，正是造成第四层堆积的大洪水所带来的泥土构筑了此后遗址的基本地形。由原本的沼泽状地貌，变成了一个三面环水的小高地。在更大洪水来临时，会出现四面环水的态势，以至整个遗址全被洪水淹没。大洪水退去后，在相对干旱的年份这里又成为半岛地貌。
另一方面，由于各区地势不同，每个区即使同一层的遗迹大多也不是同时出现。西区最明显，它与北、中、南区的地层堆积进程并不完全相同，这片遗迹实际上只出现在大洪水年份的最干旱期。北、中、南三区各层形成的时间相对较近，但也不是同时形成。北区第四层持续时间较长，可能相对早于南区第四层。南区第四层持续时间较长，可能时间会早于北区第三层。无论是哪一层，中区持续时间都较短，因为那里大部分时间用水不便。所以，只有水位较高时人们才生活在中区。作为一般规律，北区人口较多时，一般属于雨水丰沛的年份，但没有大洪水。南区人口较多时，一般都是比较干旱的年份。人们出现在中区都是水位最高的时候。西区则是其它区域都不适合人类生存时才出现的位置。”
随后，大家认真地听着许虹讲述着各个遗址层的情况，许乐在听到第四层有一八个睡觉的人直接被洪水说淹没之后，他的脑海里一下蹦出了一个母亲用身躯抵抗着倒塌的房子护住自己的孩子样子，心中一下悲伤起来，不住的点着头！
难道这年轻的洪水就是因为自己所起吗？他不禁开始怀疑其自己来，不过想了想也就好了一点，不是自己也会有其他的因故吧？
不大的地方，一边看着一边听着，还对照着现场来看，许乐最后对许虹说道，“我现在初步认为你说的是对的”，许虹一下高兴起来！
“不过，我觉得你的研究还不到位，现在来看，从黄河上游的积石山到这里一定有问题，无论是禹贡还是上古文献，在大禹导积石这件事情上是有争论的，我个人认为上游积石山才是真正意义的积石山，但是并不排除在下游也同样有这种行为，那么按照你所说的，其实每隔千年基本上都会有一次大洪水了，所以说你应该把王因、王湾，包括凌家滩以及良渚一直到上游的几个地方串联起来看，到底是怎么回事，是否有共通性，第一是时间第二是起因第三是造成的影响，这样才更有意义”！
许虹热切的看着许乐，冲着许乐敬了个礼，“收到”！
许乐拍了拍许虹的肩膀，“走吧，先找个地方住下，吃点饭，中午都没吃饭了”！
随后，许虹带着大家来到了运河旁的一个大酒店，酒店不高，八层，许乐他们先订了房间，洗了把脸，随后就下了楼来到街边，对岸就是大运河！
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