乌穆率领大军赶到的时候，清军已经烧了河对岸的船只、码头和剩余浮桥，直接往杉关而去，陆军四处搜罗船只、打造木筏渡河，清军毫无抵抗意志，渡河过去的掷弹兵和猎兵打散了部分绿营，集结队伍扑向杉关，杉关依杉关岭而建造，左有猪石山，右面是黄狗岭，南北山脉绵亘不决，与仙霞关不同，杉关不仅在夹山筑关城，还在山脊之上修筑城墙，号称一夫当关万夫莫开。
岳乐率领残军退入江西境内，他很清楚，如果杉关不保，那么就造成江西与福建二省的陆军合兵一处，届时再难抗衡，于是亲自挑选满汉八旗四千余，镇守杉关，同时调遣各路兵马会剿入赣之合众国军，随着江南、北方各路绿营兵相继赶到江西，在江西加派的饷银补足了欠饷，江西境内逐渐稳固了下来。
陆军猛攻杉关数次，皆是不克，杉关地形险要不说，道路也是极为狭窄，根本展不开兵力，合众国赖以为生的步兵大阵和步炮协同也施展不开，幸好乌穆也不只拘泥于杉关一地，分别派遣兵马夺取武夷山主脉上的九大隘口，此非入闽主要道路，清军疏于防范，许多关隘没有驻防兵马，有些驻防兵马甚至不知八闽局势，以至于被陆军轻易攻克，只是这些关口非大军可出入之地，因此远不如杉关交通便利。
随着雨水增多，入赣的陆军和陆战队相继撤回福建，在内陆作战困难重重，补给不便，东南战区先是堵住入闽的几个关口，继而分派兵马占据八闽各州府，在邵武府和建宁府形成两大重兵集团，由乌穆和李山分别统帅，此后，东南战区又进行了几次规模相对较小的军事行动，也都是趁着清军在浙江兵力不足而大行攻占地盘。
李山率领陆军从仙霞关入浙江，收复衢州全境，又入金华府，却是不恋战而南下处州，陆战队也不急于收复福宁州，反倒是从浙江温州登陆，最终与陆军在处州府合兵一处，并得以劝降浙南和闽东北的大部分清军，军事行动一直持续到永历十二年的七月，多尼率领主力赶到江宁为止，而此时，合众国不仅光复除却杉关之外的八闽全境，还向北占据浙南的衢州、处州和温州三府大部分，而舟山的郑藩也趁着浙江清军收缩之际，占领了台州和宁波部分州县，但随着多尼大军赶到，又是主动放弃了。
此时的大陆局势似乎又回到了十年前隆武当政的时候，那个时候的隆武朝廷大约也就统治或者名义统治类似的区域。
进入永历十二年的夏季，东南战场基本处于休战状态，第一阶段的作战已经结束，接下来就是看满清该如何反应，也就是多尼率领的那支援军的动向，实际上，几乎不用考量，那支军队肯定是要用在东南战场的，毕竟东南战区已经逼近了满清的江南和湖广两大财赋重地。
西南的战局依旧处于拉锯的状态，湘西全部丢失，白文选退守全州，构筑了全州到桂林的防线，非常稳固，贵州大半丢失，特别是山地旅从贵州调往福建之后，李定国失去了最强的一支军队，不过他手中兵力依旧充足，不断用秦藩兵与满清对耗，他手中的晋藩和蜀藩都未曾动过，而守住梅关之后，琼藩派遣精兵西去云贵，接受李定国的调遣，云贵一带的力量再次得到增强，而在贵州会师的清军各部在筹划最强一波的攻击，目标直指向云南昆明。
云南内部颇有动荡，各地土司相继生乱，而朝廷那些吃干饭的文官纷纷主张撤往广西甚至广东，移陛是大事，特别是在战时，关乎军心士气，永历朝廷几次请求移陛，都是遭受了晋王的拒绝，朱由榔求情的私信甚至寄往了台北，寻求李明勋的支持，李明勋置之不理，李定国却是发了狠，不仅拒绝了皇帝移陛，还亲自返回昆明，护从皇帝亲征，把永历从安稳的昆明城拉到了贵州的前线，弄的皇帝是苦不堪言。
盟军方面基本达成了战前的规划，用贵州换了福建一省，而且还略占便宜，而清军在江西和浙江积蓄力量准备反攻，合众国军却在八闽和浙南大规模的镇压反动力量，福建倒是出现了过去常常在满清占领区出现的一幕，那就是大明朝廷发各类敕书印信给后方的抵抗力量，爵位和官职毫不吝啬，让其在满清占领区诶捣乱，如今满清也在福建和浙南大肆封官许愿，让当地士绅拼死抵抗，牵制合众国更多兵力，制造更多麻烦，也正是因为这些人的捣乱，东南战区的实力并未完全发挥出来。
除了封官许愿，满清在全国对合众国的妖魔化也一直在进行，导致福建各地出现了大量本不该出现的抵抗力量，而这些力量则属于一个相对尴尬的阶层——庶民地主阶层。
众所周知的是，合众国历次在大陆的军事行动和军事管理都以消灭缙绅团体和士绅阶层为己任，这些人与庶民地主一样都属于封建地主阶层，但却有有所不同，被合众国清算和消灭的是掌握大量生产资料、享受政治、税收和司法特权的缙绅地主，而庶民地主则是地主阶层中占据大多数的，但却没有那些士绅阶层的政治特权，这些中小地主要常常遭遇缙绅豪族的欺压，同时又在欺凌佃户和乡民，而这些人也是被满清所蒙蔽的，认为合众国要在大陆清算消灭一切的富户。
在东南攻入福建之后，这些庶民地主因为听信了满清朝廷对合众国的妖魔化，以及在迁界禁海中，本身就受到合众国支持的所谓义军的侵害，所以一直对合众国非常敌视，因此团结在大缙绅大地主身边，组织民团与合众国对抗，而合众国目前的政策中，对这些人的政策相当模糊，在过往的军事行动中，或者在军事管理潮州、登莱等地的时候，为了得到佃户、贫民和手工业者的支持，将之视为与士绅团体一般，加以株连。