于是，新阮为了集中力量对抗旧阮，便大开门路，招募华南中国人西进参战，正好这时华南诸省，各有不少渔民生计困苦，不堪安于本业，于是不少中国渔民也铤而走险，到西山阮氏旗下做了雇佣军。同时在南海之上，也一直做着劫掠船只的勾当。这样他们一方面在安南内战中发了战争财，得以用安南官爵招揽部众，一方面本来身份只是海盗，在旧阮那里走私法式枪炮，也没有多少限制。凭借这番左右逢源，一批海寇迅速崛起，即便清政府招安了其中一些帮会，也一样于事无补。
此时的欧洲，同样在经历由古代世界到近代世界的关键转折，之前的嘉庆三年，法国军官拿破仑南征埃及，建立了巨大声望。也正是阮元与那彦成这番对话后一个月，拿破仑北上发动雾月政变，夺取了法国军政大权。同时，欧洲其他君主制国家组成的第二次反法同盟，也在这一年达到高潮。东南亚的法国军官大多是传统保皇派，自然希望通过扶持旧阮，在安南和法属印度重振声威，与反法同盟一道反击法兰西共和国，迎回王室。所以在训练旧阮军队、提供武器帮助方面，他们也花费了不少心力。只是对于南海海盗，他们似乎并不在意，走私火炮之举，他们也索性听之任之。
由于得知南海多有海盗猖獗，部分唯利是图的欧洲商人，也借用租住澳门这一踏板，在此时走私火炮给海盗。有了法国和葡萄牙的新式炮械，即便总数不多，海盗们也有了与清朝海防对抗的勇气。一时间沿海闽浙粤府县，频繁遭到海盗袭击，三省水师，虽疲于奔命，却收效甚微。不少海盗甚至组织起了庞大的海上帮会，一时华南、福建两地的海盗，竟多达数万人，即便沿海各镇水师加在一起，也不如海盗数量庞大。
对于海盗声势浩大，甚至无论人数船只，都已经在与朝廷的对抗中占到上风之事，阮元也有耳闻。这时想起自己督学之际，沿海百姓四散奔逃，躲避海盗之苦，也不禁连声叹气，一时竟也寻思不出什么好办法。毕竟自己为官十年，不是做翰林，就是做学官，或者主持礼部丧仪之事，这些事务与防范海盗之事，似乎相距甚远，或者说并无任何交集。
这时阮元送别那彦成，也已经到了裕陵正门之前，门前正有一队仆隶，四散着清扫正门尘土。其中一个原本背对着二人，发辫灰白，手上扫帚也缓慢无力。听到官靴之声，才慢慢转过了头，看着阮元与那彦成，一时无语。可阮元见了这人样貌，却不禁吃了一惊，一时之间，甚至忘了移动脚步。
只见这人虽显憔悴，原本相貌，却似清秀。虽是双目无神，可面上褶皱并不多，其实只有四十上下年纪。手上肌肤白皙，又多有皲裂之处，显然对于洒扫之事并不习惯。缓慢的步子之中，隐隐却有一股从容高傲的贵气。正是之前和珅的心腹，与那彦成也曾一同做过军机大臣的福长安。
那彦成见了福长安样貌，自也清楚。于是拉了阮元到一旁，小声道：“不错，就是福长安。那日皇上派他监视和珅自缢之后，他已是五内俱裂，再不能有半句违逆圣意之言。想着他已经这般模样，皇上便免了他死罪，只定了斩监候。后来他在大狱之中，也算规矩，于是皇上特意赦免了他，只来这里备充洒扫之事。原本苏陵阿也一并来守陵的，上个月已经病死了。看他这个样子，我看日后也再没有出头之日了。”
阮元点了点头，可福长安沦落至此，自也令人哀叹。不禁又回过头，暗自瞥了福长安一眼，福长安却也不愿再理会阮元，这时已把头又侧了回去，只在一边默不作声的清理着地上污垢。回想一年之内，京城故地，已是物是人非，自己心中竟也有些凄凉之感。
各人这时自然不会知道，嘉庆对福长安还算客气，后来又复了他做总兵、正黄旗副都统，可均无实权可言。直到嘉庆二十二年，福长安去世，终是没有再受嘉庆重用。
而阮元送别那彦成后不过两日，也回到了京城。这一次嘉庆又任命他兼理国子监算学，也正是在他“兼理算学”的半个月里，《地球图说》的十九张补图绘制完毕，与《地球图说》一并刊行。而阮元历经三年，潜心编撰的算学名著《畴人传》，也终于完成了最后的定稿。阮元也将浙江收录诗文唱和之作，编为一书，取名《定香亭笔谈》。在浙江许下的修书之愿，到这时终于渐次完成，只是刻板之事，尚需一段时日罢了。
在阮元的所有著作中,《畴人传》无疑是一部划时代的作品。这是中国古代目前可考的第一部专为数学家、天文学家所作的传记。也总体记载了中国自上古时代，直至十八世纪末已知的所有数学、天文学成果。全书共四十六卷，记载中国古代数学家二百四十三人，另附西洋数学家三十七人。正式确立了数学家、天文学家在中国古代的重要地位。《畴人传》也贯彻了清代朴素的科学精神，对于历代以来经常与数学家、天文学家混淆的以占卜、望气、卜卦、谶纬闻名之人，一律不予收录，更显其科学价值。阮元在浙江时，便已对此书无比重视，此时经历三年呕心沥血，终于大功告成，也不由得在家中举宴，全家欢庆了一日。