赵昺当政后，苦于此，于是乎将一些久设不置官员的机构裁撤，职能相同或近似的机构合并。将职官和寄禄官进行整理，一切以所任职事为准发放俸禄；而对于荣誉性的环卫官几乎不再赏封，并依据职能简化官名，十多年来才逐步清晰。
但是加设新的机构，重新审定编制和官名、划分权限，便又绕不过这些问题，让赵昺也十分头疼。宋朝在宫城内设置中书门下，作为中枢部门的首脑官署和正副宰相集体处理政事的最高权力机构，或称政事堂。中书门下的长官在北宋前期称同中书门下平章事。为分散宰相的事权，增设参知政事，作为副宰相。
神宗赵顼元丰官制改革，撤销中书门下，将其职权分归门下、中书、尚书三省，以尚书左、右仆射各兼门下、中书侍郎为正宰相，再设门下、中书侍郎各一人，尚书左、右丞各一人为副宰相；哲宗时，设平章军国重事或同平章军国事，以处“老臣硕德”，位居宰相之上，每数日一朝，非朝日不到都堂；徽宗赵佶时，蔡京为相，自称太师，总领门下、中书、尚书三省之事，改尚书左、右仆射为太宰、少宰，作为宰相。
南渡后，又改左、右仆射为左、右丞相，复以参知政事为副相；宋宁宗时，韩侂胄任“平章军国事”，每三日一朝，宰相不再掌印。南宋末年，贾似道专权，任“平章军国重事”，左、右丞相实际上屈居于类似副宰相的地位。
赵昺知道每一次官名的更改，其实就是政治斗争的结果，官制的一次更迭，权力的重组。而由此引发的混乱都会导致国家动荡，而非仅仅是官名的变更。此外宋朝为了加强中央集权和皇帝的权力，还对相权进一步进行分解。
宋初便设置枢密院，作为主管全国军政的最高机构，与中书门下对掌文、武大权，其长官称枢密使或知枢密院事，副长官称枢密副使或同知枢密院事等；另设主管财政的最高机构，宋前期称“三司”，即盐铁、度支、户部三部。其长官称三司使，号称“计相”；神宗改革官制，撤销三司，将三司的大部分职权归户部和工部。南宋增设总领所，负责供应数路或一路各军钱粮，并参预军政。其长官称“总领某路财赋军马钱粮”，简称总领。
所以，北宋前期，宰相主管民政，枢密使主管军政，三司使主管财政。神宗官制改革后，宰相实际兼管财政。南宋时，宰相又兼任枢密使，兼管军政。这样，宰相再次握有民政、财政和军政的大权。
此外，宋朝设有独立的监察机构——御史台，其长官称御史中丞，副长官称侍御史知杂事，主管纠察百官，肃正纲纪。台官有弹劾权，可以上疏言事，评论朝政，弹劾官员，还准许“风闻”论事。而仁宗又有专管规谏讽谕的机构是谏院，设知谏院事或左、右谏议大夫，凡朝政缺失、百官任非其人、各级官府办事违失，都可谏正。台、谏官都以言事弹劾为责，其职权其实并无多大差别，也导致后世台、谏的合流。
中书本是有制定诏令之责，可宋朝另设翰林学士院作为替皇帝起草制诰、赦令、国书和宫廷内所用文书的机构，设翰林学士承旨、翰林学士、直学士院等。翰林学士与中书舍人或知制诰分掌“内制”和外制”，总称“两制”，翰林学士等还侍奉皇帝，充当顾问，涉及朝政了，侵占中书的权力。
宋初的最高司法机构是大理寺和刑部。太宗时加设有“审刑院”，其长官称知审刑院事，官属有详议官。各地奏案先经大理寺裁决，报告审刑院复查，写出奏稿，上呈中书。中书申奏皇帝论决，神宗改革官制，审刑院并入刑部。
还有宋朝同样继承了唐朝的寺监，设置有太常、宗正、卫尉、太仆、大理、鸿胪、司农、太府九寺，国子、少府、将作、司天、军器六监。北宋前期九寺六监中，除大理寺、国子监、司天监、都水监、军器监外，与三省六部情况相仿，名存实亡，职权被其他机构夺取。
元丰改制后，撤销司天监，另设太史局，九寺五监始各专其职，设官职掌。到了赵昺主政，这些寺监也进一步被缩减，只保留了国子监、将作监、军器监、都水监及宗正寺和大理寺。但他一直把持着宗正寺，而将作监和军器监也划归内府管辖，成了内廷体系。
这也不是赵昺爱管事，是当初实在分不清内外，而当初的形势也乱成了一锅粥，混乱之下他也就怎么方便怎么来了，到如今也没有人提出异议，似乎也成了定制一般……