在秦时竹的建议之下，各路巡防营的整编果然取得了极大的进展，各方面都落了好处，唯一过不了关的便只有金寿山。
一贯隐匿踪迹的金寿山终于经不起出山当官的诱惑，在张锡銮的“感召”之下出面受抚，但朱庆澜、秦时竹等人早就盘算好了杀招，待金寿山一到，不待他与张锡銮见面，便以新民府通缉文书为名擒下。利令智昏的金寿山此时还妄图做最后挣扎，掏出腰间暗藏手枪想着最后一搏，不料被周羽一个点射撂倒在地，而且私藏枪支的行为更加坐实了“谋逆”的佐证。
张锡銮原本对金寿山便无多少好感，罪证一呈，群情激昂之下自然只能顺水推舟地表示同意。解决祸首之后，金寿山手下这几百号人便群龙无首，本想一窝蜂作鸟兽散，但秦、陆兵马早已团团围困，负隅顽抗者除了一个死字便无其他出路。
虽然在解决金寿山问题上秦时竹出力最大，但在写给赵尔巽的公文呈报中，朱庆澜却是各功之首。
杀猴骇鸡的效果果然非同凡响，金寿山一死，原本蠢蠢欲动、贪得无厌的大股小股武装便各自胆寒，要么是不容讨价还价地接受招抚，要么是继续聚啸山林，但整编的基调就此确定了下来。张作霖手下的张景惠、汤玉麟拉着队伍投奔了素有渊源的冯麟阁，冯亦声势见长，俨然一路之威。
在这个过程中，秦时竹陆陆续续给吴俊升送去一批急需的枪枝弹药，帮助吴俊升巩固了内部，壮大了力量，及时消化了队伍扩充中的不利因素，吴自然也投桃报李，两人关系日益密切起来。另一边，冯麟阁和马龙潭相互间也逐步靠拢，巡防营最出名的四个人分成了两派。
凌源铁厂基于首期的经验，使新购设备投入正常运转的时间比前次大大缩短，到1905年底之时，生铁产量和钢产量都翻了一番，达到年出生铁近2万吨，钢7500吨的水平，开始源源不断供应京张铁路建设工程的钢轨所需。虽然年经费投入远不能与汉阳厂相比，但因为不存在贪污舞弊与铺张浪费，其利润总额反而比汉阳厂高出不少。而且，正如詹天佑所说，京张铁路总办陈昭常也是一个干实事之人，对何峰青睐有加，不止一次想聘请何峰出任副总工程师，何峰只能婉言谢绝，不过碍于情面，还是延长了一个月的课程。
阜新煤矿经过扩建，年生产能力达到4万吨，除一半自用外，其余全部外销，称得上购销两旺。主持工厂管理的禹子谟日历翻到了1906年，秦时竹他们又要筹划新一年的发展计划：
在形势一片大好中，秦时竹也明显地看到了危机。第一个就是军火短缺，经过1年多高强度的练兵，子弹消耗很大，虽然经过多方搜罗，库存仍不足三十万发，算下来每人只有60余发，虽然日系军械可以向日本方面寻求补充，但价格居高不下；而俄系枪弹虽然因为日军缴获量颇大而不存在供应问题，但日俄战事已经结束，日军手中的军火库存也是卖一次少一次，何况东北各路的巡防营都因为价廉物美盯着日军手中的战利品，不足恃为稳定可靠的供应源。
第二个就是财政吃紧。虽然秦时竹、陆尚荣两部开始领取巡防营军饷，但军饷与实际需要差距颇大，而且领取军饷之后便不能就地收取“保险费”，一进二处，所获好处少得可怜，而秦、陆两人的营头都是超编的，平均算下去更是缺口大增。掌管财政大权的夏海燕做了精确统计：部队扩编成两路后，包括腾龙社和特种兵中队，扣除领用的军饷后光正常开支就达到97487元，1906年该项开支将增长到17万元左右（因为上年大部分时间是扩编前的计算基数）。
支出在增加，收入却在减少。由于不像1904年那样有剿匪和煤矿的额外收入，总收入下降到232398元，再加用于打点、日常开支、工厂添置设备等开支，当年赤字68070元，所幸历年还有结余，因此并不是太过难堪。但夏海燕明确指出，如果按这个形势发展，1907，最多1908就要财政破产。
对第一个问题，秦时竹的反应是枪弹自造，一旁的何峰接过话头：“自造是可以的，但需要兴建厂房，招募工匠，而且至少还要购买4万元以上的设备，短期内也不易见效。”