经过多日整顿，北新关之事已经渐有起色，阮元也特意与百龄、临海知县方面商议，将新垦之地拨给棚民使用。为了使棚民分到田地，不致被贪吏巧取豪夺，阮元也特意差了抚院吏员，一同前往金华监督棚民迁徙事宜，以保失地棚民得迁新居。
这日阮元也与焦循议定，择邻近州县查仓，斟酌之下，将目标定在了海盐，次日二人便即出发，一日后到了海盐粮仓。海盐知县张宗轼听闻阮元突然亲临县内粮仓察访，也连忙和属下官吏一道，前往粮仓迎接阮元。
“中丞大人来访本县，下官未能远迎，还望大人恕罪。”张宗轼见到阮元，也如寻常一般问道：“却不知中丞竟是有何雅兴，事先也不通知下官一声，便要前来下官这海盐县查仓呢？下官直到两个时辰之前，才知道中丞已到了县外，这要说准备酒席，也来不及了啊？”
“张知县，我来这里只为公事，酒席之事，就免了吧。而且我记得我初到浙江之时，便即告诫你等，官员迎送之时，切记不可铺张，你还要对我言及这酒席之事，又有何用呢？”阮元看起来对他也不客气，径自言道：“我记得你这里收粮是半月之前，海盐县距离杭州也近，那我前来查仓，有何不妥吗？”
“不不，中丞前来查仓，绝无半分不妥。”张宗轼忙陪笑道：“只是中丞或许不知，下官这海盐县，这里官仓存粮占全县的九成以上，这秋粮又是前半个月才收上来的，中丞这时突然来查仓，只怕一时之间，也查不完啊？”
“我为何就查不完这里的粮仓呢？”不想阮元反问道：“张知县，我前来你这里查仓，便自是有备而来，今日我已从杭州带了五十名仆吏，加上你这里的人一同查点，我看不少了。你这海盐也不过一县之地，眼下是上午，一日的工夫，我看也够了吧。”
“这……那全凭中丞的意思。”张宗轼眼看阮元准备充分，也只得遵从阮元之令。
“还有，这次查仓，我这里每人带了一个官斗，查仓之时，就用我这官斗来查，不可有半分差池。”阮元补充道。
张宗轼听着阮元之言，也只得遵命照办。阮元当即叫了手下吏员进来，将仓中粮食一一打开，重新登记入账，张宗轼也将半月前清仓账目拿来，与阮元比对。虽然阮元一行人数众多，官斗之数自也不少，可海盐官仓存粮亦自充足，吏员们忙了一日，直到天色渐暗，县吏纷纷拿来火把，海盐官仓方才清点完毕。焦循看着各人将仓库存粮之数登记完毕，不再另有差错，才将新清点的账册交给了阮元。
“果然不出所料啊。”阮元一边看着两本账册，一边向张宗轼问道：“张知县，你这入仓的账册，与我方才的账册，我都对比过了，我这部账册，比你手中账册少了九十四石！张大人，你不是说这些秋粮，都是半个月前入库的吗？那这少了的粮食，都去了哪里啊？”
“这……”张宗轼一时也看得不知所措，只好支支吾吾的答道：“回中丞大人，这粮食入仓，本来就多有匆忙入册，称重不足之时，又或征收了成色不足的粮食，也就只好弃置了，更何况，这九十余石粮食，其实……下官来看也不算多……”
“张知县，官府收粮，从来就有加耗在其中，这加耗本就可以抵充成色不足之米，若是再有缺漏，便不是成色的问题了。”阮元声音逐渐严厉，续道：“更何况，你觉得这九十余石米不算多，确实，我也觉得不多，可你是海盐知县，我却是浙江巡抚啊？浙江有七十多个县，你海盐县不算最大，却也不算最小，依中数而计，你海盐一个县粮食少九十多石，那整个浙江，一年秋粮就要少六千石啊？依眼下市价而计，我们浙江光府库存粮一项，一年就要亏空一万两银子！你觉得这些银子在我这个巡抚看来，还是个小数吗？”
“中丞大人，这……下官知错了……”张宗轼眼看争辩不得，也自双腿一软，跪在了地上，对阮元哭道：“可是中丞大人，下官督办秋粮，从来谨慎，也绝不敢从中牟取半分私利，这粮食缺漏，下官也不知是何缘故啊？”
“张知县，我清楚你来海盐做知县两年，虽无大功，却也没有大过，是个清官。而且让你一个人半个月偷走一百石米，却不漏半点风声，你做不到。”阮元倒是对张宗轼为人一清二楚，但言语却仍不放松，道：“果然，我所料不错，你这里粮仓有偷漏官粮之事，从时间、数量来看，就只能是你这仓库中的吏员了。来人，将这里护仓吏员全部拿下，若能交待事实，我从宽处理，若是拒不承认，就休怪我无情了！”
一时间阮元身边吏员也得了号令，便即一拥而上，将粮仓中二十余名县吏全部按住。但阮元看过去时，却只见这些县吏大半面露无辜之色，过了半晌，忽听得其中一名老吏高声道：“中丞大人，小人……小人冤枉！”
“你还有何冤情？”阮元问道。
“回中丞大人，小人……小人在这海盐粮仓三十余年，若说偷窃官粮之事，小人并非没见过，可那是十年前了。中丞到了浙江之后，小人一直严令约束这些吏员，我海盐粮仓这里，决计不会再有作奸犯科之事！至于这些吏员，小人也一直看着他们，若说偶有偷漏，或许尚有可能，但中丞说我们半月之内偷盗百石粮食，这种事绝不会发生在小人这里！”老吏坚定道。
“是啊中丞，我们师父从来恪尽职守，怎么会带我们偷粮食呢？”其他两名吏员也争辩道。
“中丞大人，要不这样吧。”老吏也向阮元主动道：“小人等人虽是吏员，可收入并不多，若是近日偷了粮食，家中绝对会有余钱，中丞若不相信我们，就请一一搜查小人等人住所，若是从哪个弟兄家里搜出了十几二十两现银的，那中丞要杀要剐，小人绝无怨言！”听老吏这样一说，下面吏员也连忙随声附和。