而宋献策在来南京的路上，就己经探到了不少风声，看起来现在南京的情况对大顺军很不利，因此也加了不少小心。就在宋献策进南京城的时候，也不知怎么，被倒顺派知道了，于一批文士足纠集了一帮人在城门口等着宋献策，说是只等宋献策进南京，就要打杀反贼，为先帝报仇。
幸好是宋献策多了一个心眼，一见势不妙，赶忙就逃了。他到底是跟了李自成征战多年，腿脚十分利索，因此文士们到底沒有追上他，结果宋献策连南京城都没有进，就逃回到了武昌，并且把这次的经过又添油加醋的对李自成说了一遍。
于是李自成也赶忙招集自已手下的文官武将商议对策，大顺军和南明本来就缺少信任的基础，当时联手实在是因为当时的形势所迫，因此听了宋献策的话之后，大顺军上下都没有怀疑，基本都认为南明是要对大顺军下手了。尽管后来史可法得到了信息，派人来安抚李自成，但也没人肯相信南明了。
现在大顺军如果继续留在武昌，就会陷入明清两军的夹击中，因此必须离开，但武昌的北方、西方都是清军，显然是走不通的，而东方就是南明，虽然现在驻守南京以西的是刘良佐和黄得功，大顺军打他们到不成问题，但这两人一但不敌自己，南明一定会调商毅出战，在大顺军看来，商毅和南明当然也是一起的，东方显然也不能去了。那么大顺军唯一的选择就是放弃武昌，渡过长江向湖广南部逃窜，必要的时候还可以逃入广西境内。
决定好了撤离的路线之后，李自成也马上行动起来。在从关中逃入湖广境内的时候，大顺军的总兵力超过了二十万，在守卫武昌的时候，大顺军到是和清军连拼了数场，损失不小，但现在依然还有约十五万左右的人马，加上士兵的家属，共计超过三十万的人员。想到一下孑就撤走，也不容易。
但好在是虽然和南明联手，但李自成一直都不放心，随时都有撤退的打算，车马船等工具都准备好了不少，同时也悄悄的派出一支人马，驻守在江南的纸坊镇，以被不测之用。因此动作也很快，首先命令士兵的家属、辎重分为两路，一路从武昌渡江，在纸坊镇驻扎；另一路在黄州渡江，在大冶驻扎，两路人马都到咸宁聚集，然后南下。
同时李自成又命大将田见秀率三万大军，渡江之后分兵驻守金口镇和嘉渔，保护过江人马的侧翼，而另一员大将刘宗敏，领军三万攻取九江，挡住南明的人马。
本来史可法布置的防守计划十分周密，对大顺军的南下、东进都有预备。但南京这一开始斗争，就什么也忘了，结果从武昌直到安庆一带的长江两岸的守备十分空虚，而且武昌和黄州本就是李自成的防区，因此在十一月二十日，大顺军首先从武昌过江，十一月二十三曰，大顺军从黄州开始渡江，开始向南转移。而在十八日刘宗敏率领人马十分轻松的就攻取了九江，
到了十一月二十四日，大顺军开始南移，刘宗敏攻取九江的消息也传到了南京，立刻满朝引起了满朝的震惊。因为谁也没有想到，南京朝廷还没有议论出来，到底对李自成釆用怎样的态度，而李自成就己经先发制人，率先采取了行动。
不过这一下暂时处于下风的倒顺派终于找到了足够的翻盘理由，李自成这不是主动进攻九江了吗？说明他根本就靠不住，自己以前的主张当然也就是正确的。因此一连三天，反对派的大臣们都在朝堂上抓住这个理由不放，拼命展开攻击。同时也有不少官员都改变了立场，改为支持反对派。在朝廷程面上，却是立刻呈现出了一边倒的局面。
局势发展到这一步，史可法和吴甡也都是有口难辩了，因为两人一直都是持与李自成联合的观点，但现在李自成主要撕破了双方的联合，攻占了九江，那么这个责任当然是应该由他们来付。
尽管两人心里不服气，因为分明就是反对派逼反的李自成，但到头来这责任却是自已的，未免也太不公平了吧。但官场的规矩就是这样，不公平也沒有办法。尽管在民间还是以支持他们的人据多，但明朝从来就不是以民间的支持来决定朝政的。
而且就在这时，内阁的另外两名始终保持中立的成员钱谦益也终于表明了自己的态度，加入到倒顺派中去了。钱谦益是现在的东林党领袖之一，可是份量十足的人物，他的转向，也带动了一大批官员转向，史可法和吴甡也知道大势已去，不可挽回，于是双双都提出了辞呈。