商毅的预料确实没有错，淸军也确实在想办法解决自己遇到的困难。阿巴泰也知道乱发脾气，于事无补，因此也连续几天都招集众将，商议目前的对策。
阿巴泰当然不可能懂什么叫游击战术，也不知道自己面对的，其实是一个比以前任何局面都要困难的问题。但身为一个久经战阵的宿将，阿巴泰还是十分敏锐的发现了问题的核心所在，那就是商家军的主力人马仍然还在。
身经百战的阿巴泰十分淸楚，去围剿在青州府、济南府的零散商家军，绝对是费力不讨好的事情，因为青州府、济南府加上莱州府和东昌府的一些地方，也有数千里之广，而且山地居多，对手又是土生土长的本地人，对地理环境肯定要比自己熟悉得多。因此就算把自己累死，估计也剿不了多少商家军。而分散人马，驻守各地，更是自找死路，这只会造成自己的兵力分散，让对手有逐个击破的机会。因此也怪不得商家军明明还能守住青州，却偏偏就主动放弃了。原来是打的这个主意。
不过商家军之所以能够这么做，也就是因为他们的主力还沒有被消灭，还有莱州和登州也都在商家军手里，因此只要是彻底击败了商家军的主力人马，攻占了莱州和登州，那么在各地闹事的商家军也就自然可以平定下来了。于是阿巴泰也决定，不管其他地方的商家军怎么闹，而应该立刻集中兵力，先攻下莱州再说。阿巴泰不相信，商家军连莱州也敢轻易的放弃。
其他众将听了，也都认为阿巴泰的计策很有道理，而且这也是目前唯一的可行之计了，因此也都赞同了阿巴泰的办法，于是淸军也就都开始调兵遣将，准备出兵。
现在阿巴泰部下的清军大约还有四万五千多人，大部份都驻守在青州，小部份分散驻守山东的其他地方，而方大猷部下还有当地兵力约二千人，都驻守在济南。这一次进攻莱州府，阿巴泰决定聚集三万五千左右的人马，依然派博和讬带五千人马守卫临朐县，防备穆陵关的商家军，其余的兵力只重点驻守青州，其他的州县暂时不考虑。
虽然和刚出兵山东时相比，清军的总兵力减少了有四分之一强，但损失的基本都是降军和跟役，而全军的精锐满汉八旗兵的损失并不算大，合计起来还有近两万人，因此清军的实际战斗力至少还有原来的八成以上。而且清军虽然损失了十几门火炮，但最厉害的红夷大炮只损失了两门，还剩于三十二门，火铳兵还有五千多人，这也是阿巴泰最大的底气。
通过这一段时间的情报收集，阿巴泰也大致了解到，商毅这时己经调离了山东，出任浙江巡抚，商家军在山东地区的留守兵力大约在一万五千到一万八千左右，其中穆陵关大约有五千兵力，而青州一战商家军也损失了相当的兵力，阿巴泰估计应该在三到四千，因此在莱州驻守的商家军最多只有七八千人。从人数对比上看，清军还是占着绝对的优势。还是有较大把握的。
因为淸军毕竟是外来户,对山东甴其是商家军的控制区域内的情报收集十分有限,并不知道商家军在登州一直在训织新兵,更不知道商毅己经率领援军从水路赶到了山东,否则阿巴泰绝不敢主动进攻莱州。
而这时满清的山东巡抚方大猷也亲自押送着一批粮草物资，送到了青州。得知阿巴泰要率军进攻莱州，方大猷也主动请令，愿随阿巴泰一起出战，随军听用，策划咨咎。并且还说了一大段什么食君之禄，必办忠君之事，效忠大清，鞠躬尽瘁，死而后已之类的话。
阿巴泰想了一想，也觉得有这么一个人跟着也好，毕竟方大猷是汉人，而且在山东的时间也比较长了，对这里的情况也熟悉一些，有什么事情也好问一问，何况方大猷也是一片好心，上阵打仗可是玩命的事情，他一个文官肯随军出战，也很难得，因此也就答应了下来。
而方大猷则是千恩万谢。阿巴泰当想不知道方大猷的心思，原来方大猷在济南经历了一场虚惊之后，但却是越想越怕，现在己经有三个知县送了命，只不定那一天商家军就会拿自己这个山东巡抚开刀。但要他弃官不做，一来方大猷还舍不得山东巡抚这个位置，二来方大猷的家小还在北京，因此这也是万万不可。
结果方大猷冥思苦想，终于想出了一个主意来，借着押送物资的机会，来到了青州。他的如意算盘是青州有阿巴泰亲自坐镇，清军重兵守卫，应该是安全的，因此到了青州之后，想什么办法也要赖着不走。那知一到青州才知道阿巴泰准备去进改莱州，而且还要抽调青州大部份的兵力。方大猷急中生智，立刻主动要求随军出征，反正他是想好了，一定要跟着阿巴泰，在清军的保护下才能保证自己的安全。
阿巴泰不知就里，还以为方大猷是一片好心。满清人打仗到是一把好手，但论耍起心眼来，拍马也赶不上汉人。要不是当初皇太极收降重任了一批汉族官员，由其是明朝的降官，满清也不会轻易就夺取了中国。