随后，商毅立刻命令看守府库的差役带路，去查看府库中的钱粮物资，同时也命令士兵看管。
因为叛军攻占了杭州之后，抢劫了一批大户的财产，还有从其他地方抢来的物资，也都屯集在杭州。因此也积累了相当一笔巨大财富的钱粮物资，堆积了十个库房，在叛军撤离时，只能带走了一部份贵重物品和黄金，其余物资都来不及销毁，只点燃了其中三个粮库，被商家军进城后及时扑灭，还是抢救出相当一部份粮食。
而在城中发生哄抢动乱的时候，有四个仓库也遭到了哄抢，但大部份被抢走的白银都被收缴回来，并没有遭受多少损失。经过查点之后，这次收复杭州的收获巨大，一共得到了白银八十余万两，米栗九万二千余石，杂粮三万七千余石，面粉一万三千石，丝绸一万余匹，生丝三万余石，缎衣和裘衣二千五百余领。各种器皿五千余件，马七百余匹，其他牲畜一千余头。不过在全部物品登记造册完毕，以经是十余天之后的事情了。
看到这些物资，商毅自然十分高兴，加上早期商家军也积累了大量的钱粮，估计在未来二年内，财政不会出现紧张的局面。
而就在第二天一早，商毅立刻下令，通知全城的百姓，都到府衙门口，看自己处决所抓的叛军。
到了辰时左右，在府衙门口以经聚集了数万百姓，绝大多数，都是死难者的家属，还有不少人把自家死难者的尸体也抬来了，在商家军士兵的组织下，统一停放在作乱叛军的前列。同时商毅也把在之前一战中抓到一万五千多俘虏也带了出来，集中在一起，观看对叛军的处决。而把府衙门口也挤得满满当当。
在城中哄抢的叛军从昨天开始，就被五花大绑，扔在府衙门口，不给吃也不给喝的，一个个又渴又饿。他们中间有一大半都是卫所的士兵军户，许多人心里都十分忐忑，不知道商毅会如何处置自己，当然也有不少人还保着侥幸心理，认为自己本是官兵，这年头武将都在尽力扩大自己的实力，抓到流寇，也多以招降为主，而且法不责众，商毅最多只会处置一些领头的人，不会把自已全杀了。心里还想着如何像商毅求饶，放过自已，同时也准备向商毅投降。
但天亮之后，越来越多的百姓聚集到府衙前，而且都对他们怒目而视，叛兵的心理也都开始有些发毛起来，隐隐知道大事不妙了，不少人的全身都不由自主颤抖起来。
这时府衙大门打开，商毅顶盔贯甲，全副武装，带领着一队商家军的士兵，从府衙里出来，身边跟看周少桓、童大勇、黄震、杨武丞、段鹏诸将，同时还有杭州府里的一干官吏。
见商毅出来了，百姓中间立刻引起一阵骚乱。许多人都哭了起来，还有不少人喊道：“商将军，给我们作主啊！”“我们要报仇。”“杀了他们，给我们报仇啊！”
听到了众百姓的哭喊声，和仇恨的目光，叛兵更是按耐不住，个个脸上发白，以乎也感觉到自己末日来临，很多人瘫倒在地上，而在以前一战中被抓的叛兵虽然在出来之前，以经告诉过他们，这次并不处决他们，只是让他们来看一看，但也有不少人吓得发起抖来。
不过还是有不少叛兵想抓住最后一线机会，有人喊道：“商大人，商将军，饶命啊，我们本来都是卫所的官兵军户，是迫不得己才从了叛军啊！是被逼的呀，不要杀我们啊。”
也有人道：“我家里上有老人，下有儿女，求商将军饶了我吧。”
商毅上前两步，来到叛军的队列前，厉声道：“我今天所追究的，并不是你们投降叛军，造反叛国之罪，而是你们在昨天，残害百姓之罪。从贼作乱，还可以说是形势所逼，迫不得己。但昨天一早，贼首都以经逃出了杭州城，你们就应该在进城静候，等朝廷的大军进城接管，而你们都在城中都干了些什么？难到这也是有人逼你们做的吗？”
他回头指了指停放在地上的死难者尸体，又道：“你们家里都有妻儿老少，那么你们昨天在城中杀烧抢掠，无恶不作的时候，有没有想到过他们，他们家里都有没有妻儿老少呢？”
这话一说，围观的百姓中哭泣的声音更大，有不少人都在喊着：“杀了他们，给我们报仇。”一开始还是十分零乱的喊叫，但渐渐的，变得整齐而统一起来，汇合成一股巨大的声音：“杀了他们，给我们报仇。”
商毅向着百姓们点了点头，举起双手，示意众人安静，然后又转过身来，道：“你们都听见了没有，不是我心狠，要把你们斩尽杀绝，而是你们所犯的罪行众意难恕，不杀不足以平民之忿。不过我虽然处决你们，但不会祸及你们的妻女家小，只要他们奉公守法，也就不避担心受到诛连。来人，准备行刑。”
从商毅军的队伍中，走出了六百名士兵，三人一组，两人提一人，放在遇难者的尸体前按跪于地，另一人持火枪在叛兵身后站立，将火枪顶在叛兵的后背上。