现在江东战事结束，这些问题都需要解决。赵昺考虑再三，随即命倪亮统领御前护军第一旅、第二旅、第三旅、第五旅和骑兵旅、炮兵旅，移兵平江休整三日，就近补充兵员缺额及辎重粮草，搭乘御前水军的舰船北上盱眙，准备迎战蒙元的侍卫亲军。第四旅则返回临安，警备京师安全。
政务繁杂，赵昺此次索性令下旨命参知政事王应麟兼任淮南东路安抚使，总领淮东政务，授予其组建州军、任免官员之权，尽快完成对淮东新收之地政权建设，尽快展开人口和田地的普查登记，并收拢流民、安抚百姓等工作。而他则专心谋划接下来的战事。
又下旨撤销江东制置司，免去赵孟锦江东制置使的职务，改任淮东行军总管，原置司臣僚及直属队转隶总管府。参知政事江璆兼任江东安抚使总领江东政务，并调原常州知州蔡若水为江东转运使兼平江知府，待赵孟锦交接完毕后，即刻领禁军第五军及配属的炮兵第一师和骑兵第一师搭乘第一水师的舰船北上山阳。
撤销湖广制置司，免去江钲制置使之职，改任淮西行军总管，总领军政。除将先期入淮的第六军和第七军划归其统领外，又将驻沅江的第八军及骑兵第二师、炮二师划拨给其指挥。仍以谢枋得为湖广安抚使，并调蔡乔为鄂州知府兼任淮西转运使；第九军转归枢密院节制，仍屯驻南宁路，仍以防御占城、安南，镇抚诸俚为主要任务；第十军则北调江陵，准备入川增援征西军，并由右相文天祥节制。
赵昺让马端临起草好诏书，刚想让王德用玺，却突然摆手制止了他，拿过诏书看了看。接着拿起笔想要改动，可又放下，如此犹豫再三。马端临和王德都知道小皇帝行事向来是三思在前，可一旦想好便会坚定的下令执行。但此次却犹豫不决，显然心中仍在权衡，一时难以决断。
“令倪亮和赵孟锦停止休整，接令后即刻率军北上，不得延迟，在沿途补充辎重弹药，随时做好投入战场的准备！”赵昺思惆再三决然道，“令第二水师刘文俊部，并陆战二旅、三旅北上待命盐州待命！”
“陛下，是不是太过仓促了，此战御前护军损失较大，又麓战多时，已经是兵疲马乏，不经休整恐影响战力。且大战之后，战场遗尸数万，而如今天气转暖，若不及时处置恐引发疫病流行！”在旁的谭飞提醒道，“再者江浙和两广兵力基本已经抽调一空，一旦有事只留州军恐难以弹压！”
“朕知道，此战的规模已经超出预期，若是不能击败南下的蒙元援军，两淮将得而复失。但是赢得此战，我们则可赢得数年的安定，两淮得以休养生息。”赵昺略做解释，让马端临重新起草诏书，并取出调兵兵符。
赵昺当然明白大战之后部队休整的意义，也清楚此战御前护军在会战初期承担着消减敌锋的作用，直面敌骑兵的冲击，因而损失极大，伤亡近万。现在兵员不满编，消耗的辎重未能得到补充，却要马上开拔连续长途行军拔投入下一个战场，对他们实在也是个重大考验。
但军情如火，敌我双方都在调集兵力赶赴徐州，敌军多为骑军，且又有运河之便，行军速度不会次于己方。而战斗中谁先到就会争取到先机，可距徐州最近的他们也有数日的行程，不过因为缺乏运兵船只，又兵力不足，因此他不得不如此决定。
对于调度驻扎在泉州的第二水军参战，也是做出了考虑的。当下江浙地区步军虽然几乎被抽调一空，准备全部投入淮东战场，但是江东不必湖广，东部皆是大海，这成了隔绝敌人入侵的天然屏障。且最具威胁的蒙元水军几乎被歼灭殆尽，已经无力渡海远征，抵达江浙地区。而赵昺手中需要一支奇兵，在关键时刻投入战场，以起到扭转战局的作用。
另外赵昺从战报中业已得知，战场上人马遗尸以十万计，臭气十里可闻。而大灾大战之后瘟疫流行几乎已经成了定式，不及时打扫战场，掩埋敌尸，发生瘟疫就是大概率的事情。且战场正处于江东人口最为稠密地区附近，一旦流行起来则会很快席卷江东。但他已有计较，留下了州军协助当地政府处理此事，而这些早有预案，又有江璆坐镇平江，应该能处理好善后事宜的……