南京的城墙布局是一个不规则的形状，但却将周围的所有山地、湖泊、河流全部都利用了起来，因此用固若金汤来形容，一点也不为过。但所有城墙加起来长达十几公里，如果没有十万以上的人马，根本不可能守住。而现在的南京城中守军，还不足两万人，因此根本不可能守住整个南京，达到拒敌于城外的目地。
在朝见朱由崧之后，商毅也立刻开始布置，首先是黄得功的败军还有三万余众，这也是一支不小的兵力。黄得功的人马是江北四镇中比较有战斗力的一支军队，而且黄得功虽然平日里也十分飞扬拔扈，但对明朝还是十分忠心，在另一时空里，他是江北四镇中唯一一个坚持与清军作战战死的。因此他的余部人马也要尽量保住。
不过虽然商毅并不打算采用御敌于国门之外的战术，但在清军的主力人马还有到的时侯，主动出击，先打一二个胜仗，挫动一下清军的锐气。鼓动一下南京的士气，稳定军心民心，由其是现在，整个南京都己是人心惶惶的时候，还是非常有必要的。
根据黄得功派回来的使臣介绍，现在黄得功的人马驻扎在南京城西南，不足十里的张家湾和朱家营两地。因此商毅也命令使者回复黄得功，让他带领人马在张家湾和朱家营两地就地驻守，抵挡清军的进攻，同时又命李定国带领第九师出击，暂时在黄得功的背后埋伏。如果清军直的进攻黄得功部人马，那么就立刻出击，给清军一个迎头痛击，先打清军一个措手不及。
李定国领命率军出击之后，商毅又命令全军在聚宝门扎营，等商毅布置好了之后，玄皇教的教主夫妻也赶来见商毅。这时商毅正在等着他们，因此立刻命人把他们请了进来。
众人见面之后，商毅也不客气，道：“现在的局势，不用我说教主也应知道，我不管过去大家有什么恩怨，教主有什么野心，但现在想要守住南京，我们就必须精诚合作，齐心协力才行。如果教主能够做到这一点，我们就接着往下谈，如果做不到，那么大家就拍屁股走人，各安天命。教主继然以建文帝的后裔自居，想必也不会希望大明江山全部落到清虏手里吧。”
前面的话到还没什么，但最后一句却如石破天惊，玄皇教主和明石姬都不由一震，玄皇教主道：“这个秘密你是怎么知道付？”
商毅淡淡道：“现在不是说这个的时候，教主只说，这次合作，能否齐心协力。”
玄皇教主深深的吸了一口气，点了点头，道：“好，我可以答应你，这一次一定齐心协力，同抗清军，你说要我们怎么做吧。”
商毅也点了点头，然拿出从工部拿来的南京城地图，铺在桌子上，道：“很好，那么首先告诉我，你们现在有多少人手可以调用？”
因为玄皇教主早听明石姬说过了商毅的守卫南京计划，因此也没有感觉到意外，道：“我们教中的弟子现在大部份都集中在南京，大约有五百人左右，在军队中还有五千人左右，基本受我们控制，这是我们在南京的全部力量了。”顿了一顿，他又道：“不过有一点我要先告诉你，为了以防万一，我会调一部份人先离开南京，保留退路，但人数不会很多，大约在五十人左右，主要是教中的弟子。”
商毅听了，也比较满意，这么隐密的事情都说，致少说明现在玄皇教确实是打算和自己精诚合作，因此也道：“这可我可以理解，为自己准备一条退路，是人之常情。这样吧，你们的教众仍然在南京城中，暗中行动，不用露面了，但军队交给我来指挥，当然还是由你们的人来控制，这几天多准备一些弓箭、弩箭、飞标一类的武器，在巷战中都会用得到的。”
玄皇教主也点了点头，表示同意。接着双方也开始计划巷战的布置。
南京城中河流众多，水网密布，而且大多都与秦淮河相通。实际上秦淮河分为內河和外河两条，外河较宽，成为南京南西二面的护城河，在定淮门附近汇入长江。而内河是在通济门附近从外河分出，流入城内。而内秦淮河在南京城內的淮清桥处，又分为南北两条河，靠南的一条，也就是著名的十里秦淮，从三山门流出内城，汇入外河，靠北的一条叫古运渎，是从三山门和石城门中间的地方流出內城，汇入外河。
另外南京城中还有御河、玉带河、珍珠河、金川河等数条河流，而且全都相通，构成南京的水糸。
南京皇宫虽然位于城市的东面，但却是整个城市的核心，也是全南京的精神支柱，就算淸军攻入城中，但只要皇宫不失，就表示南京还没有失守，因此城市战也是以皇宫为核心展开。当然还要保住皇帝朱由崧，有他在就可以以皇帝的名议发号施令。
现在玄皇教己经把夕颜安插到朱由崧的身边，还有在皇宫中安排了不少人手，可以说基本控制住了朱由崧，商毅也不打算和他们争皇宫的控制权，因此也把整个皇宫，以及外围的防守任务都交给玄皇教付责。而整个驻守的区域包括南面的正阳门和通济门，和承天门外的全部地方，东边的朝阳门和皇宫西侧的西皇城根大街和通济门大街。保证有足够的出口，在危急的时候能够平安撤出南京城去。
而商毅付责的防区是从皇宫北部的太平门、小校场、府军右衙、国子监，一直沿伸到钟鼓楼。将依托河流进行防守。