商毅带领着人马从杭州出发,沿路都可以看见来往不绝的民夫车辆,都装载着各种各样的物资，排着长长的队伍。虽然跟队押运的军队并不多，但秩序井然，并没有出现混乱的局面。
而且几乎所有的在许多车辆上都插着各种颜色的旗帜，或者贴着标语，写着“恢复中华、驱逐鞑虏”，“收复南京，打败满清”等字语。沿途还有不少年轻人在大声鼓励民夫们努力，把物资尽快送到前线去，为抗击清军，保卫家园贡献自己的一份力量。
看到这些情景，也让商毅十分满意，看来宣传组织工作确实做得十分到位。
三天之后，商毅的一行人马到达南京外城的小安徳门附近，成进的第一军己经在这里扎下了大营。这时其他各路人马也都基本到达了自己的阵地。
南京分内外两城，内城才是真正的南京城区，城墙都是用米汤、蛋清调灰烧制的青砖砌成，高大宽厚。而外城实际是一道不高的土围墙，而且连续长达一百余里。
这时清军在南京城中的总兵力约有九万左右，其中满旗和三大营的人马约有两万余人，汉军和绿营约有二万六七千人，其余全是其他降军。主要的将领有：屯齐、鳌拜、满达海、刘之源，李思忠、士彦、郝效忠等人。另外有各种火炮二百七十余门，火铳一万余杆,霹雳火箭六百余简，震天雷六千多个。
自从商家军对南京地区的合围完成之后，多铎也知道大势不妙，于是也在南京城内开始布置准备守城的计划，虽然说清军的兵力确实不算少了,但南京的地区实在太大，而城墙又太长，清军的兵力仍嫌不足，根本不可能把防线扩大到外城一线，因此多铎也决定把南京的外城全都放弃，把防线布置在内城和内城的外围地区，集中兵力驻守。
清军占领南京时，南京城里的居民只有七八万，经过了近一年的时间发展之后，现在南京城里的居民也已经接近到二十万，虽然离正常时期还相差甚远，但也恢复了几分元气。而这时多铎也下令在南京城内实行军管，所有人员一率听从清军调度，所有粮食、财产、物资也全都交出来，由军队统一分配，违令者立斩。
为了弥补清军的兵力不足，多铎首先下令将城中的居民十五岁以上，四十五岁以下的男孑全部都编组成军，一下子就扩充了近五万人，发给武器，进行短期训练，平时付责修筑工事，在商家军进攻时，也要全都参加战斗。同时也把年轻妇女都组织起来，付责做饭洗衣照顾伤员等后勤事务。
同时多铎虽然没有勇气放商家军放进城里来打巷战，但对南京的防守也布下了三道防线，第一道是在南京的城墙外，依托城外的山河湖泊布置，主要集中在二湖二山一坛，二湖是指莫愁湖和玄武湖、二山是指神烈山和聚宝山，一坛是指东南角的天坛。
多铎下令，由郝效忠守聚宝山；李思忠守莫愁湖、佟岱守神烈山、土国宝守玄武湖、夏成德守天坛、在这五处驻点都派驻了一万人马，另有五千民兵驻守，不过人马中只有满汉军各一千五百人，其余全是降军，当秸其中包括有三十门火炮，一千支火铳等武器。并且修筑了大量的防御工事。
第二道防线就是南京的城墙，这也是多铎寄于了厚望的一道防线。
而第三道防线是在南京城内的皇宫，同时也在南京城内的各条河流边上，主要的街道上也都修筑防线，准备等商家军攻入南京城里之后，一面守卫皇城，一面和商家军进行巷城。这一点多铎到是参考了不少在十个月以前，商家军守南京时的做法。
多铎的且地是首先利用降军和民兵在城外消耗商家军的兵力，并且拖延时间，而将最精锐的满汉旗主力军留在城内驻守，争取坚持到援军赶来。按多铎的预计，如果有援军的话，在一个月左右的时间，应该是能够赶到南京来的，因此多铎分派的计划是每一道防线都要守住十天，加起来也就是一个月。要是一个月之后还不见援军，那就只好殉城而亡了，反正到了这一步，多铎也做好了最坏的打算。
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由于这时南京城里实行了军管，一度恢复了几分往日繁华的秦淮河也再度冷清起来，开张了几个月的酒楼妓院也全都关了门，伙计都被编入军队，准备参加战斗，而妓女们也都全被监管起来，付责后勤事务，当然年轻貌美的都被有头有脸的将领拉回去暖床。
虽然紫明楼有墨经纬和紫玲珑罩着，到是逃过了被清军征调的命运，不过这个时候显然已经无法再继续营业下去了，因此也关张停业了。除了摩门的弟子以外，其他人也都被遣散回家。好在是楼里到是积攒了不少食物和酒，还能够保证几个月的生话。
这时墨经纬和紫玲珑坐在楼上，看着己经空无一舟的秦淮河，也不禁生出了颇多的感慨来。墨经纬苦笑了一声，道：“想不到只用了不到一年的时间，商毅竟然就能够把南京又夺回去，而且居然能够想出从海上突袭辽东、京津之地的方法来调动清军，实在是…实在是……”