奢崇明叛乱被平定，也让方从哲松了一口气。
因为方从哲其实是比较担心奢崇明的叛乱会引发一场大且持久的战乱，那样会给朝廷增加很大的财政压力，也容易给自己政敌以口实。
毕竟方从哲自己也不得不承认，自当今天子即位以后，对士绅尤其是江南士绅的打击太狠了，这已经引起了很多士大夫的不满。
方从哲也就担心一旦西南的叛乱不可收拾，会使得许多原本不敢闹事的士大夫也开始兴风作浪，最后甚至会倾覆整个大明朝廷。
但方从哲没有想到袁可立和徐可求、朱燮元等人会在这么短的时间内平定了这场叛乱。
所以，方从哲心中的忧虑自然也就烟消云散。
而也因此，方从哲也更加笃定地认为天命和人心的确还是在自己的陛下这边，所以这些叛乱才会这么快的被平定，自己和皇帝实行的新政并没有让大明国运往坏的方向转变。
总之，奢崇明叛乱的平定让方从哲这个跟着皇帝一起向天下士大夫动刀的内阁首辅增加了不少底气。
所以，在方从哲看到来自山东衍圣公孔贞宁的奏疏后，他的第一反应是觉得孔贞宁颇不识抬举，还很是气恼地把这孔贞宁的奏疏摔在了案上：“这个衍圣公！仆建言皇帝下旨让他上本表明态度，是要给他孔家一个向天子表忠心的机会，他是真不知道仆的意思，还是假不知道，且仗着我大明天子是汉家天子，对汉人士大夫有同胞之谊，还仗着国朝尊儒，而没把陛下放在眼里，也没把朝廷放在眼里？！”
“什么奏疏让元辅如此动怒？！竟摔桌子！”
朱由校恰巧这时候走了进来。
方从哲这时候也不好遮掩，只得把奏疏递了来：“回陛下，是山东来的，这衍圣公是老糊涂了，竟说孔闻謤素来品德贵重，颇有圣人遗风，不可能诽谤君父，而言这皆是叛奴构陷所致，所以，他还向陛下您伸冤，甚至要朝廷将李桂发还给孔家，让他孔府整肃家风。”
朱由校听后剑眉微竖起来，把孔贞宁的奏疏从方从哲手里接了过来。
待看了后，朱由校倒也没生气，只淡淡一笑，问道：“内阁怎么现在才把这奏本送到政事堂来？”
“想必是因近来军务繁多，内阁没觉得这事很要紧，就拖后了些。”
方从哲回道。
“还不要紧？这都在对朕下旨令了，似乎这大明成了他孔家的了，这种大逆不道之言不早些说与朕，还要拖到什么时候？！”
朱由校厉声喝问起来。
“陛下息怒！”
方从哲立即匍匐在地，然后回道：“这孔家眼里没有陛下，是罪该万死！但这衍圣公府不比一般世家贵族，他们是圣人后裔，素来受许多儒士礼待，也事关圣人门风，故而朝臣们也就不敢擅自处置此事，且也知道陛下您现在忙于军机，也不敢以此事扰陛下心绪，也就未敢立即通禀。”
朱由校听方从哲这么说后没有说话。
良久后，朱由校才问了一句：“辽东现在战事如何？孙传庭和朕的近卫营第一千总部可有斩获。”
方从哲听后大惊，心道：“陛下这是要对孔家直接动兵？如果近卫营第一千总部在辽东有所斩获，就会调回来，然后再调去山东？”
方从哲清楚近卫营第一千总部的羽林卫皆是皇帝陛下的亲军，与普通官军不用文化训练不同，羽林卫从受训开始就被灌输绝对忠君的思想，如同学生在学堂读书会拜孔子像，而称孔子为至圣先师一样，在羽林卫受训期间，会拜皇帝像，会从学习第一条道理时开始就在学习要以服从皇帝任何旨令为天职。
所以，方从哲知道皇帝突然问近卫营的情况，肯定是要近卫营替他做一些要冒天下之大不韪的事。