明崇祯十四年八月二十二日，东印度公司驻巴达维亚尔，向大明军队投降，从这一刻开始，巴达维亚的主人，换成了中国人！
指挥夺取巴达维亚的钟建，完全遵守了自己的诺言，他在巴达维亚进行了简单的补给和休整，将整个的巴达维亚，包括俘虏在内全部交给了郑森，而自己贼带着部下和舰队退回到了台湾和澳门两处。
得到消息的郑芝龙欣喜不已，本来他以为就算江南军会把巴达维亚交给自己，也必然会在那拖上很长一段时候，等把荷兰人的财富搜刮得差不多了才会离开，他绝对没有想到江南军会是如此的讲信用。
可是对于郑芝龙来说，得到巴达维亚究竟是福还是祸呢……
……
江南军之伐罪军连战连捷，大破巴达维亚荷兰红夷，纵横大海，扬威海外的赫赫战功，传到江南的时候，已经是崇祯十五年的新年了。
对于大明朝廷来说，这不是一个让人快乐的新年。
松山决战的失败，已经直接危及大明江山之安危。大明在关外连战连败，已使稳固的宁锦防线处于瓦解之中。朝廷得此消息，京师大震。
按例，朝廷要追究丧地之责。吴三桂同其他各镇将不能逃脱责任。但出乎意料的是，崇祯不但没有追究吴三桂的责任，反而给他加升提督职衔。指示他收残转败，把各镇残兵败卒总归吴三桂收拾集中，上紧整顿，徐图再举。
受到惩处地是王朴，以临阵首逃之罪被逮捕，法司开庭审讯。这种不公平的处置引起朝廷舆论哗然。御史郝晋上书：“六镇罪同。皆宜死。”
他认为，六镇总兵都应按逃罪处死，而朝廷只问罪王朴，却不追论其余五人之罪是不公平的。晋对此大为不满，特别提到，“吴三桂实辽左之将，不战而逃，奈何反加提督？”
兵部尚书陈新甲复议。向崇祯提出处理意见：只斩王朴，勒令总兵马科立军令状，再有失误必处死。吴三桂失地，也应斩首，但姑念其守宁远有功，可与李辅明、白广恩、唐通等贬秩，充为事官。
崇祯帝批准，立将王朴处决。吴三桂仅受到降级处分，仍守宁远。职方郎中张若麒受到朝野谴责，要求重处死。旋即逮捕处以死刑，而兵部职方主事马绍愉给予削籍的处分。
朝廷不追究吴三桂的死罪，予以宽大，绝不是随意作出的，这有多方面地因素。吴家在辽东已占据要津，是地方的一大实力派。继松山之败后。在这里除了吴氏父子已无更合适的人选为朝廷固守这块残土。
显然，朝廷不敢得罪吴氏，因吴氏父子尚有可利用的价值，朝廷中有吴氏的靠山，为其开脱，也不无作用。对比之下，王朴的地位，没有吴三桂那么重要。他所得军功不显，名曰总兵，但在朝廷中并无实际影响。他在关系明朝危亡的松山决战中，带头逃跑。搅乱军心，以致各镇将纷纷效尤。王朴的行径恶劣，罪在不赦。按律处斩，人们无足惜。
当然，也不能把所有败将都处死。问题是，独斩王朴，而其他各帅只给以降级地象征性处分，这就看出吴三桂等人与王朴在朝廷心目中的悬差的地位了。
吴三桂自知犯有逃罪，也许出于赎罪之念，他在松山战后的第二年，即崇祯十五年三月，松山刚破，便与另一逃将白广恩等率兵四千，试图组织一次进攻。他们进至塔山扎营。塔山已处在清军的围困之中，吴三桂下令以一半兵力至高桥，与清兵遭遇，但不战而退。
吴三桂此次军事行动，大抵是试探清军虚实，并非是寻找清兵展开战斗。
整整过了四天，崇祯十五年三月八日，祖大寿在完全绝望的情况下，愿献城投降。他向围锦的清将诸王许下诺言：“我若归顺，宁远亦可得也。”诸王准降。
祖大寿，这位大明的战将，终于走出了这可耻的一步……
于是，锦州经一年的围困，终于不战而克。锦州一破，满清诸王议取宁远之策，当乘总兵吴三桂尚未交替之时，立即发起攻击！
在这些满清诸王看来，吴三桂犯有逃罪，肯定要被朝廷撤换，当乘其尚未撤换之时，利用祖大寿在宁远地家属与他的亲属关系，一举夺取宁远。
但是，吴三桂并不想降。和硕郑亲王济尔哈朗与多罗睿郡王多尔衮奏报：他们曾派人到宁远，想与祖大寿的儿子取得联络。守城官员知祖大寿已降，不许入城。派去的人被拒之城外，对城上喊话，城上守官没听几句，就不予理睬。
松山、锦州相继攻取，杏山、塔山日夕可破，清太宗和他的诸王、大臣便把注意力转向宁远。此城距锦州仅两百里，骑兵瞬间可至。宁远原先有锦州及松山诸城作屏障，明兵进退自如。而此时，宁远已直接暴露在强大的清兵面前，驻守此城地明朝官兵已失去安全感。明朝谋臣、统帅最担心的是，清兵随时可以直驱城下，以围锦的战术来围宁远。
满清内部确有人主张乘清兵大胜，迅速取宁远。都察院参政祖可法、张存仁、理事官马国柱、雷兴等汉官向清太宗建议说：“今锦州既下，宁远惊骇，山海溃乱，燕京震动，明总兵吴三桂以松、锦失守之故，既踏可杀之罪，今祖氏全归，吴镇自不能安，又必有脱死之术。祖氏之子妇在宁远者，已心切来归矣。况其为祖镇之遗类，与其在门墙者，岂不畏死而求生乎！”
尽管满清中有此主张。但明朝朝廷所担心地事并没有发生。因为皇太极还不打算乘胜加兵于宁远，他以为处于惊慌失措中的宁远明官兵无力抗拒清兵
，可以传檄而定。