而在这场大祸当中，临海君李珒被倭寇俘虏，相应地也失去了继承王位的机会，而好不容易赶走了倭寇之后，原本以为自己能够安稳继承王位的李珲，突然多了一个弟弟永昌大君李?，李?虽然年纪小了他很多岁，但是他是王后所生的嫡子，在注重宗法继承的高丽，天生就极受重视。
于是内斗继续，暂时取得了政治斗争胜利的北派分为了支持光海君李珲的大北派和支持永昌大君李?的小北派，宣祖在离世的时候，选择不立幼弱的嫡子，而让光海君李珲继位，但是遗命小北派的领袖柳永庆等大臣保护永昌大君李?不受迫害。
然而，已经登上了王位的李珲，当然不会让自己的那些兄弟们再威胁到自己的王位了，他在继位，的第一年就杀死了柳永庆等等小北派的大臣，然后第二年就杀死了自己的哥哥临海君李珒，在数年之后更是将年仅八岁的幼弟永昌大君李?残酷地蒸杀，
伴随着李珲的残酷清洗，拥护李珲的大北派就获得了政治上的胜利，在李珲承继王位的过程当中发挥了极大作用。
然而，拥护他的大北派文臣们理所当然地继续发扬了先辈们的光荣传统，内斗不断。这次他们更加推陈出新，一次分成了三派：骨北、肉北、中北。在不逊于先辈的残酷搏杀当中，一大批朝臣被处死或者流放，以李尔瞻和郑仁弘为首的肉北派获得了最终的胜利。
而在此期间，为了感谢这些朝臣们历次磨难当中帮助自己的功绩，李珲册封了四批功臣，卫圣功臣（帮助光海君登位的大臣）、翼社功臣（铲除临海君的大臣）、定运功臣（铲除柳永庆的大臣）、亨难功臣（铲除金直哉的大臣）。而郑仁弘被册封为瑞宁府院君，并升为左议政，可谓是位极人臣。
然而，好景不长，李珲的这种杀戮自己兄弟、监禁后母的举动遭到了信奉伦理的民间和下层官僚儒生的一致声讨，而在朝臣们的自行残杀当中，肉北派的暴政也丧尽人心。
与此同时，在北方女真部落的首领努尔哈赤统一了女真，也严重威胁到了朝鲜王国的安全。当时秉政的李珲为了整顿国力，实行“两端政策”，也就是骑墙中立，既不得罪明朝也不得罪后金的政策。
然而，在当年曾经参加援朝抗日、多少对高丽有恩的大明经略杨镐的强烈要求下，万历末年，李珲派出了军队与明朝军队结为联军共同征讨后金，发动了“萨尔浒之战”。
在这一战役中，众所周知联军惨败，被努尔哈赤的后金大军打得一败涂地，而光海君和大北派在事前就对战事的结果十分不看好，指令高丽军队保存实力。高丽军队的消极避战令大明方面十分不满，加之努尔哈赤对高丽的笼络，使得明朝政府与李珲以及大北派政府之间的矛盾越来越大。
而在高丽国内，战争的失败和高丽国主“忘恩负义”的作为，使得原本就对李珲和大北派的残暴统治十分不满的高丽臣民们，反抗情绪变得更为浓烈。
基于这样的背景，朝鲜内部发生了反叛事件，原本已经被打得近乎于销声匿迹的西人党发动政变，拥立李珲的侄子、定远君李琈的儿子李倧成为高丽新国王。李珲被废王位，同时被流放江华岛。
而大北派的势力，就此终结了，李尔瞻、郑仁弘等煊赫一时的北派大臣被统统处死。
因为之前那些惊心动魄的教训，抢下了王位的李倧自然也不会对李珲客气，他用石灰烧瞎了李珲的眼睛，然后流放到江华岛，而原本的世子、也是李珲唯一的儿子李祬在叛乱之后，也被流放到江华岛，之后因为挖地道欲逃出围墙，失败被抓，很快就被赐自尽。
随着李珲被赶下王位，西人党得到了掌控朝政的机会，不过他们也没有逃出历史的规律，很快就分为参与过政变的勋西派和未曾参与过的清西派继续内斗，而在激烈的内斗当中，又是残酷的搏杀。
然而，就在这些大臣们继续内争的时候，天下却突然发生了极大的变化，先是女真崛起自成一国，而后就是大明内部徐州势力突然崛起，并且很快造反，灭了大明的天下建立的新朝。
如果说大明的突然覆灭是让高丽的君臣胆战心惊的话，那么大汉在平定满洲之后强行进兵高丽，并且以废立篡位不合法为由，宣布要重新拥立李珲复位，则让高丽的君臣感受到了彻骨的冰寒。
国主李倧当时吓得胆战心惊，当时就想将江华岛上的李珲处死，但是李珲当时已经被大汉派过去的人所保护起来了，扑了个空，而他想要集结兵力抵抗，也很快落空了——对于打灭了大明和女真的大汉军队，高丽的军队根本兴不起打仗对垒的念头，还没有交战就阵前倒戈了，于是李倧就这样失去了王位。