遵循从严从重的原则，对被抓一应罪犯的罪名定下以后，很快便处刑。
崇祯五年正月二十三日，南京外城菜市口，一队队全副武装的禁卫军士兵围成一圈，护卫着身后高台，在禁卫军圈子外，却是人山深海，无数南京百姓蜂拥而来，来观看对一众逆臣的刑罚。
高台上，一众逆臣被反捆着跪在台前，每个人脖子后面都插着长长的木牌，上面写着名字及所犯罪行，每个逆臣身后都站着一个身穿红衣怀抱鬼头刀的刽子手。
洪承畴满脸严肃的端坐在桌案之后，不时抬头看看天色。此次处斩的逆臣级别太高，身为江南总督的他亲自作为监斩官。
“王八蛋！”
“一群杀天刀的，早就该宰了他们！”
台下百姓纷纷叫喊着，烂菜叶土坷垃雨点般扔上台上，砸在一众逆犯身上。这些逆臣的罪名早已通过报纸公布于众，百姓们对他们皆恨之入骨。
南京之战，绵延一个多月，整个外城被打成一团糟，外城数十万人口，死于战火的至少有数万人，可以说是家家戴孝。抢掠，杀人，奸淫，各种罪行在外城几乎每天都在发生。
在百姓们看来，这一切都是台上这些逆臣罪犯带来，对他们自然恨之入骨，现在自然是发泄的时候。
无数的泥块甚至砖石扔到台上，跪在那里的逆臣皆被砸的头破血流，更有泥块仍向刽子手们，却被护在他们身侧的士兵用盾牌挡住。
对百姓们的怒火，洪承畴等禁卫军高层自然心里清楚，这也是为何把刑场设在外城菜市口的原因，就是希望百姓们把怒火发泄在这些逆臣身上，好为皇帝赢得人心，方便接下来重建南京、进行变革。
“大人，午时三刻已到！”一个观察着日冕的文吏站起身来，躬身禀告道。
“行刑！”洪承畴伸手抓起一支令牌，扔了出去。
“总督大人有令，行刑！”随着传令官一声高喊，刽子手们高高扬起鬼头刀，迅疾的挥砍下来。
一道道寒光闪过，鲜血如一道道喷泉一般骤然涌起，一颗颗人头滚落台下，台下观看的百姓们有的吓得捂住眼睛惊叫起来，有的却露出兴奋的神色。
很多百姓突然向高台涌来，去争夺那些滚落台下的人头。护卫高台的禁卫军士兵欲阻挡时，突然哨子声响起，便纷纷撤离了高台。
一阵混乱之后，骚乱慢慢停息了下来，台下只剩一堆骨头。
此刻，高台上绝大部分罪犯都被处斩，还活着的只剩下一个人，便是赤身裸体被绑在柱子上的袁崇焕，接下来三天内，袁崇焕要受凌迟之刑。所谓凌迟，又叫千刀万剐，其过程在报纸上也有介绍，很多百姓都有所了解。
接下来三日，很多百姓自发来到菜市口观刑，很多小孩子看过之后吓得整夜嚎叫。
而对此时的朱由检来说，处置这些逆臣只是一件小事，此时的南京城中，有太多重要的事情需要他处理。
战事结束，百姓需要安顿，虽然有大量的物质从江东江北运入，但南京城的物质仍然紧缺，市面上粮食价格已经比往年翻了一倍还要多久，每担大米价格高达三两银子！
很多百姓根本买不起粮食，只能等着朝廷赈济。朱由检已经下令赈济百姓，在内城外城共开设了二十四个粥场，每个粥场每天都有成千上万百姓等着施粥。但是赈济粥只能保证这些百姓不会饿死，想吃饱肚子却是根本不可能的事。
根据袁可立的建议，朱由检决定施行以工代赈，召集南京青壮五六万人，修缮城墙，疏通河流，在城外挖掘灌溉沟渠。每日给这些青壮十几斤粮食，既能建设一些大的工程，又让他们家人不饿肚子，还会减少社会治安问题，实在是一举三得。
除了民生问题，再就是对俘虏们的处置，也让朱由检及手下文武们头疼。
此战，二十万反贼被歼灭数万，剩下的或者临阵投降，或者被俘虏。十多万俘虏被收缴了武器，安置在内城清凉山以北的军营。如何处置这十多万俘虏，着实让人头疼。
杀掉是不可能的，毕竟是十多万人，朱由检平日里又自诩圣君，自然不可能做出杀俘之事。而且在朱由检看来，大部分俘虏只是毫无见识的农民，或逼不得已或被人蛊惑携裹，才加入了贼军，其错根本不在他们。
故朱由检决定，先把俘虏中的将领军官和普通贼兵分隔开来。然后让普通贼兵揭发将领军官们的罪行。罪大恶极的将领军官，无论其是否主动投降，尽皆处死！至于普通的贼兵，皆免其罪责。
经过一番甄别审讯之后，约有千余反贼军官将领被揪出来处死，剩下的便只是普通贼兵。对剩下十多万人的处置，同样是一个问题。
直接放回是不可能的，十多万人全部释放，让他们自己返回江西，且不说他们回去后会不会被江西反贼重新征召入伍，再就是回去的路上，必然引发很多社会问题。失去控制的乱兵，在回去的路上做出什么样的事情都有可能。
经过慎重考虑后，朱由检决定，暂不放回这些人，而是从这些人中征兵，在南京组建江南禁卫军，初步决定，招募组建十万禁卫！