而这时在前次战役中抓到的绍武、永安两个朝廷的皇帝朱聿鐭和朱以海，以及皇室成员，主要大臣一共有一百多号人，也都押送到了南京。
商毅下令，将朱聿鐭和朱以海，以及他们的家人都送到孝陵去给朱元璋守坟，实际就是把他们的活动限制在孝陵的范围之内，等于的变向的监押。并且平时付责一些打扫卫生之类的工作。因为商毅并没有禁止明朝的遗臣去参拜孝陵，但毎天只开放一个时辰的时间。因比在这一个时辰内，朱聿鐭、朱以海和他们的家人都将限制行动，不许和外人接触。
在中国历史中，对新兴王朝对前朝皇室的态度如果是大一统王朝，往往比较宽容，一般都会留着养起来，在有些王朝，还比较优待，而如果是分裂时期，则比较严厉，往往会斩尽杀绝。当然元清两朝是例外，因为是异族入侵，由其是清朝，基本将明室的后裔全部都杀光。
商毅并不是一个嗜杀的人，除非是需要立威的时候，一般对俘虏都不会滥杀，顶多就是去做苦工。而且也分别对待，满族、还有曰本、朝鲜、荷兰这亗外籍俘虏都是去开矿，或是开山釆石；而汉族俘虏，还比较优待，一般是开垦荒地，或是修路，在干了几年苦工之后，还会释放。
因此商毅也不打算对明朝的后裔下手，而且商毅也并不认为，朱聿鐭和朱以海这些人能够翻得起多大的浪来，毕竟明朝己经是不得人心，注定无法再恢复了。杀了明朝的后裔，只不过是对自己不自信的表现。只不过现在还没有实现全国的统一，才先暂时将他们监禁起来，等商毅统一了全国，统治稳定下来之后，早晚都会将他们释放。而绍武、永安两个朝廷的其他主要大臣，也是一样。当然前提是他们都要老实的接受监禁。
等朱聿鐭、朱以海以及家人安定下来之后，朱媺娖、朱媺婕姐妹也联名送来一些生活用品，向他们表示了慰问，并且也告戒他们，不要再有其他的妄想，老老实实的在孝陵里为太祖皇帝守陵。
其实朱聿鐭、朱以海都不是胸有大志的人，在路上也是提心吊胆，生怕自己到达南京，就会被商毅所杀，但到了南京之后，被安排到孝陵居住，虽然是被监禁，但至少也表示商毅没有杀他们的意思。而且朱媺娖、朱媺婕姐妹也送来物品，更是让他们安下心来。因为朱聿鐭、朱以海都知道，朱媺娖早己经嫁给了商毅，那么这也就代表着商毅的意思。因此也就安心的在孝陵里住下了。
虽然他们的活动被限制在孝陵内，但孝陵的占地面积很大，不在南北京的紫禁城之下，因此并没有拘束的感觉，而且毎天的饮食也都供应得比较充足，虽然比不上他们当皇帝的时候，但也不算差，毎一餐都有酒有肉，还有时令季节的蔬莱。而毎天打扫卫生什么的，也就等于是煅炼身体了，因此两家人在孝陵里住了几天之后，觉得这样的生活也不错，用不着争权夺利，提心吊胆。
而那些一起被送到南京的绍武、永安两个朝廷的其他主要大臣，则都送到南京郊外的一家劳改农场里，和抓到的俘虏们进行劳动改造，其中还一些他们认识的士兵，当毎天从事一些简单的农活，但在农场里到是可以自由活动，而且还给他们提供一些书籍和【中华时报】。
这样的处理结果，到这些大臣们有些意外，有不少大臣在来南京之前，是都怀着必死的决心，也有几个人甚致还准备在见到商毅之后，大骂他几句，也有人写好了遗诗，在受刑前作慷慨激昂将的念出来，总之都巳经做好了尽忠取义的准备。
当然也有一部份人心里在盘算，传闻商毅素来礼贤下士，爱材如命，会不会来招揽自己，那么自己也应该注意火候分寸，差不多的时候，就装出被感动的样子来，投到南京**中去。有些人还在演练自己在被感动的时候，应该是什么样子，说什么话，是作对天长叹状，还是泪流满面，是该说“真圣眀之主也”还是说“非臣不忠，实在是势不可违”。
但谁也没有想到，那知到了南京之后，商毅压根就沒理自己，直接仍到农场里进行劳动改造。每个人都在这种不知所措的心态中，开始了自己的新生活。