明末瘟疫一场接一场，崇祯十四年山东、河南、河北、浙江等地瘟疫流行，患者极多。崇祯十六年从山西到京师更爆发大瘟疫，九门日出万棺，阖门皆殁者不计其数。
此时的瘟疫极为可怕，动不动就死亡万人，当时比较严重的有万历八年、万历十四年、还有明末的几年，造成十室九空，惨不忍睹。
而且鼠疫属于急性烈性传染病，还是甲类的急性传染病，致死率极高！
这种甲类传染病可怕到什么程度？后世人们熟知的，谈之色变的炭疽、艾滋、非典、禽流感等等传染病均属于乙类。所以患上甲类传染病几乎用不着谈什么潜伏期，所谓一人有感，全家传患，贵贱长幼，呼病即亡，随着人口流动，还会快速的传到四面八方。
得到疫情报告后，王斗哪敢怠慢？立时回到归化城，召集所有官将议事，并立刻启动预案。
他还飞马传檄宣大总督纪世维、宣府巡抚朱之冯、大同巡抚卫景瑗，山西巡抚蔡懋德，还有各总兵王朴、周遇吉人等，商议防疫诸事。
最后成立一家防疫局，统领安北、宣府、山西等处防疫诸事，王斗亲任总办，以吴有性为帮办，纪世维、卫景瑗、朱之冯、蔡懋德、王朴等人为坐办，后孙传庭也加入进来，为坐办之一。
为防疫治瘟诸事顺利进行，王斗专门调了二千军队为防疫兵，疫区一切官将军民皆听局员医士安排，敢有违抗者，格杀勿论。
同时宣府时报火力全开，宣传防疫治瘟诸事，各种防疫要点。吴有性所书之《温疫论》，以前已经载过一遍，此时又再重载，密集印刷，并在报纸上广泛宣传。
不单是宣传，更重要是行动起来，除大批医士立时进驻应州，防疫局还发动各处民众开展大规模的灭鼠、灭蚤活动，特别家鼠更是必须被消灭的对象。同时清洁街巷，运送垃圾，轰轰烈烈展开大扫除。
明末因财政崩溃造成很多城市环境脏乱，蝇蚋杂生，污水横流，这是明末各地连连发生大疫的原因之一。
王斗治下还好，但临近的山西、陕西各城就垃圾成堆，臭气冲天，但因为防疫局组织得力，而且拿出大笔的经费发动民众，这有钱拿又关乎身家性命，在大扫除这方面民众倒非常踊跃。
不过疫情仍然来势凶猛，应州发现疫情后，每天死亡人数达到三百多人，而且传播非常迅速，主要就是隔离困难。
此时讲的是“仁”、“礼”、“孝”诸道，若家中长辈得病，晚辈自然要伴在榻前，早晚汤药服侍，时时请安照顾，这样就被传染了。若家中晚辈得病，长辈更不用说时时伴在身边，这样同样被传染了。
鼠疫的烈性可怕甚至帮忙办理丧事，最后前往送丧之人都会染病，最后一命归天。因这样的原因一人染病，全家死绝，甚至全族几百口人死个干净之事屡见不鲜。
防疫局要求是发现有感染者立时隔离，但难舍骨肉分离、隐瞒不报者比比皆是。
王斗治下保甲制层层，可以轻易发现病人，然后采取强制措施，执行得力。但余处基层组织早已瘫痪，里甲制不存，多是乡绅自治的局面，若想隐瞒太容易了。
染病的尸体最好是火化深埋，但依此时观念，火化是与另一个词连起来：挫骨扬灰，非深仇大恨者不为。敢将自己亲人烧成灰，跟你拼命的就不是一个两个了。
死者为大，入土为安，是此时最根本的伦常道德，不论双方如何敌对，若战后能送来彼此战死者的尸体，那就是众人交口称赞的仁义。而毁尸灭尸戮尸，那就是残暴不仁的大罪。
甚至隔离病人，带走感染者都会引起非议，认为有碍仁道，孝道。
八月中，鼠疫蔓延到太原府，平阳府，大同府诸地，甚至宣府，安北都有发现发病之人。有鉴于此，王斗专门在报纸上发表署名文章，呼吁民众正视这个问题。
他援引孟子的话，“嫂溺，援之以手。天下溺，援之以道”，认为瘟疫的横行，已经关乎到种族的存亡，已经超越了仁、礼、孝诸道，提升到人道的高度，当权之。
隔离，火化，皆是权也，呼吁民众以手援天下，共赴大道。
大同总兵，定兴伯王朴首先响应王斗的呼吁，八月下，他说服大同巡抚卫景瑗，收集大同城感染死去的疫尸一千多具，在城外将尸体堆成一百多堆，每堆尸体一百具，然后堆上柴火焚烧。
当时观者云集，还有大同城的文武官员全数到场，在死者家属铺天盖地的嚎哭中，这些疫尸全部化为灰烬。
说也神奇，疫尸焚烧后，接下来全城死亡人数急速下降，感染人数也越来越少，五天过后，大同城再无一例死亡，无一例感染。
这个消息震动了整个山西，此时因为各处大搞卫生，口罩的发放也基本解决了传播的途径问题，最大的威胁就是那些死尸。有成功的先例在前，各城纷纷效仿王朴的做法，开始焚烧病尸，甚至患者接触过的家具、用物等一并焚烧。
防疫局还采取“遮断交通，严密检查”的方法，围绕疫情最严重的一些州县城堡组织起重重防线，使得疫情在山西没有过度蔓延。
当然，疫情仍然严重，因为不断出现变种。