同年3月6日美国传教士明恩溥到白宫进谒罗斯福总统，他建议总统将中国清政|府的庚子赔款退还一部分，专门开办和津贴在中国的学校。1907年明恩溥发表《今日的中国和美国》一书，他在书中指出，应该多让一些中国知识分子去美国留学。
在明恩溥等人的推动、鼓吹下，罗斯福给国会提出了一个谘文，指出：“我国宜实力帮助中国厉行教育，使此巨数之国民能以渐融洽于近世之境地。援助之法宜招导学生来美，入我国大学及其它高等学社，使修业成器，伟然成才，谅我国教育界必能体此美意，同力合德，赞助国家成斯盛举。”
1908年5月25日，美国国会通过罗斯福的谘文。同年7月11日，美国驻华公使柔克义向中国政|府正式声明，将美国所得“庚子赔款”的半数退还给中国，作为资助留美学生之用。留下的那部分“实应赔偿”，内容包括美国出兵中国的军费赔偿及美在华商人与传教士的损失赔偿。
10月28日，两国政|府草拟了派遣留美学生规程：自退款的第一年起，清政|府在最初的4年内，每年至少应派留美学生100人。如果到第4年就派足了400人，则自第5年起，每年至少要派50人赴美，直到退款用完为止。
被派遣的学生，必须是“身体强壮，性情纯正，相貌完全，身家清白，恰当年龄”，中文程度须能作文及有文学和历史知识，英文程度能直接入美国大学和专门学校听讲，并规定他们之中，应有80%学农业、机械工程、矿业、物理、化学、铁路工程、银行等，其余20%学法律、政治、财经、师范等。
同时，中美双方还商定，在北京由清政|府外务部负责建立一所留美训练学校。于是，1909年6月，北京设立了游美学务处，这就是清华大学的雏形。
1909年8月，内务府将皇室赐园---清华园，拨给学务处，作为游美肆业馆的馆址，学务处在史家胡同招考了第一批学生，从630名考生中，录取了47人，于10月份赴美。这就是后来庚款留美学生的由来。
1910年8月又举行了第二次招考。400多人应考，最后录取了70人。这第二批庚款留美学生中，后来出了一个大名鼎鼎的胡适，他当年考了个第55名。同榜中还有后来的语言学家赵元任、气象学家竺可桢等。
1911年初，利用庚款而专门为培养赴美留学生的清华留美预备学校正式成立。在此后十多年间，据统计，由清华派出的留美学生就达1000多人。1909年起，美国将所摊浮溢部分本利退回，充作留美学习基金，正史上到1924年6月退回余款本利1250余万美元，作为中国教育文化基金。
美国的退款，产生了很大的国际影响。第一次世界大战爆发后，北京政|府于1917年8月对德奥宣战，并从同年12月起，大部庚款缓付5年，德奥部分因战败取消，和俄国缓付部分，都拨作国内公债基金。
大战平息后，中国也涉足于战胜国的地位，各国都表示愿与中国“友好”，以便用和平的办法维护和扩张其在华利益，所以都紧步美国的后尘，陆续放弃或退回了庚子赔款余额，退款被广泛地应用到中国的教育文化事业和实业中。
正史上只有日本分文不退，用这笔钱财发展军备，建立教育，遂速成为20世纪的强盛帝国。