事情的发展就像岳斯最开始所猜测的那样，五代火影的位置终究是落不到大蛇丸的头上，经过木叶高层的商议，最后综合各方面的评价，由自来也担任五代火影。
不过，自来也为了写书而外出取材，如今并不在村里，没人知道他身处何方，就连九尾之乱和波风水门夫妇牺牲的事情都不知晓，等消息传递到他那里，都不知道什么时候了，所以三代火影猿飞日斩重新出山，在木叶村重建工作的过程中进行主导工作。
在木叶的重建工作进行的过程中，有一道近乎谣言的秘闻在木叶村中流传——操控九尾袭击木叶的幕后黑手，的确是宇智波的忍者，但是却并不是木叶村中的宇智波，而是另外一支宇智波。
事情的起源，还要追溯到木叶建村初期的时代。
当时，大大小小的家族联合在一起共同建立了木叶忍村，千手一族和宇智波一族出力最多，为了表示合作的诚意，千手柱间希望宇智波斑能够成为第一代火影，但是千手柱间众望所归，成为了初代火影。
千手柱间许诺火影的位置他只坐两年，两年之后就交给宇智波斑，全力支持他出现选，但是后来的事情大家都知道了，二代火影依然姓千手，哪怕“木叶”这个名字来源于宇智波斑，但是宇智波斑好像和这个村子毫无关联一般。
不肯屈于人下的宇智波斑愤而离村，并试图鼓动宇智波与他一起离开，只是宇智波一族经历了多年的战争，已经期望过上和平的生活，拒绝了宇智波斑。
自觉受到背叛的宇智波斑决定重建他心目中的“宇智波”，在外散播自己的血脉，开枝散叶，将自己的忍术和理念传承了下来，其中就包括了使用写轮眼控制九尾的瞳术，然后带着捕获的九尾回到了木叶，与千手柱间大战一场，不敌，战败身亡。
但是，宇智波斑的理念却没有死，被他那一支宇智波传承了下来。
这一支宇智波每一代的最强者将会舍弃掉原本的名，继承先祖的名号改名为“宇智波斑”，去完成宇智波斑未完成的遗愿——排在第一的，就是向着木叶忍村复仇。
木叶村中的宇智波一族，也在对方的复仇清单上，因为他们背叛了当初的宇智波斑，被视为叛徒。
并且那支宇智波还并非是孤军奋战，他们在木叶忍村中还有着内应，并且还是身居高位的那种，正是因为内应透露的情报以及提供的帮助，当代的宇智波斑才能在不触动木叶的结界的前提下潜入木叶忍村做下这等事情。
这些消息中，最令人震撼的却不是宇智波家族内部的爱恨情仇，而是那个位于木叶忍村内应。
因为初代的宇智波斑败于初代火影的木遁，所以村外的宇智波委托内应，让千手柱间死后也不的安宁，初代火影的尸体被内应挖掘出来，偷偷进行研究，妄图掌握木遁忍术，最后还真让他们研究出来了一些成果，这份研究成果被应用在了当代的宇智波斑身上。
对于八卦类的消息，传播得最快了，初代火影和初代宇智波斑爱恨情仇衍生出的一系列故事，让木叶村民吃了个大瓜，谈论得不亦乐乎。
消息一开始从哪里传来的，没有人知道，但是真正让它传播开来的，却是重建工程的工地上，工人们在工作的疲惫中需要解乏，要么抽烟，要么聊天，然后谣言就这么扩散开了。
这条消息越传越广，最后整个木叶忍村几乎人尽皆知，见到这种情况宇智波一族连忙出面辟谣，那经过精心炮制的辟谣说明不仅没有打消谣言的传播，反而让这個谣言的可信度大大提高。
而这道消息毫无疑问地传到了木叶高层那里。
暂代火影职务的猿飞日斩又坐到了阔别不到两年的火影办公室内的办公椅上，隔着桌子，他看向了木叶的几位高层，例如火影顾问水户门炎，转寝小春，还有根部的头目志村团藏等人。
“那条关于宇智波的消息，我想诸位已经听说了。”猿飞日斩吊着自己的烟袋锅，目光不断在面前几人身上打量着：“你们对这条消息，有什么意见和看法？”
“谣言！铁定是谣言！是宇智波一族编造出来的谣言，是为了推卸责任编造出来的谎言！”志村团藏第一个发声，毫不留情且直入要害地戳穿了这件事的真实面目，为了增强自己话语的说服力，他还用自己的手杖杵着地面，发出连续的“咚！咚！咚！”的声音。
“团藏！”谁知道猿飞日斩却对志村团藏发出了一声怒吼：“你难道不也是在推脱吗！你我都清楚，有些事情，宇智波是不知道的，村子里的人基本都不知道，但是它却偏偏出现在了这个谣言当中！”
四代火影波风水门真正的死因，并不是用生命为代价封印了九尾，而是一个绝对不可能出现的忍术——木遁·扦插之术。
波风水门和那个自称宇智波斑的神秘人大打出手，经过一通战斗艰难地取得了上风，但是临了，那个神秘人却使出了只属于初代火影的木遁忍术，木遁·扦插之术。
虽然猿飞日斩带着暗部忍者紧急驰援，逼走了那个神秘人，但是四代火影波风水门已经重伤，救无可救，医无可医，将自己的遗言嘱托给猿飞日斩之后，波风水门和漩涡玖辛奈用最后一点的生命力施展了尸鬼封尽和四象封印，将九尾封印到了漩涡鸣人的体内，作为一个英雄那样死去。
这件事，仅限于极少部分人知道，也就是猿飞日斩和当时在场的暗部忍者，暗部当中，绝无宇智波的忍者存在——在看到了九尾眼中的写轮眼的形状之后，猿飞日斩下令禁止任何的宇智波忍者靠近，防止写轮眼的瞳力再对九尾产生任何影响。
哪怕之前在迎击九尾的战斗中出生入死，哪怕猿飞日斩这个命令实际上是对宇智波的不信任，但是宇智波一族的忍者还是乖乖听从了命令。
因此，宇智波一族绝无可能知道关于木遁忍术的事情，但是那份谣言当中却出现了关于初代火影的细胞，以及木遁忍术的消息，这已经能够洗脱这道谣言是来自宇智波的嫌疑。
并且，村子里悄悄进行初代细胞研究的事情，知道的人更少了，主导这个项目的，便是自己的老同学，志村团藏！