对朱聿键被清军擒杀，虽然商毅也有一定的责任，但并不觉得有什么可内玖的，因为就是出动兵力救出朱聿键，依然改变不了隆武朝廷亡灭的事突，最多只是保住朱聿键这一个人，只有郑芝龙终于还是决定投降清廷，结果反而被清军软禁的结果十分惋惜，但在这件事情上，自己确实己经尽了全力，毕竟自己对郑芝龙的影响力有限，既然郑芝龙连兄弟儿子的劝告都听不进去，那么自己又能有什么办法呢？
本来现在江浙一带的形式很好，商家军在湖北击败了清军的第三次进剿，在长江又击败了清军的水师，重新打通了和湖北的水路联糸，迫使清军不得不收缩兵力，防守南京。
但福建和江西相继被清军攻占，也使浙江的西南面也全面受到清军的危胁，而且这个时候商毅所占领的地盘，也都彻底被清军包围，和南明其他地方没有一点接壤的地方了。而且清军还收降了郑芝龙的大量军队，兵力又得到了一次急剧的扩张，同时还有相当一部份是海军，对浙江的危胁也大大增加了，商毅也不得不在浙江西南面布置相当的兵力驻守。因此下一步收复南京的计划，又存在了很多的变数。
好在是福建虽然被清军占领，但商家军的情报网络却并没有遭到太大的破坏，因为玄皇教在南方经营了近二百年，基础十分牢固，经得起一些重大的变化事故打击，因此南方的情报还是源源不断的传到了杭州。
清军攻占了福建省之后，洪承畴和勒克德浑返回南京，而清军的金声桓、尚可喜两部正在集中兵力，准备进次江西南部的吉安、赣州等地。觉罗巴哈纳驻守在福州。
而在南明一方，福州被清军攻破之后，并不是所有人都跟着朱聿键一齐北进，大学士苏观生、总兵林察等人，保护着朱聿键的弟弟朱聿鐭，南逃到了广东潮州。而这时被隆武朝廷赶出福建，只能在江西南部存身的鲁王监国朝廷，也逃进了广东韶州，而得知隆武朝政灭亡之后，鲁王监国朝廷觉得大有可以，于是派人来招降隆武朝廷的余部，希望借此扩大自己的力量。
但隆武朝廷和鲁王监国朝廷之间曾发生过激烈的冲突，因此隆武朝廷的余部官员们担心自己投靠到鲁王监国朝廷之后，会受到排挤，丁魁楚、吕大器等人都主张奉在广西称帝永历朝廷为正朔，而苏观生同广东布政使顾元镜、侍郎王应华却觉得与其这样乞怜于他藩，不如干脆自己另起炉灶，援引兄终弟及的名义拥立朱聿鐭为帝，并改元绍武。然后抢先进入广州。
绍武朝廷本来就是伧促而立，所依靠的基本上是一批广东官场中的投机分子和不得志的士绅武弁。在兵力上除广东总兵林察所部以外，十分薄弱，苏观生只得招来了石壁、马玄生、徐贵相、郑廷球等海盗部队，借以增强绍武政权实力。
而这时鲁王监国朝廷正做得招收隆武朝廷余部，占据广东为基础的美梦，沒相到隆武朝廷余部一下孑又弄出一个皇帝来，鲁王朱以海自然恼火，自己的血统可比朱聿键、朱聿鐭兄弟都近，但现在才挂着个监国，而他们兄弟到好，前后脚都直接称皇帝，而且还抢先一步把广州给占了。因此朱以海立刻下令，派方国安率军进攻广州。
但绍武朝廷虽然立朝仓促，但军事力量到还不算差，林察本是郑芝龙的部队，颇有勇武，石壁、马玄生、徐贵相、郑廷球都是海盗出身，也干惯了刀头舔血的勾当，因此双方大战一场，方国安被他们杀得大败，而朱聿鐭还下令乘胜进军，攻打韶州。而鲁王监国朝廷在广东也混不下去了，只好逃到广西梧州安身。
在另一方面，郑芝龙虽然被清军挟持北上，部将也大多降清，但余部之中，还有相当一部人拒绝降清，但这时群龙无首，都是各自为战，割据一方。除了林察投靠了绍武朝廷之外，郑彩据守在厦门岛，郑鸿逵占据金门岛，郑芝龙的部将陈豹占据南澳岛。
而郑成功虽然是郑芝龙的长子，但领军的时间并不长，因为手头上并没有多少实力，本来和郑鸿逵一赴据守金门岛，但得知老家安平遭清军洗劫的消息之后，他马上率部从金门赶回，但这时的安平，己被清军洗劫一空，郑氏的老家成为一片废墟，而郑成功的母亲田川松也未能躲过这场灾难，遭到清军**之后，自尽身亡。
悲愤交加的郑成功厚葬母亲之后。以老家安平为基地，誓师起兵。但这时郑成功手下的人马不足千人，是郑芝龙余部之中实力最弱的一支。而就在这时，商毅又写给郑成功一封信，表示自己愿意帮助郑成功报父母之仇，并且可以支付他一批物货军器钱粮，招集父亲的余部，扩充兵力，并约请郑成功会面。