在这样的情况下，原本就已经十分激烈的矛盾至于无法控制了，藩内开始出现零星的骚乱，眼看就要演变成战国时代的一揆暴动了。
正当藩内的矛盾已经鼎沸，即将达到要爆发的程度时，大汉的军队也打过来了，在大汉的兵锋面前，福冈藩、久留米藩、小仓藩等等大藩不堪一击，很快就被打得狼狈鼠窜，最后被统统予以消灭，而岛原藩虽然不是大汉的攻击方向，但是藩内也极受震动。
藩主松仓胜家虽然在接到了幕府的命令之后就召集了藩兵到藩城集结，但是他在看到了这些大藩出兵抵御大汉军队，并且一触即溃的下场之后，早已经是心惊胆战，哪里还有再和大汉大战的勇气？
不过因为世代受幕府恩惠、而且情势不明朗的缘故，他也不敢向大汉投降，思前想后，觉得走投无路的他干脆做出了逃亡的决定。在大汉四处进兵，并且把幕府老中内藤忠重包围在久留米藩城内的时候，他带着自己的一群藩臣直接从逃跑，从此不知所踪。
几乎在他从藩内逃离之前，藩中的教民就已经开始举事了，因为藩内的藩臣武士们大量逃亡，再也没有人制止他们，这些藩民很快就占领了几乎整个岛原藩，并且将岛原城当成了自己的据点。
岛原藩的教民起事成功之后，消息很快就传遍了九州的西部和南部，各地的天主教民也纷纷起来响应，很快就变成了席卷一方的熊熊烈火，而当时因为大汉军队还在忙于攻击幕府军队尽快结束战事、其他的藩主也纷纷参觐大汉将军，并且带着自己的藩兵参阵，一时间无人镇压，竟然让这种教民一揆出现了星火燎原的气象。
不过，等到大汉军队打下久留米藩城、老中内藤忠重和藩主有马忠赖自杀殉国之后，大汉和这些亲附于大汉的藩主们，终于可以腾出手来解决这个问题了。
大汉最初并不想要在这种镇压平民暴乱的小规模低烈度战争当中浪费自己的兵力，所以只是下令各藩出兵镇压教民，而各个藩主们为了在大汉面前讨好，也纷纷派兵参阵，南下或者西向镇压。
最初镇压的战事还算顺利，但是很快，在打到了岛原藩境内的时候，镇压军队就遭遇到了激烈的抵抗，最后竟然难以有寸进，战事变得胶着了起来。
虽然这些暴乱的天主教民当中有些是旧日岛原藩的武士，但是经过了多年的平民生活后他们的军事技能早已经退化，再加上这些教民的武器装别也十分低劣，大部分人甚至只能用锄头、锹镐来抵御敌人，可就是这样也还是抵抗住了各藩联军的进攻。
这一来是因为这些教民早已经受够了残酷的信仰和阶级压迫，导致他们心中仇恨很深，士气高昂，甚至有些人是杀了自己家人之后再起来暴乱的，早已经存了死意；二来是因为各藩藩军在几十年的承平之后早已经战力退化，更无死战之心；三来是因为各藩藩军谁也不服谁，难以做到有效的统御指挥，都只想着保存自家的实力。
看到这些藩军居然镇压平民暴乱都这么吃力，大汉征日军高层自然十分震动，就连赵松和严广都为之恼怒不已——他们原本是打算借用这些藩军北上进攻京都的，如今看到他们居然战斗力如此拙劣，如何不气？
不过，在他们想要严词呵斥这些藩主命令他们继续加紧进攻、同时准备派大军协同镇压的时候，大汉使臣周璞主动请缨前往岛原前线，以自己的权威来统一指挥这些藩主和藩军，同时他认为大汉军队最好不要把兵力浪费在这种地方，只需要派一小部分军队跟随自己压阵就可以了，主要还是继续驱使这些藩军来进行镇压。
周璞日后是打算亲自带着这些藩军北上的，他想要借着这个机会，在这些各藩的联军当中先建立一个由自己来统一指挥的体系，顺便练练兵，以免到时候手足无措。
他的建议很快就被采纳了，在赵松的亲自命令下，一支小规模的军队协同周璞一同来到了岛原藩内。
当周璞来到了前线之后，他马上将各藩的藩主召集了起来，首先严词呵斥了他们，并且转述了大汉将军的态度，告诉他们现在他们都要戴罪立功，如果接下来的战事还是不顺的话，大汉将军就要来治罪了。
这些藩主们听到这样的话之后自然惊惧不已，纷纷表示请天使从中说项、并且表示自己接下来将尽全力死战，一定要早日镇压下这些天主教民。
吓唬了他们一通之后，周璞再下令重新编合这些藩军，并且让这些藩军直属于自己的统辖之下，同时他还将老将立花宗茂作为自己的副手，协同自己指挥这些藩军，同时命令各级藩军不管来自于哪个藩，都必须服从自己和立花宗茂的命令。
周璞之前是文官，并没有打过仗，所以他并不打算自作聪明胡乱指挥，他跟赵松讨要了几位参议军官作为自己的智囊，而赵松也十分慷慨大方，将自己的亲信、辽东团的参议军官黄国昌调配到了他的手下。
有了黄国昌和立花宗茂的辅佐，周璞又有大汉天使的权威，再加上各藩藩主深怕大汉将军治罪，所以他对藩军的整编倒也是十分顺利，短短几天之内就让这些藩军统辖到了自己的属下。
而在他重新整备这些藩军的时候，岛原藩的地界上也难得地出现了暂时的平静。
在这短暂的平静当中，这些天主教民们也兴起了侥幸之心。
他们派出了使者来到了藩军阵前，并且求见了周璞，表示他们并不愿意与大汉交战，现在只是为了保命而不得已为之。使者的言辞十分哀恳，屡屡哭诉之前幕府和藩主对他们的压迫，宣称他们和幕府以及藩主仇深似海，绝对不会去为了幕府和大汉为敌。
他们要的条件也很简单，只要大汉愿意放过岛原藩内的天主教民、并且让他们自治，那么他们愿意投降并且归顺大汉，决不和大汉为敌。
然而，周璞却直接拒绝了他们的要求。
虽然一直都在引进西洋技术和工匠，但是大汉对天主教本身就十分警惕，一直都不允许西洋传教士自由传教，若是他在这里答应了这些教民，传回国内应该怎么向朝廷交代？
另外，他们打过来的时候就宣传是为了朝廷和各藩的利益去讨伐幕府，这样才能得到各藩的归顺效劳，若是任由天主教民造反暴乱，那各藩疑惧之下又怎么可能真心和大汉合作？
所以尽管使者说得声泪俱下，并且严词凄切，但是周璞仍旧不为所动，他直接命令使者回去告诉教民们的首领，三天内必须投降，并且全体放弃对天主教的信仰，否则就将玉石俱焚！
他的要求被藩内的教民首领拒绝了，于是一场血腥的镇压也就势不可免了。