敦刻尔克号原先是一艘典型的战列巡洋舰，拥有舷侧装甲带250mm（斯特拉斯堡号为283mm），主甲板125mm，机舱上部为三层共200mm厚的装甲，弹药舱上部为三层共250mm厚装甲（斯特拉斯堡号275mm）。这些在改造时都没有动，节约了大量时间，否则10个月工期是无论如何完不成的。
改造变化比较大的动作是拆除了舰炮，同时对舰桥进行重建，将高大的塔状战列舰指挥舰桥变成为条状且相对低矮的航母指挥舰桥并安置在右舷，值得一提的是，这个也是云龙级通用指挥舰桥，设计师略加修改便直接采用了。
变更了弹药仓的储存功能和舰炮及原舰桥所在区域的功能设计（变更为装甲覆盖的航空燃料仓和部分机库），整艘军舰直接以主甲板为飞行甲板，同时进行左右舷甲板外飘（外飘部分厚度50mm），左舷是154米长的斜角甲板，相对于原设计，拆除炮塔和高大舰桥后减轻的分量被外飘部分的甲板重量所抵消，但重心略有降低，适航性更好。
相对于赤城、加贺等一票用战列舰舰体改造的航母，敦刻尔克号并未在主甲板基础上重新建设机库，因此看上去个头更矮，为照顾上浪情况，对侧舷进行了加高，舰艏进一步强化了大西洋舰艏设置。
总体来说，改造后军舰吨位未发生重大变化，标准排水量在2.7万吨左右，航速在经维护和修缮后也基本保持保持不变，船体重心与适航性良好。整舰前半部分的燃油和弹药仓拥有厚重的装甲防护，整体飞行甲板核心位置变成125mm厚度，且未部署一台升降机（全部采用侧舷升降机），一体化的厚实甲板极大地增强了防御性能，而升降机这个航母甲板防御的阿基琉斯之踵也完全免除。
不放心的德国海军担心法国装甲钢的质量，进行了反复测试。测试表明，英美500磅重的高爆弹、穿甲弹、半穿甲弹根本不能穿透主甲板核心带，就是1000磅的高爆弹也能抗得过去，再加上动力舱、燃油舱上面的厚重防御，1-2颗炸弹根本奈何不了这艘军舰。
在拥有厚重防御的同时，该舰突出的不利之处是机库面积不但狭小且只有单层，2.7万吨的排水量只比大凤级装甲航母少2000吨，但机库舰载机还不及对方一半（大凤机库可容纳60余架），而吨位比该舰更小的埃塞克斯级机库容量是敦刻尔克号3倍以上。不过，得益于战列巡洋舰舰体修长的体型，敦刻尔克号主甲板长度长达219米，比大多数舰队航母略短一些，但比所有的护航航母都要长的多，考虑其27节的航速和加装弹射器的结构，起飞全载重重型攻击机是不成问题的。
综合以上各条，敦刻尔克号从决定制造的那一天起，其目的意义就不是为了航母编队主力作战，而是为了破交，特别是为了对付英美以护航航母为核心的护航编队，理由包括：
其一：速度很快。最大航速可达27节，对付速度慢的护航舰队完全不在话下；
其二，防御结实。基本免疫6英寸火炮以下的杀伤，对8英寸炮也有较强防御能力，护航军舰那点炮火实力可以无视；
其三，出击得力。在引入斜角甲板后，紧急状态下战机起飞拥有2条飞行跑道，速度快了足足一倍，且降落起飞可以互不干扰，效率飞速提升——这是斜角甲板的最大优点。
其四，不怕空袭。该舰加装了大量的40mm博福斯高炮提升防空火力并引入了8座密集阵近防体系，除远程对空火力欠缺一些外，中近程对空火力强大到令人发指。这样还不够，给其设计的出发点是能抵御护航航母放飞的攻击机打击——英美各级别护航航母因甲板长度和航母速度限制，只能起飞战斗机或轻载攻击机，带鱼雷或1000磅重炸弹的飞机根本飞不了。除非敦刻尔克号被连续两颗炸弹命中甲板同一位置，否则核心地段一直将保持完好。
在霍夫曼的考虑中，无论炮战还是空袭，英美护航编队都构不成对敦刻尔克号的威胁，如果再给其配上一个保镖——比如同级舰斯特拉斯堡号，再加上几艘配合反潜和保护的驱逐舰，这样小型精干的破交舰队在北大西洋上可以狂虐护航编队。即便偶尔遇到一二老式战列舰也不怕——敦刻尔克号有6架超远航程Ar-352侦察机，还拥有22架最新式的Ju-198（流星改）攻击机，集俯冲轰炸与鱼雷攻击于一身，不愁对付不了个别老式战列舰。
继彩云改之后，流星改也投入试验性服役，由于性能还不够稳定，主力舰队暂时还不敢装备，但用在破交航母上正好可测试性能——在海军的时间表上，如一切顺利，大批量Ju-198将在明年春天取代舰队中的主力舰载机He-218和Ju-98的地位，那样在Ar-352正式上舰后，航母舰载机编队依然会保持侦察机、战斗机和攻击机三个型号，不至于因型号太多而造成指挥或维护困难。
在敦刻尔克号海试期间，霍夫曼还特意要求海军尝试从甲板起飞Me-262喷气机，测试表明起飞毫无困难，但降落存在较大问题，失败几率超过70%，在风平浪静的地中海上多次试验再加斜角甲板可反复通场的优势才获得30%的成功率，如果是战时的大西洋上，只怕成功几率低于10%，霍夫曼对此只能长叹一声，暂时放弃了装备舰载喷气机的设想，一切都需要时间。