闹得沸沸扬扬的万名读书人请愿事件，在武英王朱斌的精心安排之下，以一种非常轻松的方式结束了。但是，朱斌心里比任何人都要清楚，紫禁城请愿事件，只不过是开始而已，对于朝廷旧势力的铲除，将以大风暴的形式拉开帷幕！
朱斌并没有急着对张溥动手。在这次事件中始终在幕后不肯露头的张溥，已经失去了绝大部分门生的信任。而相反的，朱斌成功的演出，却收回了本该属于张溥的那些读书人的心。使那些对朝廷政策心存不满的人，奇迹般地站到了朱斌的身边。
就在请愿事件后不久，朱斌全部取缔“复社”和“陵社”这两个组织，并且宣布今后凡要组建任何超过一百人以上的组织都必须经过朝廷的批准才可。
但这道命令并没有引起多大的风波。当初在组建复社的时候，本来就有阉党当道，政局混乱，国将不国，士子们力图挽救朝廷危亡的特殊原因在内。而现在的大明朝廷，政治上正在走在逐渐走向成熟，官场上起码还称得上清平二字。在这样的大环境下，类似“复社”和“陵社”这样的社会，其生存空间正在减小，其存在的目的也逐渐不为大多数人所接受。而朱斌更是提出了“将一切权利交给朝廷，朝廷将给大明一个太平的国家”这样富有鼓惑性的口号，将道义上的主动权牢牢把握在了自己手里。
更主要地一点是。朱斌让普天下的读书人都弄清了改革科举的重要性，让他们读懂了即使不去死读书，不用加入任何社团，不用讨好那些在朝廷为官的所谓“师长”，也一样能够凭借自己的真实本领，而进入到大明的朝廷之中……
最为可怜地是被抓入狱中的侯方域和钱谦益。他们甚至没有弄明白自己怎么莫名其妙又进入到了这个地方。他们更加猜想不到的是，从一开始，他们就只是朱斌利用的棋子而已。对这两人从来就厌恶的朱斌，现在到了榨取他们剩余价值地时候了。
在黄溪一步步地诱导下，两人逐渐招供出了此次事件的“主使者”和“参与者”。凡是守旧派的那些官员。名字无不都在其中。而侯方域和钱谦益为了保住自己的性命，很快就像两条疯狗一般疯狂咬人，只要黄溪需要谁的名字他们便会供出谁的名字。
当这份名单报到朱斌处地时候，朱斌只是淡淡地笑了一下。这份名单上的很多人，对所谓的请愿根本就一无所知，完全是被冤枉的。但要让大明按照自己的设想走向强盛。这样显得有些卑鄙的事情，是朱斌必须去做的。
只有清除了一切保守的，显现不出任何进取精神地官员，大明才可以大踏步地前进。也许一年，也许十年，总有那么一天，等大明稳定了，强盛了。会有人帮他们平反的。但却绝对不会是现在……
抓捕行动很快开始了，必须要赶在新地《大明律》出台之前完成这一切。《大明律》其实是一把双刃剑。它在完善大明法律的同时，却权利也起着制约的作用。一旦《大明律》正式启动，那么这些官员将会受到正式的审判。
这些官员只能在强权下按照自己的心愿处置，每当自己想到这总会有些苦涩。自己既是完善地法律地制定者，居然又是第一个违法者。但愿这样的事情。在自己这一代身上嘎然而止。这才是大明地希望所在。
被逮捕入狱的这些官员，很快纷纷按照黄溪的意思招供了自己的“罪行”。他们得到的承诺是。除了被罢免官职以外，将不会受到其它任何的惩罚。甚至，他们还会得到一笔由武英王亲自出资，极其秘密的“退休金”。
当然，也有很多硬骨头的人，宁死也不愿意交代出所谓的“罪行”，他们甚至采取了绝食的极端方式，来以死抗争自己获得的不公正的待遇。而这样的人，都以各种方式被转移到了台湾、澳门和巴达维亚这些地方……
反对改革的势力被一步步地清除着，朝廷的政局正在按照朱斌的意思重新组建。朱斌为大明所构思的那份宏大蓝图正在顺利实施。
作为张溥的好友，大学士史可法曾经找到过朱斌，问他这么做心里会不会有内疚。因为他的心里知道，在那些官员中，也许有的保守，有的固执，可是他们绝对不会做出这样的事情出来，更加绝对不会如此明目张胆地反对朝廷！
面对史可法的责问，朱斌在沉默了很久后才回答史可法：
“是的，我心里很内疚，但除了你以为我绝对不会承认。在未来的日子里，还会有更加多的官员被牵连进来，一切反对变法的人都在我的名单上。但我内疚，却绝不会后悔。史可法，如果换了你在我的位置上，或者你也一样会这么做的。当权者考虑的，并不仅仅是自己的名声，更加也不能有任何的后悔，哪怕这样事情，明知道它不对，既然做了，那就一定要做到底。我就是这样的人，支持变法的，就是我的朋友；反对变法的，就是我的敌人。一个强盛庞大的大明，难道不也是你希望看到的吗？”
“你是一个好的当权者，但绝不是一个好人。也许，真的如你所言，你将把大明带向一个前所未有的繁荣昌盛。但是，历史上对于你的评价，一定是毁誉参半……”
这是史可法最后对朱斌说的话。从此后，除了公事外他再也没有找过朱斌。他承认朱斌的做法对国家有利。但朱斌做事地方式，却是他绝对无法接受的。
名单中列在第一位，但却是最后一个被抓捕的，是张溥。
这位曾经的天下士子的领袖，在请愿失败之后，并没有感到惊恐。但是在朱斌大规模的抓捕行动开始之后。他却开始知道，很快就要轮到自己了。
他忽然发现自己永远只能做学问，就算再如何努力，也永远无法和那些政客相比。他本想着自己躲在幕后，就算行动失败了。朝廷也将因为抓不到自己地证据而作罢。但从抓捕行动开始之后的一切表明，朱斌要动自己根本就不需要什么证据。
当这份惊恐逐渐消失，他变得心丧若死。他一直在家等待着，等待着朝廷官员上门。他甚至早已想好，当那些官员上门抓捕自己的时候，自己将会对他们怒骂什么。就算是死了。好歹也能博取个有“风骨”的好名声。