他们首先需要清除院子里的淤泥。因为杨仙茅有大船，吃住不愁，所以整个清淤工作有条不紊。但是其他人就没有这么幸运了，很多人发现粮食被水冲走之后，惊慌之下，城里又再次发生骚乱。
但这一次蔡京有了准备。他已经得到宋神宗的授权，带着开封府的衙役，在守城兵士的协助下，迅速平息了这些动乱。同时他超强的组织能力再次发挥了作用。他马上征集民壮运送淤泥，将城里的淤泥全部集中起来堆放在北城的城墙内侧。因为这些淤泥太过沉重，运上城楼再到到城外去的话的确有些太费劲了，而且也没有这种必要。——淤泥是不会主动伤人的，不像洪水。
所以城里各处的淤泥都被堆积在北城的城墙内侧，这样做也可以帮助城墙加固加，以免城外的洪水将城墙冲垮。
城里的百姓知道自己家的淤泥该往哪里送了之后，心中也就安定了下来。城里的淤泥源源不断的被运送到城墙边，堆成一座座靠着北城城墙的斜坡。城里逐渐恢复了原貌。
这几项工作持续了大半个月，才基本上将城里的淤泥清理干净。
这大半个月里，城外的洪水稍稍退了一些，但依旧围着整个开封府。水位依旧达到城墙的一半高度。高水位的洪水持续给城墙施加着强大水压，有不少城墙开始垮塌。
因为宋朝城墙整个是用夯土夯实而成，而不是用青砖。在长时间洪水浸泡之下很容易垮塌。
城墙开始部分垮塌这个令人揪心的消息快传到了皇宫，让宋神宗稍稍放下来的心再次悬紧了。
但随即他又得到消息，新任开封府判官的蔡京，组织开封府的衙役以及数万民众，组织民壮在坍塌城墙处打上木桩，拉上围栏，再将城墙边上清出来的淤泥用草编的袋子装上之后，重新加固坍塌的城墙。
坍塌的位置全部修补完毕。而由于城墙的根基得到了清理出来的淤泥堆集的支撑，整个城墙没有出现致命的垮塌。蔡京的在这次抗洪排涝中的超强组织能力和非凡的智慧，得到了宋神宗的多次夸奖，下旨任命他为京城抗洪排涝都指挥使，直接领导抗洪排涝。
杨仙茅在将自家的宅院清理安家之后，他决定做的第一件重要事情就是预防瘟疫。
大灾之后必有大疫，这一点杨仙茅在很多医书上都看过。因此他很担心会出现这可怕的局面，如果真是那样的话，对京城带来的致命伤害绝对不是洪水所能比拟的，无孔不入的瘟疫，将会把东京汴梁城变成一座人间地狱。
大灾之后的防疫工作并没有人管，蔡京忙着抗洪排涝，开封府的知府在其中没能发挥什么作用。开封府知府系大宋开国功臣赵普的后代，出身名门，但是才能平庸。在大洪水面前慌了手脚，只顾自己逃命，也没有任何组织能力。
宋神宗有一个非常大的特点就是知人善用，他任用王安石变法，就是看人看得非常准。而这一次，他准确的发现了蔡京卓越的组织能力。从而将整个京城的抗洪排涝工作交给了这位新任开封府的判官。
蔡京没有辜负宋神宗仁器重，把整个防洪排涝工作开展得井井有条，迅速而卓有成效。城里的百姓对这位开封判官所领导的抗洪排涝交口称赞。现在他的光环甚至盖过了驾船救人的杨仙茅。
杨仙茅当真有些哭笑不得，原本自己是想除掉这位未来的大奸臣，避免他未来祸国殃民。没想到阴差阳错，反倒让他更快的得到了皇帝的赏识。
而现在杨仙茅要想尽快防止城里头出现瘟疫，他就必须借助这位防洪排涝的组织者蔡京来达到目的。
杨仙茅探听到蔡京一直在北城城楼上领导抗洪，防止城墙长时间被洪水浸泡之后出现坍塌。
这天正好没下雨，杨仙茅独自一人出门去找蔡京，不带任何随从。
他走在大街上，眼见满城淤泥基本上已经清理干净了，但是空气中一直有一种令人窒息的带着尸臭的恐怖气味。靠近北城城楼的时候，这种味道更浓了。