“你现在应该马上朝南60英里，尽快赶到那里”Boss在劝说斯内克离开毛熊，朝南60英里就是边境线了。
但斯内克根本不听，他更想知道真相：“为什么要叛变？”
“我没有”Boss一口否认，“我这样做另有我的目的。”
说完看着斯内克：“你呢，Jack.你为了什么而拼命呢？国家还是个人，嗯？忠还是孝？任务还是信念？职责还是个人良知？
...悲哀的是你现在连真相都无法掌握，很快你会被做出选择。
作为你的恩师还是有点奢望不要忘记我，但是某些方面而言，现在的你还太弱了......那条丝巾，如果你不能超越过去，那么你的死期不远了！下一次我见到你的时候，我就会杀了你！现在回去吧！”
谈话完毕的Boss正要上马，突然停下来，看了看斯内克，斯内克正在疑惑为什么Boss又停下来时，Boss从兜里拿出手电筒，打开了光源—
“啊，好刺眼”斯内克顿时觉得眼睛受不了。但突然，他感觉被重物击中，手上一摸索，是个食品包？
“记住，不想死的话，尽可能多补充食物，这几天绝对不要睡觉”Boss留下一句话，就快速骑上马绝尘而去......
望着BOSS的离去，没有办法的SNAKE拨通了ZREO的波段。
斯内克：“零少校，这里是斯内克”
零：“Go ”
SNAKE：我被THEBOSS袭击了。
ZREO：你说什么？
SNAKE：子机被她摧毁了。
ZREO：事情不太妙，敌人将会来搜寻你的。
SNAKE：我知道，但是为什么THE BOSS会在这个时候出现在这个地方？这事情后面一定有鬼！
零：“不管有没有鬼，有件事不变，她是你的敌人。传奇式的英雄人物会投奔到毛熊政府，那令我们两个都很痛苦，但是你要明确一点，如果你不去面对她，你就永远也不可能战胜她！”
斯内克：“那不是问题所在，而是技术问题！我不可能战胜她，她太强大了！”
零：“SNAKE，我听出来的更多还是你对她的留恋，她是你的敌人也是你的任务！
哪怕你们在一起共处了10年，这不会因为立场而改变。
你上次的任务我觉得你做的还好，起码你第一次让她受伤了”
斯内克：“我说了多少次，那不是我！是另一个意识.....”
零：“是的，你潜在的反抗意识，这很好，说明你还有一个无畏的强者之心，只是被儿女情长暂时盖住了。”
斯内克：“......”
零：“好了，赶快去废弃工厂与亚当接头！现在不是争论这些的时候，我们没有时间浪费在这里！你失去了你的武器是吗？那就意味着你在战场上将没有发言权，你所要做的，就是不要让他们发现你的存在！”
挂了通讯的斯内克只能凭借一周前的记忆，摸索着来到旧工厂，那次斯内克被奇怪意识强行附身夺下两枚核子武器后，只记得把东西交给KGB后，纵身一跃进了山渊。
在那时他才恢复了行动能力，在Medic的帮助下恢复自身，借着老练的潜行技术顺利逃出生天。
在差点出事之后原来的苏科洛夫研究所即OKB-754研究所人员和资料被立即执行紧急转移，所以这里全都变得荒凉，但是原貌还大致保留着。
忽然，一道强光照来，SNAKE一边当着强光，一边努力的去看清这突如其来的光迹背后……
？？：“对不起我来晚了。”这是一道优美的女声。
SNAKE：“关掉引擎！他们会听到的！”虽然大量监视力量已经随着研究所的转移而撤走了，但是这里附近依旧保留相当可观的监察人员。
“嘟，”引擎声关掉了，？？：“你是他们派来的吗？”
SNAKE：“你是亚当吗？我一直以为你是男的呢？”
？？：“亚当现在来不了了。”
SNAKE：“好了！说暗号！爱国者是谁？”
？？：……
SNAKE：爱国者是谁？！
？？：……
SNAKE：回答我！