商毅一行人马是在三月二十五日下午接近黄昏的时分到达南京，从北面的金川门进城。马士英、吴甡、钱谦益、阮大铖、刘宗周、黄宗羲、黄镇周、陈子龙等官员，都在金川门外迎接他们到来，还有王徳化、卢九徳等太监也准备下了凤撵车仗，迎请朱媺娖进宫休息。
商毅先和众人一一见礼，寒宣几句之后，然后请众人去参见了公主，王徳化和卢九徳也请朱媺娖上辇进宫。
朱媺娖道：“皇伯父的好意，本宫心领，论理本宫进京，也应该进宫去参拜皇伯父，但各位大人也都清楚，本宫此次进京，仍为辩认太子而来，非同于寻常，这个时候恐怕不宜居住在皇宫之中，为秉公起见，因此本宫决定，暂时居住行馆，由商巡抚统军护卫，等辩认太子之后，再进宫参拜皇伯父。不知各位大人以为如何。”
马士英首先道：“这样不大好吧？公主进京，不住皇宫，却居行馆，只怕是与礼不合吧。”
钱谦益赶忙跳出来，道：“现在仍非常时期，不可以常例而循，微臣认为公主所虑极是，此时当以避嫌，还是先居馆驿为是。”
东林党都担心，一但朱媺娖住进皇宫里，恐怕被会马士英一党控制，造成对自己不利的结果。现在听朱媺娖主动要求，不住皇宫而住馆驿，也正中下怀，因此刘宗周、黄宗羲、黄镇周等人也都纷纷付合钱谦益，赞同让朱媺娖住进馆驿里。而马士英和阮大铖见了,也怕他们说自己图谋不轨，不敢强求，只好也同意。
之所选择金川门，是因为金川门靠近长江边，商家军的水军就停泊在外金川门处，商毅把人马分成三部份，带一个步兵营、一个骑兵连和侦察营进城，留下一个营的兵力把守金川门，其佘的兵力都驻守在城外，和海军一起，控制着内外金川门。
来到馆驿之后，商毅将朱媺娖安顿休息，分排士兵，严密守卫馆驿，并且对外宣布，公主路途劳累，因此一概不见外客。然后才叫厨门做饭，陪朱媺娖一起吃晚饭。朱媺娖也忍不住道：“有必要那么紧张吗？”
商毅苦笑道：“还是小心一点为好，现在左良玉都反了，谁知道其他人会做什么打算。”
朱媺娖点了点头，道：“你说这个太子真的是假的吗？”
商毅道：“没见到真人之前，并不能说绝对，但是真太子的可能性并不大。想想也明白，兵荒马乱，太子一直养在宫里，养尊处优，怎么可能一个人千里迢迢从北京逃到南京来的。”
两人正说着，忽人有人来报：刘宗周、黄宗羲两人要求见商毅。
商毅苦笑了一声，道：“看吧，麻烦来了。”对从人道：“请他们进来。”
商毅当然知道，刘宗周字起东，号念台，是黄宗羲的老师，也是这个时代知名的学者，但他的政治立场比黄宗羲更死板、更顽固，也更不知变通。不过在南京朝廷灭亡之后，刘宗周选择了自杀殉国，品行到也比一些投降派强得多。不过两人是来干什么的，商毅心里很清楚。
其实刘宗周、黄宗羲本来是不想来，但东林党都清楚，这就是一个假太子，根本经不起一辩，而进城之后，朱媺娖不住皇宫而往馆驿，也让一些东林党人觉得似乎是有希望，因此也建议去找一找商毅，说不定能说服他，要求公主指认太子为真，现在谁都知道，公主是一定会听商毅的话。那样东林党就可以名正言顺的扳倒马士英了。
别看左良玉起兵东进，但紧张的只是朱由崧和马士英、阮大铖等人，东林党到还真不怎么害怕，因为劝左良玉起兵的黄澍就是东林一员，而且左良玉在檄文中也把矛头指向马士英，而不是东林党，另外左良玉的大恩人，另一位东林的元老候恂这时也在南京，因此就算左良玉真的打进南京，也不会把东林党怎么样。相反还可以借左良玉的力量，来铲除掉马士英。甚致还有人主张，干脆说动商毅，直接动手把马士英干掉就行了。刘宗周、黄宗羲也扭不过众人，只好来见商毅。
三人见面之后，先客气了一番，黄宗羲道：“此番商军门又在淮安大败清虏，我们也十分欣慰，如今大明只剩这半壁江山，此后抵御清虏，也多倚仗商军门了。”
商毅道：“南雷先生太客气了，这些都是在下份内之事，如今清虏大军压境，但以在下一己之力，要保住这半壁江山，又谈何容易，只有大明君臣精诚团结，齐心协力，筹边制寇方才可成，如果各怀异志，不顾大局，则天下危矣。”
黄宗羲和刘宗周互相看了一眼，黄宗羲道：“商军门可知，如今我大明之祸，并不在外，而在于內。因此筹边制寇，乃在亲君子远小人而已。”