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弘光元年五月，经历长达半年的徘徊观望后，南明朝廷终于不再等待，决心举兵北伐。
此时河南山东等地齐军残部都向临清聚集，流贼在北省的势力也不容小觑，加上各地接寨自保的大户，形势对大明变得越来越不利。
更要命的是，各方对以正统自居的南明朝廷都不怎么待见。
流贼残余兵力主要盘踞在河南，刘芳亮困守南阳，据说此人麾下还有上万人马。
不过既然整个长江中下游已经基本纳入弘光朝廷统治范围，督师刘宗周也不急于消灭刘芳亮部——虽然闯军也是叛逆——而是集中精力攻击齐军残部，为天启皇帝朱由检报仇雪恨。
在从扬州起兵时，刘宗周与幕僚诸将商讨北伐攻略，确定了北伐中原、恢复京师的决策和部署：
先取山东撤其屏障，再移兵由淮入河，拿下河南破其藩篱，接着拔关陇扼其户槛，最后攻下北京。
明眼人都看得出来，这条北伐路线和当年太祖北伐灭元的路线几乎完全一样。
这倒不是刘宗敏的幕僚们为图省事，只是为了绕开南阳刘芳亮残部，避免和流賊爆发不必要的冲突。
相比闯王李献忠等人，对南明朝廷来说，盘踞京师的伪齐皇帝刘招孙无疑更为可恶。
刘宗周遵从儒教，以忠孝节义为自己行为准则，督师下定决心，如果能逮住刘招孙这个乱臣贼子，不仅要将他进行千刀万剐，而且还要挫骨扬灰。
五月二十日，在王恭厂大爆炸发生后将近半个月，消息才从幸存流贼传回南阳，传到刘芳亮耳中，而北伐明军，知道这个消息是在五月底。
京师突然遭此大难，困于京师城中的上万齐军，连同围困京师的十二万流贼，几乎全灭。
这场疑似地外文明引发的超级大爆炸，威力是原本王恭厂大爆炸的十倍不止，爆炸造成京师百姓伤亡五十余万，仅有数万人侥幸生还，也已没了人样。
爆炸造成整个帝国的文官精锐——无论支持大齐或是大明——全部消失，连带着北漕河漕运彻底瘫痪，漕运的终点和消费城市已不复存在。
北地漕工失业者不下十万，权力真空下，失去生计的漕工或加入流贼，或加入残留的齐军。
大爆炸引发的蝴蝶效应远不止此，整个京畿变成宇宙黑洞，将周围所有企图浑水摸鱼的势力朝黑洞吸引。
明军由淮扬北上，绕过流贼占据的城镇关隘，推进顺利，刘芳亮和闯军其他幸存将领，很自觉的和北伐军打成了某种默契：双方互不攻击。
对刘芳亮来说，固守河南自保无疑是最明智选择，围困京师的闯军主力已经不在，刘芳亮这支偏师，无论是返回陕西，还是继续和齐军死磕，最后都只是死路一条。
于是，整个六月间，北伐军都在一路狂飙突进，收复失土。
大军所过沿途城镇鸡犬不宁，时常有明军偷鸡摸狗奸·营妇女，不过，沿途大多数读书人尤其是地方大户，还是很明事理的。
大家箪食壶浆以迎王师。
王师来了，鹅城康城就太平了。伪齐制定的三成佃租的恶征便可废除了，被屠戮欺凌的衍圣公后代们也可以出来找泥腿子报仇雪恨了。
河南、山东境内的残余齐军，在大爆炸之后纷纷向临清靠拢。临清，将已成为齐军在关内最后的也是最重要的据点。
临清县始置于北魏太和二十一年（497年），后历经各代演变，有明一代，至万历时期发展至顶峰。
《大明一统志》中记载：
洪武二年，迁治县北八里临清闸。成祖迁都后，政治中心远离经济富庶的南方，临清在南北转输中的地位日趋重要。
宣德四年（1429年）；恢复支运法。常、镇、滩、扬、凤、大、滁、和、徐民运粮二百二十万石于临清仓。
景泰时在临清“开中”。令各地商输粮临清换取盐引。中洲附近，粮船、盐舟杂集，军民运输繁忙，工商业迅速发展。
万历年间临清“北起塔湾、南至头闸，绵亘数十里，市肆栉此”。
街市阎闾延伸到土城北三里以外。临清钞关征收船料商税为八万三千余两，比京师崇文门税收数量还要高，位居全国八大钞关之首，占当时全国税收总量的四分之一。
刘宗周指挥五万北伐军将这座运河最重要的城市团团包围，日夜攻打，齐军奋起抵抗，明军久攻不下。
史可法建议，为鼓舞士气，攻破此城，允许士兵抢劫三日。
刘宗周对此不置可否，既没有接纳，也没有怒骂史可法铁石心肠草菅人命，不过随着战事陷入焦灼，督师的想法正在发生改变。
此时临清城中盘踞两千多齐军，统帅为近卫第十四军长官蒲刚。
蒲刚是泰昌元年的老兵，一直跟随武定皇帝东征西伐，齐国建立后，蒲刚率近卫第十四军驻守济宁。
大爆炸后，山东、河南各地齐军纷纷向运河靠拢，抱团求生。
蒲刚当机立断，既然回不去辽东，那就只能在临清死守。