虽然现在清军实际控制南京的地区只有三成左右，但最重要的东城却被清军占领，这里包括皇城、六部、九寺、五军留守司、内府储厍等等重要的机构，还有大部官员的住所。因此阿济格一来到皇宫，就立刻下令，招集南京的所有降官，以及宫中的太监人等来见。
在除夕之变发生以后，因为在从皇宫里逃出来的官员大部官员都住在东城，因此都没来得及逃走，就被清军封锁了东城，结果逃到钟鼓楼去的，只有二十几名官员。
其实众官员从皇宫逃出之后，清军还忙着全面占领皇城，一时并没有顾及到六部九寺，绝大数的官员，其实都还来得及出逃西北区去，但南京被攻破，皇城被占领，大部份的官员都对守住南京失去了信心，同时也认为南明己经灭亡，就算商毅再抵抗下去，也是不自量力之举，挽回不了大局了。因此众官员和商家军分兵之后，以忻城伯赵之龙、保国公朱国弼两人为首，并没有让其他人立刻回家搬请家属，而是聚集众官员一起商议，投降清军，保全自已和家属的性命安全。
这个建议也立刻得到了魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、左都御史李沾等几名重要官员的极力赞礼同向清军投降，于是众人就聚集在户部府里，由赵之龙和朱国弼两人为代表，进皇城去与清军接洽投降事宜。当然也有不少官员害怕清军，躲回到自已的府里。
韩岱闻迅之后，也没有表示接纳与否，只说自己要请示英亲王阿济格，才能决定，不过却要求各官员不得妄自行动，并且准备好各种户籍、文案、府库等等名册清军，然后听候指令。
众官员听了之后，心里也都稍稍有些安心，虽然还没有见到阿济格，但屯齐的态度还算不错，至少也算是一个好的开始，因此也各回各自的衙门，招集各衙门其他官员也在报道聚集，大家一起清点人员文件、府库的物资，只等着阿济格的招见。同时又命清军把六部九寺十三衙门全都看守起来。
但打从众官员开始忙碌起，南京城中的枪炮爆炸声音就一直响个不停，显然是商家军还在与清军激战。而众官员的表情也不尽相同，有人面带冷笑，不时还说几句什么不自量力、螳臂当车之类的话；也有人面带羞愧，不住的哀声叹气；还有人面无表情，对外界的反应一概无视，装沒听见。
只有户部郎中刘成治听说众臣齐降的消息，慨然道：“国家养士三百年，难道就无一忠义之人以报朝廷？”然后持笔题壁：“钟山之气，赫赫洋洋；归于帝侧，保此冠裳。”掷笔于地，然后自缢殉国。
在南京之战开始之前，被罢职的东林众人中，黄宗羲、黄震周、方以智、陈贞慧、冒避疆等年轻一些的人员都先后离开南京，但候恂、钱谦益等老官僚不甘心就此沉寂下去，还留在南京等待时机。
不过因为候、钱二人名望颇大，赵之龙等人降清之后，立刻被人来招他们两人，一同投降。
钱谦益得知南京城破之后，也一度长吁短叹，大哭不止，爱妾柳如是曾劝他自杀殉国，以死全节，表示忠贞之心。钱谦益思索再三，终于点头同意，决定共投莲花池，那知老钱刚刚步入湖中，水湿鞋袜，立刻就缩了回来，道：“湖水太冷，不好死，等等再说……”到是柳如是反而愤然欲投湖自尽，却被钱谦益死死拉住，结果总算是两口子谁也没死戌。
不过赵之龙使人来招钱谦益投降，老钱立刻整衣出府，加入投降队伍。临走前还命家人看好柳如是，不要让她再寻短见了。另一边侯恂也带着儿子侯方域，应诏投降。
一直等到下午三时许，才有人到各部通知，命明朝的众官员去朝见阿济格。可怜众官员也都熬了一夜未眠，这时在各自的衙门是清理文件府库，有些人实在敖不住了，只能趴在桌子上打一个盹儿。听到阿济格要招见他们，谁敢不听，因此也都睡眼惺忪，赶进了皇宫。
阿济格也是在太和殿招见明朝的降官，当然现在的太和殿己经清扫了一净，而不少明朝降官心里也都生出了一夜之间，物似人非之感，昨天晚上在这里还是明朝的皇城，自己还和朱由崧一起庆贺除夕，而今天坐在这里的，却是淸廷的亲王，而自已却都变成了阶下降臣。
前来朝见阿济格的，有勋臣忻城伯赵之龙、保国公朱国弼、隆平侯张拱日、临淮侯李祖述、怀宁侯孙维城、灵璧侯汤国祚、安远侯柳祚昌、永康侯徐洪爵、定远侯邓文郁、项城伯常应俊、大兴伯邹存义、宁晋伯刘允极、南和伯方一元、东宁伯焦梦熊、洛中伯黄九鼎、成安伯郭祚永、驸马齐赞元等十七名勋爵，而文臣包括大学士王铎以外，还有大学士蔡奕琛、侍郎朱之臣、梁云构、都御史李乔，罢职的钱谦益、候恂，以及各翰、詹、科、道、部、寺五品以上的官员，还有两各太监头领王德化和卢九德带领着一干太监人负，一共有三百多人。在太和殿上，黑压压的站了一大片。