拢到韩遂后，关军一起推举韩遂了讨伐曹操的联军盟主，随率兵屯于渭河、潼关。曹操得立刻派遣了大将曹仁率兵前往守，曹操向来忌惮以悍著称的关军队，于是下令坚守，不与之正面冲突，等待大军支援。
月，曹操亲率大军抵达潼关，和马超、韩遂等人对峙，在这间曹操曾与韩遂、马超单独谈过。马超自认为武力过人，要趁机偷袭曹操，因见到曹操身边跟着一员大将，马超怀疑此人可能是许褚，就问曹操说：“听说你有虎侯许褚，不道现在在哪里？”曹操用手许褚，许褚则瞪着马超，因害怕，马超只得弃了偷袭曹操的计划。
其后太祖与遂、超等单马会语，左右皆不得从，唯将褚。超负其力，阴欲前突太祖，素闻褚勇，疑从骑是褚。乃问太祖曰：“有虎侯在？”太祖顾褚，褚嗔目之，超不敢动，乃各罢。
后来曹操用了贾翊的离间计，使韩遂、马超二人相互猜忌，曹操趁机率兵攻，马超联军大败亏输。
山阳载记中记载，当时曹操派了徐晃、朱灵在蒲阪准备渡黄河，马超对韩遂说应当在黄河面守曹军，这样一来不出二十天曹军就会因为粮尽而败走。韩遂则认为应当等到曹军渡河到一半时开突袭，将其困在河中，这样曹军会败得快。因此马超的计策没有实现，曹操听说后说道：“马超这小子要是不死，我曹操以后将死无葬身之地。”
初，曹军在蒲阪，欲渡，超谓韩遂曰：“宜於渭拒之，不过二十日，河东谷尽，彼必走矣。“遂曰：“可听令渡，蹙於河中，顾不快耶！“超计不得施。曹闻之曰：“马儿不死，吾无葬地也。“
但不怎么说，潼关之战，马超曹操败了，这一战没有马超和许褚的对决，而是当马超偷袭曹操时许褚给吓退了。重要的是，这个时候曹操没有下令诛杀马超在邺城的父母亲族等人，也就说不上马超是为了替父报仇起兵反了。
马超兵败后逃到了诸戎地区，曹操率军追击到定时，因为方有事，就撤军，这时杨阜劝说曹操说马超有韩、吕之勇，又得羌人、胡人支，如不严加防备，陇上诸郡县恐怕会全部落入马超手中。
建十年（212年）正月，马超然卷土重来，率领军队攻陇上各郡县，因此陇上郡县纷纷归附。马超又杀了凉州刺史韦康，占领冀城降了冀城军队。不过后来因为韦康的老部下趁马超出城攻杨阜等人时，关闭了城门，马超不能入城，十分狼狈，不得已只好去投靠汉中的张鲁。但马超认为张鲁难成大事，他听说刘备正在围攻成都，就派人带着书和刘备联，于建十年（214年）投降了刘备，帮其迫降刘璋。因此后来刘备封了马超为平将军、都亭侯。
而曹操下令诛杀马超在邺城的亲族是建十年（212年）月，也就是说，曹操是在马超反后没有马上诛杀马腾等人，而是第二年下令诛杀的马超亲族，说是马超害死了自己的父亲亲族二余口不为过。这也和演义中曹操诱杀马腾，迫使马超起兵抗曹是大相径庭的。之所以会出现这种况，不能说罗贯中不懂历史，我认为应该是罗贯中有意为之。我们都道罗贯中《三国演义》的主旨乃是扬刘抑曹，而身为蜀汉未来“虎上将”之一的马超，其形自然不能是个“坑爹”货吧，那样说出去也太响刘备仁义之君的形了，所以罗贯中有意把马超塑成了一个“孝子”的形，这也符合刘备的仁义。
而《典略》记载，马超投靠张鲁时，张鲁对他还是看重，曾把自己的女儿嫁给他，但有人却劝说张鲁说：“像马超这种连自己的亲人都不顾的人，怎么能顾其他人呢？”意大概就是说使你张鲁把自己的女儿嫁给马超，他也不会对你言听计从，于是张鲁就消了把女儿嫁给马超的。
起初马超没有反叛曹操时，他一个小妾的弟弟“种”的在三辅，马超投靠张鲁时，“种”已经在汉中了，正旦日（大概就是那时的春节），“种”就来给马超拜年，这时马超的亲族已经曹操处死了。马超捶胸吐血说道：“我的家人亲族余口，一天之内全部曹操所杀，还有么好庆贺的呢？”由此来看马超还是会作秀的，明明是自己反害死了自己一门十口子，居然还哭得出来，难道当初反的时候没到会有这样的结？
后奔汉中，张鲁以为都讲祭酒，欲妻之以女，或谏鲁曰：“有人若此不爱其亲，焉能爱人？“鲁乃止。初，超未反时，其小妇弟种留三辅，超败，种入汉中。正旦，种上寿於超，超搥胸吐血曰：“阖门口，一旦同命，二人相贺邪？“
后来马超曾向张鲁借兵要攻凉州，计划失败后马超又到张鲁内部杨白等人的排挤，便派人秘密联刘备，后抛弃张鲁投降刘备了。刘备得到马超后一开始高兴，为么呢？
主要还是因为马超是难得的猛将，加上当时其实刘备的处境不乐观，一边是刘璋，另一边汉中还有个张鲁，刘备入川可以说是孤军入，一旦益州的刘璋和张鲁联合，易把刘备给包了饺子。而就在这个时候马超前来投降，这简就是正瞌睡呢，送来个枕头。所以说，马超的投降对当时的刘备来说意义重大，张鲁失去了一员猛将而自己得到了。而马超的加入对刘璋自然是不利的，本来刘备手底下的张飞等猛将的到来已经把刘璋压得喘不上气了，又来了马超，刘璋一看这不是个事啊，撑下去定得玩了，于是就投降了，因此说，马超应该是压垮刘璋的后一稻草。
那么马超投靠刘备后为么没得到重用呢？这还要从马超以往的作为来分析。
马腾因为和韩遂起了冲突，曹操征召入朝为官了卫尉（大概就是负责京城各门守卫的官员，列卿）。曹操又封了马超为偏将军、都亭侯，让他掌马腾所有的军队。要说曹操对马家这样的排那绝对是仁至义尽了，不但给了马腾卿之一的官职，还把马腾原来所有的军队都给了马超，转眼间就让马超成为了雄踞一方的军阀。
可以说曹操给马家的好处实不少，但马超得到军队后却联合关势力突然反叛曹操，似乎没有理由，我马超就是看你曹孟德不爽，就是要干你，而毫无顾忌的干你。这就好比某领导拔一能力不错的主，结这个主刚上来就跟领导对着干，可以一下这领导心理阴面积有多大。因此也看得出马超是一个难以控制的人，这一点倒是和吕有些相似，而从马超的表现来看，也和吕像，简单说就是有勇无谋之辈。
而马超投靠张鲁不久就认为张鲁难成大事，于是背叛张鲁去投降了刘备，由此可见，马超是一个反无的人，能够为了利益毫不犹豫的背叛何人。
重要的一点是，马超反叛曹操的时候，他的亲族可都在邺城，那可是曹操的大本营，这种况下马超都毫无顾忌的反叛，可见马超为了自己的利益是可以不顾一切，甚至以牺牲自己亲族上下二余口为价。这种无脑神操作，纵观个历史恐怕也找不出几个吧？而对于马超这种行为，我个人是不齿的。
而汉朝又是以至孝为本的朝，马超的所作所为自然是令向来以仁义著称的刘备所不齿的，所以汉中之战后，刘备虽然把马超列为了“四镇将军”之一的左将军，后来又封他了凉州牧，防御边羌族，胡人，也没有用过他，可能也是看透了马超的为人吧！
其我认为还有一个原因，就是马超的作战风格属于那种狂野、野性的，不以军见长，这一点从马超以往的战斗中就可以看得出来，简单来说就是马超适合冲锋陷阵遭遇战，而不适合阵地战。逢攻城拔寨马超似乎都得不那么顺畅，胜少败多。
马超的这种作战风格要手下军队能够跟得上将领的节奏，哪哪，各级挥官对其将领的战斗风格要非熟悉，其实这样作战风格对马超手下的士卒要还是高的，士兵们要能够与将领有同仇敌忾的决心能发挥出大的战斗力。这样的军队虽然勇猛，却不适合守御和阵地战。
俗话说得好“兵熊熊一个，将熊熊一窝”，么样的将领就能够带出么样的军队，我们在看历史的时候往往会忽略一个将军对手下士兵的响，也忽略了一支军队中士兵的组成对将领的响。实的战争绝不是简略、单薄的，一个将军能够得怎样的成就，往往和他所带的兵么样是息息相关的。
而面对马超一而而三的挑衅，使得曹操失去了服马超的心，这下令诛杀了邺城的马腾上下二余口。而这事对马超军队的凝聚力响大，动摇了老部下的心。后来马超在陇右又杨阜等人败，导致自己的妻子全族杀，这也导致了马超无法重新组织起一支大的军队。
而马超张鲁猜忌时，为了命，马超是扔下了自己的军队，独自逃入了氐中，这使得以庞德为首一帮老部下彻底对马超失望，所以后来庞德遇到曹操后就马上投降了。而这逃跑马超抛弃了自己的妻子，后来儿子也张鲁所杀。
马超穷途末后选择投降了刘备，但这时候的马超么都没有了，说是杆司令也不为过，于是刘备派人迎马超，给了他军队，不久，迫使刘璋投降。
备乃使人止超，而潜以兵资之。超到，令引军屯城，城中震怖，璋稽首。
多人都认为刘璋是因为害怕马超投降的，事实也实是这样，而我认为刘璋所惧怕的不是马超本人，而是他麾下的关铁骑。可是在那个息不发达的年，刘璋又刘备围困那么久，外面的事刘璋本摸不楚，就不道马超其实早就不当年了。而是认为刘备已经和张鲁联合了，而马超就是张鲁派来支援刘备的力量。
而刘璋和刘备对峙的时候，一希望汉中的张鲁能够从背后捅刘备一刀，结现在马超来了，而刘璋只道马超投靠了张鲁，后来的事他就不楚了。就认为他们已经联合了，失去了后的希望，所以导致了溃败。。
这时候的马超没了、没了所向披靡的关军、又没了亲族，已经无法形成战斗力了。而论谋略马超无法和其他三上将（关羽、张飞、黄忠）相比，论冲锋陷阵，马超已经没有了默契的老部下，剩下的可能只剩下对羌人、胡人的那点威慑了，所以汉中之战后刘备就把马超派去了临沮。
总结起来就是，一个脱离了人民群众的干部，肯定不会是一个好干部，同理，身为一个将领，如脱离了手下的士兵，那他还能是一个合格的将领吗？